SAXSdb — 2f5k

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mortality factor 4-like protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–90	片段：chromo domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；14% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–90	片段：chromo domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；14% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–90	片段：chromo domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；14% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–90	片段：chromo domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；14% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–90	片段：chromo domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；14% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–90	片段：chromo domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；277 K；14% PEG 3350, 0.2M potassium nitrate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2F5K	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AQL Crystal Structure of the MRG15 MRG domain 提交 2005-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 190–362（173 aa）链 B 190–362（173 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；PEG 10000, cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.273
2EFI Solution structure of the chromo domain of Mortality factor 4-like protein 1 from human 提交 2007-02-22	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–93（93 aa）片段：Chromo domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.13mM Chromo domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2F5J Crystal structure of MRG domain from human MRG15 提交 2005-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 190–362（173 aa）片段：MRG domain 链 B 190–362（173 aa）片段：MRG domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；20% PEG 4000, 0.1M HEPES, 5% iso-propanol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
2LKM Structural Basis for Molecular Interactions Involving MRG Domains: Implications in Chromatin Biology 提交 2011-10-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 194–362（169 aa）片段：UNP residues 194-362	突变：K201R	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.9 mM protein_2, 50 mM sodium phosphate, 10 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.9 mM protein_2, 50 mM potassium chloride, 100 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9 mM protein_1, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 50 mM sodium phosphate, 10 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM protein_1, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 50 mM sodium phosphate, 100 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2N1D Solution structure of the MRG15-MRGBP complex 提交 2015-03-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 194–362（169 aa）片段：UNP residues 194-362	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 1, 0.8 mM protein 2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 1, 0.8 mM protein 2, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9 mM protein 1, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM protein 1, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 2, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6INE Crystal Structure of human ASH1L-MRG15 complex 提交 2018-10-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 190–362（173 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20 % PEG 6000, 0.2 M Trimethylamine-N-oxide	分辨率 2.60 Å R-free 0.237
7S4A MRG15 complex with PALB2 peptide 提交 2021-09-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 152–323（172 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；Ammonium sulfate, Tris HCl	分辨率 2.69 Å R-free 0.297
7S4A MRG15 complex with PALB2 peptide 提交 2021-09-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 152–323（172 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；Ammonium sulfate, Tris HCl	分辨率 2.69 Å R-free 0.297
8BPA Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex at 3.7 Angstrom 提交 2022-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–362（362 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8C60 Cryo-EM structure of the human SIN3B full-length complex at 3.4 Angstrom resolution 提交 2023-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–362（362 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MO4L1_HUMAN
Isoform	Q9UBU8-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 13–102； UniProt 1–90 作者链 B； PDB构建体 13–102； UniProt 1–90 作者链 C； PDB构建体 13–102； UniProt 1–90 作者链 D； PDB构建体 13–102； UniProt 1–90 作者链 E； PDB构建体 13–102； UniProt 1–90 作者链 F； PDB构建体 13–102； UniProt 1–90

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f5k
沉积日期 deposition_date	2005-11-26
结构标题 title	Crystal structure of the chromo domain of human MRG15
关键词 keywords	beta barrel, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.61 Å
零角强度 I(0) i0	53085200.00
分子量 molecular_weight	58121.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73295 Å³
包络体积 envelope_volume	97698 Å³
水化壳体积 shell_volume	28471 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.69 Å
包络 Rg envelope_rg	29.20 Å
形状 Rg shape_rg	29.61 Å
总 Rg total_rg	30.25 Å
总原子数 total_atoms	4114
残基数 n_residues	483
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	53080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8512
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.365
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.627
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.871; Smooth: 0.931

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2f5ka1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.3 — Chromo barrel domain

结构域编号 domain_id	d2f5kb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.3 — Chromo barrel domain

结构域编号 domain_id	d2f5kc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.3 — Chromo barrel domain

结构域编号 domain_id	d2f5kd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.3 — Chromo barrel domain

结构域编号 domain_id	d2f5ke_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.3 — Chromo barrel domain

结构域编号 domain_id	d2f5kf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.3 — Chromo barrel domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2f5kA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2f5kB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2f5kC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2f5kD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2f5kE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

结构域编号 domain_id	2f5kF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	109.480 Å
晶胞边长 b length_b	80.313 Å
晶胞边长 c length_c	81.285 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	123.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2270
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2727

描述 description	Mortality factor 4-like protein 1
分子量 formula_weight	12251.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	4571

Crystal structure of the chromo domain of human MRG15

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mortality factor 4-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	457

fit	/app/data/saxs_computation/f5/2f5k/2f5k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f5/2f5k/2f5k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f5/2f5k/2f5k.dat