SAXSdb — 2f9y

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2f9y
沉积日期 deposition_date	2005-12-06
结构标题 title	The Crystal Structure of The Carboxyltransferase Subunit of ACC from Escherichia coli
关键词 keywords	zinc ribbon, crotonase superfamily, spiral domain, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.14 Å
零角强度 I(0) i0	61292200.00
分子量 molecular_weight	60903.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76301 Å³
包络体积 envelope_volume	91989 Å³
水化壳体积 shell_volume	30526 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.16 Å
包络 Rg envelope_rg	26.02 Å
形状 Rg shape_rg	25.16 Å
总 Rg total_rg	25.83 Å
总原子数 total_atoms	4259
残基数 n_residues	558
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.94 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7939
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.566
峰度 Kurtosis kurtosis	0.306
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	14400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.510; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.866; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Acetyl-CoA carboxylase, Carboxyltransferase alpha chain
分子量 formula_weight	37502.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.4.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4266

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSLNFLDFEQPIAELEAKIDSLTAGSRQDEKLDINIDEEVHRLREKSVELTRKIFADLGAWQIAQLARHPQRPYTLDYVRLAFDEFDELAGDRAYADDKAIVGGIARLDGRPVMIIGHQKGRETKEKIRRNFGMPAPEGYRKALRLMQMAERFKMPIITFIDTPGAYPGVGAEERGQSEAIARNLREMSRLGVPVVCTVIGEGGSGGALAIGVGDKVNMLQYSTYSVISPEGCASILWKSADKAPLAAEAMGIIRPRLKELKLIDSIIPEPLGGAHRNPEAMAASLKAQLLADLADLDVLSTEDLKNRRYQRLMSYGYA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta
分子量 formula_weight	33363.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.4.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSWIERIKSNITPTRKASIPEGVWTKCDSCGQVLYRAELERNLEVCPKCDHHMRMTARNRLHSLLDEGSLVELGSELEPKDVLKFRDSKKYKDRLASAQKETGEKDALVVMKGTLYGMPVVAAAFEFAFMGGSMGSVVGARFVRAVEQALEDNCPLICFSASGGARMQEALMSLMQMAKTSAALAKMQERGLPYISVLTDPTMGGVSASFAMLGDLNIAEPKALIGFAGPRVIEQTVREKLPPGFQRSEFLIEKGAIDMIVRRPEMRLKLASILAKLMNLPAPNPEAPREGVVVPPVPDQEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2f9ya1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.4 — Biotin dependent carboxylase carboxyltransferase domain

结构域编号 domain_id	d2f9yb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.14 — ClpP/crotonase
超家族 Superfamily superfamily	c.14.1 — ClpP/crotonase
家族 Family family	c.14.1.4 — Biotin dependent carboxylase carboxyltransferase domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2f9yA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2f9yB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	226 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	156.729 Å
晶胞边长 b length_b	156.728 Å
晶胞边长 c length_c	192.824 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.730 Å
R 因子 r_factor	0.2570
R_work r_work	0.2570
R_free r_free	0.2610

fit	/app/data/saxs_computation/f9/2f9y/2f9y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/2f9y/2f9y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/2f9y/2f9y.dat

The Crystal Structure of The Carboxyltransferase Subunit of ACC from Escherichia coli

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)