SAXSdb — 2f2p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 0–148 链 B； UniProt 0–148	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.297
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 0–148 链 B； UniProt 0–148	未记录	CA CALCIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2F2P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A29 CALMODULIN COMPLEXED WITH TRIFLUOPERAZINE (1:2 COMPLEX) 提交 1998-01-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY SITTING DROP TECHNIQUE IN THE COLD ROOM (8 DEGREES C +/- 2 DEGREES C) BY MIXING 4 MICROLITERS OF 1 MM PROTEIN CONTAINING 1.2-1.5 MM TFP IN 5 MM CACL2 WITH 4 MICROLITERS OF THE RESERVOIR SOLUTION (1 ML 10 MM SODIUM CACODYLATE/HCL BUFFER, PH 5.2-5.6 WITH 10 MM CACL2, 25-30 % (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 6000), CRYSTAL GROWTH TOOK 2-3 WEEKS., pH 5.0	分辨率 2.74 Å R-free 0.265
1AK8 NMR SOLUTION STRUCTURE OF CERIUM-LOADED CALMODULIN AMINO-TERMINAL DOMAIN (CE2-TR1C), 23 STRUCTURES 提交 1997-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–75（75 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, TR1C	未记录	CE CERIUM (III) ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K	分辨率未提供
1CDM MODULATION OF CALMODULIN PLASTICITY IN MOLECULAR RECOGNITION ON THE BASIS OF X-RAY STRUCTURES 提交 1993-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–147（144 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1CMF NMR SOLUTION STRUCTURE OF APO CALMODULIN CARBOXY-TERMINAL DOMAIN 提交 1995-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 76–148（73 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1CMG NMR SOLUTION STRUCTURE OF CALCIUM-LOADED CALMODULIN CARBOXY-TERMINAL DOMAIN 提交 1995-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 76–148（73 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1FW4 CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI FRAGMENT TR2C FROM CALMODULIN TO 1.7 A RESOLUTION 提交 2000-09-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–148（71 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 78-148)	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；PEG 4000, calcium chloride, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.220
1LIN CALMODULIN COMPLEXED WITH TRIFLUOPERAZINE (1:4 COMPLEX) 提交 1995-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 TFP 10-[3-(4-METHYL-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL]-2-TRIFLUOROMETHYL-10H-PHENOTHIAZINE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1PRW Crystal structure of bovine brain Ca++ calmodulin in a compact form 提交 2003-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；296 K；PEG 6000, sodium acetate, glycerol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 1.70 Å R-free 0.230
1XA5 Structure of Calmodulin in complex with KAR-2, a bis-indol alkaloid 提交 2004-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 KAR 3"-(BETA-CHLOROETHYL)-2",4"-DIOXO-3, 5"-SPIRO-OXAZOLIDINO-4-DEACETOXY-VINBLASTINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；279 K；CaCl2, MgCl2, cacodylate, PEG 8000, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 2.12 Å R-free 0.261
2F2O Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode 提交 2005-11-17	结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 0–148（149 aa）链 B 0–148（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.289
2F2O Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode 提交 2005-11-17	结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 0–148（149 aa）链 B 0–148（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.289
2FOT Crystal structure of the complex between calmodulin and alphaII-spectrin 提交 2006-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–148（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；50mM Tris,pH 8.00, 30% PEG 8000, 0.1M ammonium-sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.45 Å R-free 0.269
3IF7 Structure of Calmodulin complexed with its first endogenous inhibitor, sphingosylphosphorylcholine 提交 2009-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–149（148 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 SPU 2-{[(R)-{[(2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-N,N,N-trimethylethanaminium × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；50mM sodium cacodylate, 10mM CaCl2, 10mM MgCl2, 28% PEG 8000: Mixed with 10mM lipid in methanol solution and 1mM protein solution, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.238
6O20 Cryo-EM structure of TRPV5 with calmodulin bound 提交 2019-02-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 13 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–149； UniProt 0–148 作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 0–148

Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

Bos taurus

UniProt Q309F2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 389–413 链 B； UniProt 389–413	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.297
2	信息不足同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 389–413 链 B； UniProt 389–413	未记录	CA CALCIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2F2P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2F2O Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode 提交 2005-11-17	结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 389–413（25 aa）链 B 389–413（25 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.289
2F2O Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode 提交 2005-11-17	结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 389–413（25 aa）链 B 389–413（25 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.17 Å R-free 0.289

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q309F2_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 155–179； UniProt 389–413 作者链 B； PDB构建体 155–179； UniProt 389–413

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f2p
沉积日期 deposition_date	2005-11-17
结构标题 title	Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode
关键词 keywords	EF-hands, calcium, calmodulin, calcineurin, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.85 Å
零角强度 I(0) i0	27974100.00
分子量 molecular_weight	38399.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47155 Å³
包络体积 envelope_volume	59487 Å³
水化壳体积 shell_volume	22187 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.4 Å
壳层 Rg shell_rg	28.95 Å
包络 Rg envelope_rg	22.49 Å
形状 Rg shape_rg	22.85 Å
总 Rg total_rg	23.59 Å
总原子数 total_atoms	2670
残基数 n_residues	338
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2600e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9057
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.143
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.637
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5101000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.935

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin
分子量 formula_weight	19925.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2699

MADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAKGGGGGAAARKEVIRNKIRAIGKMARVFSVL

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	29

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2f2pA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2f2pA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2f2pB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	2f2pB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	139.549 Å
晶胞边长 b length_b	139.549 Å
晶胞边长 c length_c	45.592 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2970

fit	/app/data/saxs_computation/f2/2f2p/2f2p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f2/2f2p/2f2p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f2/2f2p/2f2p.dat

Structure of calmodulin bound to a calcineurin peptide: a new way of making an old binding mode

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calmodulin fused with calmodulin-binding domain of calcineurin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)