SAXSdb — 2f31

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diaphanous protein homolog 1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 135–367 链 B； UniProt 1177–1196	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M sodium citrate, 200 mM ammonium sulfate, 25% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.312
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 135–367 链 B； UniProt 1177–1196	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M sodium citrate, 200 mM ammonium sulfate, 25% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.312

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2F31	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1V9D Crystal structure of the core FH2 domain of mouse mDia1 提交 2004-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 826–1163（338 aa）片段：core FH2 domain 链 B 826–1163（338 aa）片段：core FH2 domain 链 C 826–1163（338 aa）片段：core FH2 domain 链 D 826–1163（338 aa）片段：core FH2 domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；PEG3350, sodium sulfate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
1Z2C Crystal structure of mDIA1 GBD-FH3 in complex with RhoC-GMPPNP 提交 2005-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 69–451（383 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 2000-MME, magnesium sulphate, Tris buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
1Z2C Crystal structure of mDIA1 GBD-FH3 in complex with RhoC-GMPPNP 提交 2005-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 69–451（383 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 2000-MME, magnesium sulphate, Tris buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2BAP Crystal structure of the N-terminal mDia1 Armadillo Repeat Region and Dimerisation Domain in complex with the mDia1 autoregulatory domain (DAD) 提交 2005-10-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 135–451（317 aa）片段：mDia1 N-terminal regulatory domain 链 C 1145–1200（56 aa）片段：mDia1 autoregulatory domain, DAD	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；3.7 M NaFormiate pH 7.1, 100 mM HEPES pH 7.1, 4% (w/v) PEG5000-MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.364
2BAP Crystal structure of the N-terminal mDia1 Armadillo Repeat Region and Dimerisation Domain in complex with the mDia1 autoregulatory domain (DAD) 提交 2005-10-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 135–451（317 aa）片段：mDia1 N-terminal regulatory domain 链 D 1145–1200（56 aa）片段：mDia1 autoregulatory domain, DAD	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293 K；3.7 M NaFormiate pH 7.1, 100 mM HEPES pH 7.1, 4% (w/v) PEG5000-MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.30 Å R-free 0.364
2BNX Crystal structure of the dimeric regulatory domain of mouse diaphaneous-related formin (DRF), mDia1 提交 2005-04-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–516（386 aa）片段：AMINO-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 131-516 链 B 131–516（386 aa）片段：AMINO-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 131-516	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.25；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION; PROTEIN: 11 MG/ML IN 100 MM HEPES, PH 7.25; RESERVOIR: 100 MM HEPES, PH 7.25, 9% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.236
2V8F Mouse Profilin IIa in complex with a double repeat from the FH1 domain of mDia1 提交 2007-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 635–655（21 aa）片段：FH1 DOMAIN, RESIDUES 635-655	未记录	SO4 SULFATE ION × 5 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.10 Å R-free 0.173
3EG5 Crystal structure of MDIA1-TSH GBD-FH3 in complex with CDC42-GMPPNP 提交 2008-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 69–451（383 aa）片段：MDIAN-TSH, UNP residues 69-451 链 D 69–451（383 aa）片段：MDIAN-TSH, UNP residues 69-451	突变：N164T, N165S, N166H 突变：N164T, N165S, N166H	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；293 K；Bis-Tris-Propane (PH 8.8 adjusted with citric acid), 26% (w/v) PEG 3350, 250mM Na-Tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.243
3O4X Crystal structure of complex between amino and carboxy terminal fragments of mDia1 提交 2010-07-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 131–458（328 aa）片段：mDia1 N-terminal regulatory domain (unp residues 131-458) 链 D 131–458（328 aa）片段：mDia1 N-terminal regulatory domain (unp residues 131-458) 链 E 736–1200（465 aa）片段：mDia1 C-terminal FH2-DAD domain (unp residues 736-1200) 链 H 736–1200（465 aa）片段：mDia1 C-terminal FH2-DAD domain (unp residues 736-1200)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；313 K；Peg 4000, sodium malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 313K	分辨率 3.20 Å R-free 0.298
3O4X Crystal structure of complex between amino and carboxy terminal fragments of mDia1 提交 2010-07-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 131–458（328 aa）片段：mDia1 N-terminal regulatory domain (unp residues 131-458) 链 C 131–458（328 aa）片段：mDia1 N-terminal regulatory domain (unp residues 131-458) 链 F 736–1200（465 aa）片段：mDia1 C-terminal FH2-DAD domain (unp residues 736-1200) 链 G 736–1200（465 aa）片段：mDia1 C-terminal FH2-DAD domain (unp residues 736-1200)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；313 K；Peg 4000, sodium malonate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 313K	分辨率 3.20 Å R-free 0.298
3OBV Autoinhibited Formin mDia1 Structure 提交 2010-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric	链 A 131–457（327 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 131-457 链 B 131–457（327 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 131-457 链 E 753–1209（457 aa）片段：C-terminal fragment, UNP residues 753-1209 链 F 753–1209（457 aa）片段：C-terminal fragment, UNP residues 753-1209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.75；293 K；10% PEG 1500, 25% sucrose, 0.1 M MES pH 6.75, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.261
3OBV Autoinhibited Formin mDia1 Structure 提交 2010-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric	链 C 131–457（327 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 131-457 链 D 131–457（327 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 131-457 链 G 753–1209（457 aa）片段：C-terminal fragment, UNP residues 753-1209 链 H 753–1209（457 aa）片段：C-terminal fragment, UNP residues 753-1209	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.75；293 K；10% PEG 1500, 25% sucrose, 0.1 M MES pH 6.75, 0.15 M NaCl, 1 mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K	分辨率 2.75 Å R-free 0.261
4UWX Structure of liprin-alpha3 in complex with mDia1 Diaphanous- inhibitory domain 提交 2014-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 135–369（235 aa）片段：DIAPHANOUS-INHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 135-369	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2 M NACL, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
4UWX Structure of liprin-alpha3 in complex with mDia1 Diaphanous- inhibitory domain 提交 2014-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 135–369（235 aa）片段：DIAPHANOUS-INHIBITORY DOMAIN, RESIDUES 135-369	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；0.2 M NACL, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, 20% PEG6000	分辨率 1.65 Å R-free 0.210
8RU2 Structure of the F-actin barbed end bound by formin mDia1 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 552–584（33 aa）链 E 721–1255（535 aa）链 F 552–584（33 aa）链 F 721–1255（535 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.1 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3 seconds, force 0.	分辨率 3.49 Å
9B27 Dia1 at the Barbed End of F-Actin 提交 2024-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 745–1166（422 aa）链 H 745–1166（422 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
9B3D mDia1 in the middle of F-actin 提交 2024-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 745–1143（399 aa）链 H 745–1143（399 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM HEPES, 50mM NaCL, 1mM EDTA, 1mM DTT, 0.05% Thesit cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å

