2eum

Crystal structure of human Glycolipid Transfer Protein complexed with 8:0 Lactosylceramide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 65.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2eum
沉积日期 deposition_date	2005-10-28
结构标题 title	Crystal structure of human Glycolipid Transfer Protein complexed with 8:0 Lactosylceramide
关键词 keywords	Protein-glycolipid complex, LIPID TRANSPORT; LIPID TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.49 Å
零角强度 I(0) i0	9020950.00
分子量 molecular_weight	24326.0 kDa
排除体积 excluded_volume	31406 Å³
包络体积 envelope_volume	35540 Å³
水化壳体积 shell_volume	17149 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.0 Å
壳层 Rg shell_rg	23.62 Å
包络 Rg envelope_rg	17.81 Å
形状 Rg shape_rg	17.48 Å
总 Rg total_rg	18.57 Å
总原子数 total_atoms	1715
残基数 n_residues	205
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.9 Å
Rg (实空间) rg_real	18.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0210e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9021000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7833
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.268
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.309
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1404000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.730; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycolipid transfer protein
分子量 formula_weight	23877.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1871

MALLAEHLLKPLPADKQIETGPFLEAVSHLPPFFDCLGSPVFTPIKADISGNITKIKAVYDTNPAKFRTLQNILEVEKEMYGAEWPKVGATLALMWLKRGLRFIQVFLQSICDGERDENHPNLIRVNATKAYEMALKKYHGWIVQKIFQAALYAAPYKSDFLKALSKGQNVTEEECLEKIRLFLVNYTATIDVIYEMYTQMNAELNYKV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)
分子量 formula_weight	144.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	153

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2euma_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.224 — Glycolipid transfer protein, GLTP
超家族 Superfamily superfamily	a.224.1 — Glycolipid transfer protein, GLTP
家族 Family family	a.224.1.1 — Glycolipid transfer protein, GLTP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2eumA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3520 — Glycolipid transfer protein, GLTP
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycolipid transfer protein

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	75.509 Å
晶胞边长 b length_b	49.264 Å
晶胞边长 c length_c	68.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	122.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/eu/2eum/2eum.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eu/2eum/2eum.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eu/2eum/2eum.dat