SAXSdb — 2exf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleocapsid protein* (NC*)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 389–431	未记录	5'-D(GPTPCPCPCPTPGPTPTPCPGPGPGPC)-3' × 1 ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM protein, 1mM oligonucleotide；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM protein, 1mM oligonucleotide, 30mM NaCl, 0.2mM MgCl2；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM protein, 1mM oligonucleotide；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM protein, 1mM oligonucleotide, 30mM NaCl, 0.2mM MgCl2；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM protein, 1mM oligonucleotide；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）1mM protein, 1mM oligonucleotide, 30mM NaCl, 0.2mM MgCl2；压力 ambient NMR样品组成：1mM NCp7(12-55), 1mM DP(-)PBS, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM NCp7(12-55), 1mM DP(-)PBS, 90% H2O, 10% D2O, 30mM NaCl, 0.2mM MgCl2 \| 90% H2O, 10% D2O, 30mM NaCl, 0.2mM MgCl2 NMR样品组成：2mM NCp7(12-55), 1mM DP(-)PBS, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：2mM NCp7(12-55), 1mM DP(-)PBS, 90% H2O, 10% D2O, 30mM NaCl, 0.2mM MgCl2 \| 90% H2O, 10% D2O, 30mM NaCl, 0.2mM MgCl2	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2EXF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A9M G48H MUTANT OF HIV-1 PROTEASE IN COMPLEX WITH A PEPTIDIC INHIBITOR U-89360E 提交 1998-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）链 B 69–167（99 aa）	突变：G48H 突变：G48H	U0E N-[[1-[N-ACETAMIDYL]-[1-CYCLOHEXYLMETHYL-2-HYDROXY-4-ISOPROPYL]-BUT-4-YL]-CARBONYL]-GLUTAMINYL-ARGINYL-AMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；THE PROTEIN SOLUTION CONTAINED 6.5 MG/ML MUTANT HIV-1 PROTEASE IN 20 MM SODIUM ACETATE, 1 MM DITHIOTHREITOL, PH 5.5, WITH A 10-FOLD MOLAR EXCESS OF INHIBITOR. THE RESERVOIR SOLUTIONS FOR THE VAPOR DIFFUSION CONTAINED 10% DIMETHYLSULFOXIDE, 30 MM B-MERCAPTOETHANOL AND 4% 2-PROPANOL IN ADDITION TO THE PRECIPITANT. THE MOST FAVORABLE CRYSTALLIZATION CONDITIONS WERE 42% SATURATED AMMONIUM SULFATE, PH 6.8., vapor diffusion	分辨率 2.30 Å
1G35 CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 PROTEASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR, AHA024 提交 2000-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）链 B 69–167（99 aa）	未记录	AHF 2-[4-(HYDROXY-METHOXY-METHYL)-BENZYL]-7-(4-HYDROXYMETHYL-BENZYL)-1,1-DIOXO-3,6-BIS-PHENOXYMETHYL-1LAMBDA6-[1,2,7]THIADIAZEPANE-4,5-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；50 mM MES, 0.4 M NaCl, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.230
1GNM HIV-1 PROTEASE MUTANT WITH VAL 82 REPLACED BY ASP (V82D) COMPLEXED WITH U89360E (INHIBITOR) 提交 1996-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）链 B 69–167（99 aa）	突变：V82D 突变：V82D	U0E N-[[1-[N-ACETAMIDYL]-[1-CYCLOHEXYLMETHYL-2-HYDROXY-4-ISOPROPYL]-BUT-4-YL]-CARBONYL]-GLUTAMINYL-ARGINYL-AMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1GNN HIV-1 PROTEASE MUTANT WITH VAL 82 REPLACED BY ASN (V82N) COMPLEXED WITH U89360E (INHIBITOR) 提交 1996-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）链 B 69–167（99 aa）	突变：V82N 突变：V82N	U0E N-[[1-[N-ACETAMIDYL]-[1-CYCLOHEXYLMETHYL-2-HYDROXY-4-ISOPROPYL]-BUT-4-YL]-CARBONYL]-GLUTAMINYL-ARGINYL-AMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1GNO HIV-1 PROTEASE (WILD TYPE) COMPLEXED WITH U89360E (INHIBITOR) 提交 1996-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）链 B 69–167（99 aa）	未记录	U0E N-[[1-[N-ACETAMIDYL]-[1-CYCLOHEXYLMETHYL-2-HYDROXY-4-ISOPROPYL]-BUT-4-YL]-CARBONYL]-GLUTAMINYL-ARGINYL-AMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1HVI INFLUENCE OF STEREOCHEMISTRY ON ACTIVITY AND BINDING MODES FOR C2 SYMMETRY-BASED DIOL INHIBITORS OF HIV-1 PROTEASE 提交 1994-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）链 B 69–167（99 aa）	未记录	A77 N-{1-BENZYL-(2R,3S)-2,3-DIHYDROXY-4-[3-METHYL-2-(3-METHYL-3-PYRIDIN-2-YLMETHYL-UREIDO)-BUTYRYLAMINO]-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(3-METHYL-3-PYRIDIN-2-YLMETHYL-UREIDO)-BUTYRAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
1KJH SUBSTRATE SHAPE DETERMINES SPECIFICITY OF RECOGNITION RECOGNITION FOR HIV-1 PROTEASE: ANALYSIS OF CRYSTAL STRUCTURES OF SIX SUBSTRATE COMPLEXES 提交 2001-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 723–732（10 aa）片段：RNASE H-INTEGRASE SUBSTRATE PEPTIDE, RESIDUES 723-732	未记录	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；AMMONIUM SULPHATE, SODIUM CITRATE, SODIUM PHOSPHATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.227