共 12 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DIAP1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–233； UniProt 135–367 作者链 B； PDB构建体 1–20； UniProt 1177–1196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f31
沉积日期 deposition_date	2005-11-18
结构标题 title	Crystal structure of the autoinhibitory switch in Formin mDia1; the DID/DAD complex
关键词 keywords	formin, mDia1, protein-protein complex, armadillo repeats, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.53 Å
零角强度 I(0) i0	14511300.00
分子量 molecular_weight	28118.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35080 Å³
包络体积 envelope_volume	41276 Å³
水化壳体积 shell_volume	18735 Å³
包络直径 envelope_diameter	65.7 Å
壳层 Rg shell_rg	24.63 Å
包络 Rg envelope_rg	18.85 Å
形状 Rg shape_rg	18.57 Å
总 Rg total_rg	19.31 Å
总原子数 total_atoms	1962
残基数 n_residues	248
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	65.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4510e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14510000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6986
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.323
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3545000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.210; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.979

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Diaphanous protein homolog 1
分子量 formula_weight	26592.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2087

SAMMYIQELRSGLRDMHLLSCLESLRVSLNNNPVSWVQTFGAEGLASLLDILKRLHDEKEETSGNYDSRNQHEIIRCLKAFMNNKFGIKTMLETEEGILLLVRAMDPAVPNMMIDAAKLLSALCILPQPEDMNERVLEAMTERAEMDEVERFQPLLDGLKSGTSIALKVGCLQLINALITPAEELDFRVHIRSELMRLGLHQVLQELREIENEDMKVQLCVFDEQGDEDFFDL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Diaphanous protein homolog 1
分子量 formula_weight	2111.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DETGVMDSLLEALQSGAAFR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	125

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2f31A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	102.160 Å
晶胞边长 b length_b	65.790 Å
晶胞边长 c length_c	46.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	7.970 Å
R 因子 r_factor	0.2328
R_work r_work	0.2287
R_free r_free	0.3117

fit	/app/data/saxs_computation/f3/2f31/2f31.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f3/2f31/2f31.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f3/2f31/2f31.dat

Crystal structure of the autoinhibitory switch in Formin mDia1; the DID/DAD complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Diaphanous protein homolog 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)