2f8y

Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.8 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Notch homolog 1, translocation-associated (Drosophila)

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1906–2127	片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.187
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1906–2127	片段：ankyrin repeat domain, repeats 1-7	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.55 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2F8Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1PB5 NMR Structure of a Prototype LNR Module from Human Notch1 提交 2003-05-14	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1447–1481（35 aa）片段：First LNR module	未记录	CA CALCIUM ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+；压力 ambient NMR测量条件 pH 7；283 K；离子强度（mmCIF原始值）10mM Ca2+, 50mM PIPES；压力 ambient NMR样品组成 1mM LNRA U-15N, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM LNRA U-15N,13C, 10mM Ca2+, 0.5mM DSS pH 6.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM LNRA U-15N,13C, 10 mM Ca2+, 0.5mM DSS, 50 mM deuterated PIPES pH 7.0 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1TOZ NMR structure of the human NOTCH-1 ligand binding region 提交 2004-06-15	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：NOTCH-1 EGF 11-13	突变：M477I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）15mM CaCl2；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1mM protein \| 90% H2O, 10% D2O, 15mM CaCl2, 0.02% NaN3	分辨率未提供
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1873–2115（243 aa）片段：ankyrin domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
1YYH Crystal structure of the human Notch 1 ankyrin domain 提交 2005-02-25	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1873–2115（243 aa）片段：ankyrin domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；ammonium hydrogen phosphate, sodium chloride, imidazole, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.193
2F8X Crystal structure of activated Notch, CSL and MAML on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2005-12-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 K 1873–2127（255 aa）片段：[Contains: Notch 1 extracellular truncation; Notch 1 intracellular domain]	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 HANGING DROP；pH 7.9；298 K；50mM HEPES, 6% PEG 3350, and 5% ethylene glycol, pH 7.9, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.25 Å R-free 0.257
2HE0 Crystal structure of a human Notch1 ankyrin domain mutant 提交 2006-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1873–2115（243 aa）片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115 链 B 1873–2115（243 aa）片段：Ankyrin Domain, residues 1873-2115	突变：E58A, R66A 突变：E58A, R66A	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；0.55M Sodium/Potassium Tartrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.231
2VJ3 Human Notch-1 EGFs 11-13 提交 2007-12-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGFS 11-13, RESIDUES 411-526	未记录	CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.7；30% (W/V) PEG-5000-MME, 100MM SODIUM ACETATE, PH5.7	分辨率 2.60 Å R-free 0.244
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1447–1734（288 aa）片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3ETO 2 Angstrom Xray structure of the NOTCH1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2008-10-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1447–1734（288 aa）片段：NOTCH1 Negative Regulatory Region, residues 1447-1734	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M Sodium acetate pH 4.0, 1.0-1.5M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 B 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 D 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3I08 Crystal structure of the S1-cleaved Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) 提交 2009-06-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 B 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734) 链 C 1446–1664（219 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1446-1665) 链 D 1666–1734（69 aa）片段：Notch1 NRR (Residues 1666-1734)	未记录	CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；298 K；0.1M NaOAc, 2.0 M NaCl, 10% glycerol, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.20 Å R-free 0.286
3L95 Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody 提交 2010-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 X 1448–1621（174 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 X 1670–1728（59 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 Y 1448–1621（174 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 Y 1670–1728（59 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.19 Å R-free 0.271
3L95 Crystal structure of the human Notch1 Negative Regulatory Region (NRR) bound to the fab fragment of an antagonist antibody 提交 2010-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 X 1448–1621（174 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 X 1670–1728（59 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 Y 1448–1621（174 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1) 链 Y 1670–1728（59 aa）片段：Negative regulatory region (NRR1)	未记录	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；Equal volumes of protein and well solutions. Protein: 6 mg/mL in 150 mM NaCl, 20 mM Bis-Tris pH 6.5. Well solution: 300 mM di-Ammonium Sulfate, 20% PEG 5000 MME, 100 mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 2.19 Å R-free 0.271
3NBN Crystal structure of a dimer of Notch Transcription Complex trimers on HES1 DNA 提交 2010-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 B 1872–2126（255 aa）片段：residues 1872-2126 链 E 1872–2126（255 aa）片段：residues 1872-2126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；3% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.15M NaCl, 0.1M magnesium chloride, 0.1M BIS-TRIS, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.298
3V79 Structure of human Notch1 transcription complex including CSL, RAM, ANK, and MAML-1 on HES-1 promoter DNA sequence 提交 2011-12-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 K 1872–2126（255 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；298 K；6% PEG 3350, 5% Ethylene glycol, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.85 Å R-free 0.245
4CUD Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant fucosylated at T466 提交 2014-03-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 410–526（117 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 410-526	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.260
4CUE Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466V 提交 2014-03-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	突变：YES	CA CALCIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.282
4CUF Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466S 提交 2014-03-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	突变：YES	CA CALCIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.29 Å R-free 0.286
4D0E Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant GlcNAc-fucose disaccharide modified at T466 提交 2014-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13, RESIDUES 411-526	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.61 Å R-free 0.270
4D0F Human Notch1 EGF domains 11-13 mutant T466A 提交 2014-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 411–526（116 aa）片段：EGF 11-13	突变：YES	CA CALCIUM ION × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
5FM9 human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 140–294（155 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, UNP RESIDUES 140-294	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PH 8.5	分辨率 2.92 Å R-free 0.237
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 142–294（153 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5FMA human Notch 1, EGF 4-7 提交 2015-11-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 142–294（153 aa）片段：EGF DOMAINS 4-7, RESIDUES 142-294	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.263
5KZO Notch1 transmembrane and associated juxtamembrane segment 提交 2016-07-25	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1721–1771（51 aa）片段：UNP residues 1721-1771	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；318 K；离子强度（mmCIF原始值）65 mM imidazole；压力 1 NMR样品组成 350 uM [U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC bicelle, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Notch1, 150 mg/mL DHPC/DMPC, 1 mM EDTA, 65 mM imidazole, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5L0R human POGLUT1 in complex with Notch1 EGF12 and UDP 提交 2016-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 452–491（40 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% glycerol	分辨率 1.50 Å R-free 0.171
5UB5 human POGLUT1 in complex with human Notch1 EGF12 S458T mutant and UDP 提交 2016-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 452–491（40 aa）片段：UNP residues 452-491	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% (v/v) PEG5000 MME, 50 mM MES pH 6.5, 2mM CaCl2, 250mM NaCl, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.09 Å R-free 0.193
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 F 1759–2127（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350	分辨率 3.75 Å R-free 0.315
6PY8 Crystal structure of the RBPJ-NOTCH1-NRARP ternary complex bound to DNA 提交 2019-07-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 K 1759–2127（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；298 K；50 mM Hepes pH 6.8, 200 mM Sodium Fluoride, 18% PEG 3350	分辨率 3.75 Å R-free 0.315
8OR5 Solution NMR structure of Notch1 TMD 提交 2023-04-13	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1760（27 aa）片段：Notch1 transmembrane domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 WT TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
8ORY Solution NMR structure of Notch1 L1740-1743 TMD 提交 2023-04-17	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1757（24 aa）	突变：A1740L, A1741L, A1742L, A1743L	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 L1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
8ORZ Solution NMR structure of Notch1 G1740-1743 TMD 提交 2023-04-17	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1734–1757（24 aa）片段：Notch1 transmembrane domain	突变：A1740G, A1741G, A1742G, A1743G	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 1 NMR样品组成 500 uM Notch1 G1740-1743 TMD, trifluoroethanol/water 80/20 \| trifluoroethanol/water 80/20	分辨率未提供
9B3G Human Notch-1 EGFs 21-23 提交 2024-03-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 790–906（117 aa）片段：Human Notch1 EGF domains 21-23	未记录	BA BARIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Ammonium acetate 0.1 M BIS-Tris pH 5.5 25% (w/v) PEG3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.218
9B3N Human Notch-1 EGFs 20-24 提交 2024-03-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 753–944（192 aa）片段：Human Notch1 EGFs 20-24	未记录	BGC beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M Imidazole Malate pH 6 8% (w/v) PEG4K	分辨率 1.50 Å R-free 0.198