1NPA crystal structure of HIV-1 protease-hup 提交 2003-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）片段：protease, residue 69-167 链 B 69–167（99 aa）片段：protease, residue 69-167	未记录	3NH (3S)-TETRAHYDROFURAN-3-YL (1R,2S)-3-[4-((1R)-2-{[(S)-AMINO(HYDROXY)METHYL]OXY}-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YL)-2-BENZYL-3-OXOPYRROLIDIN-2-YL]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；0.1 M NaAc, 0.5 M NaCl, 1mM DTT, 3mM NaN3, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1NPV Crystal structure of HIV-1 protease complexed with LDC271 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）片段：HIV protease 链 B 69–167（99 aa）片段：HIV protease	未记录	L27 {1-BENZYL-3-[2-BENZYL-3-OXO-4-(1-OXO-1,2,3,4-TETRAHYDRO- ISOQUINOLIN-4-YL)-2,3-DIHYDRO-1H-PYRROL-2-YL]-2- HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；600mM NaCl, 100mM Sodium Acetate buffer at pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
1NPW Crystal structure of HIV protease complexed with LGZ479 提交 2003-01-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE 链 B 69–167（99 aa）片段：HIV-1 PROTEASE	未记录	LGZ CARBAMIC ACID 1-{5-BENZYL-5-[2-HYDROXY-4-PHENYL-3-(TETRAHYDRO-FURAN- 3-YLOXYCARBONYLAMINO)-BUTYL]-4-OXO-4,5-DIHYDRO-1H-PYRROL-3-YL}- INDAN-2-YL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；600mM NaCl, 100mM Sodium Acetate buffer, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å
1T7K Crystal Structure of HIV Protease complexed with Arylsulfonamide azacyclic urea 提交 2004-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）片段：HIV Protease 链 B 69–167（99 aa）片段：HIV Protease	未记录	BH0 3-({5-BENZYL-6-HYDROXY-2,4-BIS-(4-HYDROXY-BENZYL)-3-OXO-[1,2,4]-TRIAZEPANE-1-SULFONYL)-BENZONITRILE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；0.1M sodium acetate, 0.6M NaCl, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.277
1YT9 HIV Protease with oximinoarylsulfonamide bound 提交 2005-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）片段：HIV protease 链 B 69–167（99 aa）片段：HIV protease	未记录	OIS (S)-N-((2S,3R)-3-HYDROXY-4-(4-((E)-(HYDROXYIMINO)METHYL)-N-ISOBUTYLPHENYLSULFONAMIDO)-1-PHENYLBUTAN-2-YL)-3-METHYL-2-(3 -((2-METHYLTHIAZOL-4-YL)METHYL)-2-OXOIMIDAZOLIDIN-1-YL)BUTANAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；nacl, acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 3.00 Å R-free 0.338
1ZP8 HIV Protease with inhibitor AB-2 提交 2005-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）片段：HIV Protease	未记录	AB2 [1-((1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}PROPYL)-1H-1,2,3-TRIAZOL-4-YL]METHYL (1R,2R)-2-HYDROXY-2,3-DIHYDRO-1H-INDEN-1-YLCARBAMATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；1.34 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Na Acetate, pH 4.8-5.4, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.02 Å R-free 0.326
1ZPA HIV Protease with Scripps AB-3 Inhibitor 提交 2005-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 69–167（99 aa）片段：HIV Protease	未记录	A83 TERT-BUTYL 4-[({[1-((1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}PROPYL)-1H-1,2,3-TRIAZOL-4-YL]METHYL}AMINO)CARBONYL]BENZYLCARBAMATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；1.34 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Na Acetate, pH 4.8-5.4, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.02 Å
2FDE Wild type HIV protease bound with GW0385 提交 2005-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）片段：protease 链 B 500–598（99 aa）片段：protease	未记录	K POTASSIUM ION × 4 385 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL [(1S,2R)-3-[(1,3-BENZODIOXOL-5-YLSULFONYL)(ISOBUTYL)AMINO]-2-HYDROXY-1-{4-[(2-METHYL-1,3-THIAZOL-4-YL)METHOXY]BENZYL}PROPYL]CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
2G69 Structure of Unliganded HIV-1 Protease F53L Mutant 提交 2006-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–99（99 aa）片段：HIV-1 protease monomer	突变：Q7K, L33I, F53L, L63I, C67A, C95A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；The reservoir contained 0.2 M sodium citrate, phosphate buffer (pH = 6.0-6.4), 10% DMSO, and 20-30% saturated ammonium sulfate as a precipitant., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.35 Å R-free 0.234
2HNZ Crystal Structure of E138K Mutant HIV-1 Reverse Transcriptase in Complex with PETT-2 提交 2006-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 605–1026（422 aa）片段：P51	突变：E138K	PO4 PHOSPHATE ION × 2 PC0 1-[2-(4-ETHOXY-3-FLUOROPYRIDIN-2-YL)ETHYL]-3-(5-METHYLPYRIDIN-2-YL)THIOUREA × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.277
2HS1 Ultra-high resolution X-ray crystal structure of HIV-1 protease V32I mutant with TMC114 (darunavir) inhibitor 提交 2006-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）片段：HIV-1 protease (residues 500-598) 链 B 500–598（99 aa）片段：HIV-1 protease (residues 500-598)	突变：Q7K, V32I, L33I, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, V32I, L33I, L63I, C67A, C95A	CL CHLORIDE ION × 3 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；295 K；1-1.5 M NaCl; Molar Protein:Inhibitor ratio = 1:20, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 0.84 Å R-free 0.149
