2faw

crystal structure of papaya glutaminyl cyclase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2faw
沉积日期 deposition_date	2005-12-08
结构标题 title	crystal structure of papaya glutaminyl cyclase
关键词 keywords	5-bladed beta-propeller, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.26 Å
零角强度 I(0) i0	55142200.00
分子量 molecular_weight	59802.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75649 Å³
包络体积 envelope_volume	80795 Å³
水化壳体积 shell_volume	28231 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.05 Å
包络 Rg envelope_rg	23.65 Å
形状 Rg shape_rg	23.24 Å
总 Rg total_rg	24.18 Å
总原子数 total_atoms	4225
残基数 n_residues	500
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8190
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.285
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.465
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	glutamine cyclotransferase
分子量 formula_weight	30967.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5122

RPSSRVYIVEVLNEFPHDPYAFTQGLVYAENDTLFESTGLYGRSSVRQVALQTGKVENIHKMDDSYFGEGLTLLNEKLYQVVWLKNIGFIYDRRTLSNIKNFTHQMKDGWGLATDGKILYGSDGTSILYEIDPHTFKLIKKHNVKYNGHRVIRLNELEYINGEVWANIWQTDCIARISAKDGTLLGWILLPNLRKKLIDEGFRDIDVLNGIAWDQENKRIFVTGKLWPKLFEIKLHLVRHRIPDGYIERHCLNLRDNTLSLKTDID

Entity 2 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	897

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	62.820 Å
晶胞边长 b length_b	81.200 Å
晶胞边长 c length_c	108.170 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	19.537 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1650
R_free r_free	0.2080

fit	/app/data/saxs_computation/fa/2faw/2faw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/2faw/2faw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/2faw/2faw.dat