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOTC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–223； UniProt 1906–2127 作者链 B； PDB构建体 2–223； UniProt 1906–2127

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f8y
沉积日期 deposition_date	2005-12-04
结构标题 title	Crystal structure of human Notch1 ankyrin repeats to 1.55A resolution.
关键词 keywords	Notch, Ankyrin repeats, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.69 Å
零角强度 I(0) i0	40454900.00
分子量 molecular_weight	46857.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57414 Å³
包络体积 envelope_volume	73143 Å³
水化壳体积 shell_volume	22064 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.48 Å
包络 Rg envelope_rg	28.76 Å
形状 Rg shape_rg	28.69 Å
总 Rg total_rg	29.25 Å
总原子数 total_atoms	3291
残基数 n_residues	424
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.9510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6921
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.279
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.667
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7171000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.218; Positv: 1.000; Valcen: 0.841; Smooth: 0.847

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Notch homolog 1, translocation-associated (Drosophila)
分子量 formula_weight	24502.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3695

GDAPAVISDFIYQGASLHNQTDRTGETALHLAARYSRSDAAKRLLEASADANIQDNMGRTPLHAAVSADAQGVFQILIRNRATDLDARMHDGTTPLILAARLAVEGMLEDLINSHADVNAVDDLGKSALHWAAAVNNVDAAVVLLKNGANKDMQNNREETPLFLAAREGSYETAKVLLDHFANRDITDHMDRLPRDIAQERMHHDIVRLLDEYNLVRSPQLHG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	404

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2f8ya_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

结构域编号 domain_id	d2f8yb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.211 — beta-hairpin-alpha-hairpin repeat
超家族 Superfamily superfamily	d.211.1 — Ankyrin repeat
家族 Family family	d.211.1.1 — Ankyrin repeat

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2f8yA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

结构域编号 domain_id	2f8yB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ankyrin repeat-containing domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	97.933 Å
晶胞边长 b length_b	97.933 Å
晶胞边长 c length_c	109.068 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1520
R_work r_work	0.1500
R_free r_free	0.1870

fit	/app/data/saxs_computation/f8/2f8y/2f8y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f8/2f8y/2f8y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f8/2f8y/2f8y.dat