2HS2 Crystal structure of M46L mutant of HIV-1 protease complexed with TMC114 (darunavir) 提交 2006-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）片段：HIV-1 protease (residues 500-598) 链 B 500–598（99 aa）片段：HIV-1 protease (residues 500-598)	突变：Q7K, L33I, M46L, L63I, C67A, C95A 突变：Q7K, L33I, M46L, L63I, C67A, C95A	CL CHLORIDE ION × 2 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；295 K；25% NaCl; Molar protein:inhibitor ratio 1:2., pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.22 Å R-free 0.195
2I4D Crystal structure of WT HIV-1 protease with GS-8373 提交 2006-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）链 B 500–598（99 aa）	未记录	QFI ({4-[(2S,3R)-2-({[(3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YLOXY]CARBONYL}AMINO)-3-HYDROXY-4-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}BUTYL]PHENOXY}METHYL)PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M Mg Acetate, 0.1M Na cacodylate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.274
2I4U HIV-1 protease with TMC-126 提交 2006-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）链 B 500–598（99 aa）	未记录	DJR (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL [(1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}PROPYL]CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.4 M Sodium Potassium Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.250
2I4V HIV-1 protease I84V, L90M with TMC126 提交 2006-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）链 B 500–598（99 aa）	突变：I84V, L90M 突变：I84V, L90M	DJR (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL [(1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}PROPYL]CARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.4 M Sodium Potassium Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.50 Å R-free 0.256
2I4W HIV-1 protease WT with GS-8374 提交 2006-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）链 B 500–598（99 aa）	未记录	KGQ DIETHYL ({4-[(2S,3R)-2-({[(3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YLOXY]CARBONYL}AMINO)-3-HYDROXY-4-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}BUTYL]PHENOXY}METHYL)PHOSPHONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；0.2M Mg Acetate, 0.1M Na Cacodylate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.252
2I4X HIV-1 Protease I84V, L90M with GS-8374 提交 2006-08-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）链 B 500–598（99 aa）	突变：I84V, L90M 突变：I84V, L90M	KGQ DIETHYL ({4-[(2S,3R)-2-({[(3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YLOXY]CARBONYL}AMINO)-3-HYDROXY-4-{ISOBUTYL[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}BUTYL]PHENOXY}METHYL)PHOSPHONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.4 M Sodium Potassium Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.272
2IDW Crystal structure analysis of HIV-1 protease mutant V82A with a potent non-peptide inhibitor (UIC-94017) 提交 2006-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）片段：residues 500-598 链 B 500–598（99 aa）片段：residues 500-598	突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, V82A, C95A, Q107K, L133I, L163I, C167A, V182A, C195A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, V82A, C95A, Q107K, L133I, L163I, C167A, V182A, C195A	CL CHLORIDE ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ACY ACETIC ACID × 6 GOL GLYCEROL × 1 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；AMMONIUM SULFATE, CITRIC PHOSPHATE, DMSO, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.10 Å R-free 0.145
2IEN Crystal structure analysis of HIV-1 protease with a potent non-peptide inhibitor (UIC-94017) 提交 2006-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）片段：residues 500-598 链 B 500–598（99 aa）片段：residues 500-598	突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A, Q107K, L133I, L163I, C167A, C195A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, C95A, Q107K, L133I, L163I, C167A, C195A	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 ACY ACETIC ACID × 2 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；298 K；sodium chloride, sodium acetate, DMSO, dioxane, pH 4.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.205
2IEO Crystal structure analysis of HIV-1 protease mutant I84V with a potent non-peptide inhibitor (UIC-94017) 提交 2006-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–598（99 aa）片段：residues 500-598 链 B 500–598（99 aa）片段：residues 500-598	突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, I84V, C95A, Q107K, L133I, L163I, C167A, C195A 突变：Q7K, L33I, L63I, C67A, I84V, C95A, Q107K, L133I, L163I, C167A, C195A	CL CHLORIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 017 (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；SODIUM CHLORIDE, CITRATE PHOSPHATE, DMSO, pH 5.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.53 Å R-free 0.196

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POL_HV1PV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–44； UniProt 389–431

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2exf
沉积日期 deposition_date	2005-11-08
结构标题 title	Solution structure of the HIV-1 nucleocapsid (NCp7(12-55)) complexed with the DNA (-) Primer Binding Site
关键词 keywords	protein-DNA complex, stem-loop, bulge, zinc-finger, Viral Protein-DNA COMPLEX; Viral Protein/DNA
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.13 Å
零角强度 I(0) i0	249938000.00
分子量 molecular_weight	94064.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101820 Å³
包络体积 envelope_volume	20377 Å³
水化壳体积 shell_volume	12122 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.5 Å
壳层 Rg shell_rg	20.10 Å
包络 Rg envelope_rg	14.93 Å
形状 Rg shape_rg	13.07 Å
总 Rg total_rg	13.44 Å
总原子数 total_atoms	11220
残基数 n_residues	580
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	46.3 Å
Rg (实空间) rg_real	13.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	249900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6908
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.398
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.291
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	211500.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.782; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.256; Positv: 1.000; Valcen: 0.867; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPTPCPCPCPTPGPTPTPCPGPGPGPC)-3'
分子量 formula_weight	4263.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	11220

GTCCCTGTTCGGGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nucleocapsid protein* (NC*)
分子量 formula_weight	5022.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

NVKCFNCGKEGHTARNCRAPRKKGCWKCGKEGHQMKDCTERQAN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2exfa1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.40 — Retrovirus zinc finger-like domains
超家族 Superfamily superfamily	g.40.1 — Retrovirus zinc finger-like domains
家族 Family family	g.40.1.1 — Retrovirus zinc finger-like domains

结构域编号 domain_id	d2exfa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2exfA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	60 — HIV-1 Nucleocapsid Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc finger, CCHC-type

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/ex/2exf/2exf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ex/2exf/2exf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ex/2exf/2exf.dat

Solution structure of the HIV-1 nucleocapsid (NCp7(12-55)) complexed with the DNA (-) Primer Binding Site

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleocapsid protein* (NC*)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)