SAXSdb — 2fcw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Low-density lipoprotein receptor × 1 （P01130） SODIUM ION × 4 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Low-density lipoprotein receptor × 2 （P01130） SODIUM ION × 8 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 CALCIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMRP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–109； UniProt 249–357

Low-density lipoprotein receptor

Homo sapiens

UniProt P01130

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein × 1 （P30533） SODIUM ION × 4 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 5 CALCIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein × 2 （P30533） SODIUM ION × 8 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 10 CALCIUM ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LDLR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–80； UniProt 107–186

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fcw
沉积日期 deposition_date	2005-12-12
结构标题 title	Structure of a Complex Between the Pair of the LDL Receptor Ligand-Binding Modules 3-4 and the Receptor Associated Protein (RAP).
关键词 keywords	protein-protein complex, RAP, LDLR, escort protein, calcium-binding, LIPID TRANSPORT-ENDOCYTOSIS-CHAPERONE COMPLEX; LIPID TRANSPORT/ENDOCYTOSIS/CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2fcw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2fcw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2fcw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.84 Å
Rg（电子密度）	20.34 Å
总 Rg	21.14 Å
原子数	1512
残基数	184
排除体积	26592 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2fcw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2fcw__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein
分子量 formula_weight	12791.3 kDa
突变 mutation	E215G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1705

GAEFEEPRVIDLWDLAQSANLTDKELEAFREELKHFEAKIEKHNHYQKQLEIAHEKLRHAESVGDGERVSRSREKHALLEGRTKELGYTVKKHLQDLSGRISRARHNEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Low-density lipoprotein receptor
分子量 formula_weight	8809.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KTCSQAEFRCHDGKCISRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEWPQRCRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	179

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2fcwa1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.13 — RAP domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.13.1 — RAP domain-like
家族 Family family	a.13.1.1 — RAP domain

结构域编号 domain_id	d2fcwb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.12 — LDL receptor-like module
超家族 Superfamily superfamily	g.12.1 — LDL receptor-like module
家族 Family family	g.12.1.1 — LDL receptor-like module

结构域编号 domain_id	d2fcwb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.12 — LDL receptor-like module
超家族 Superfamily superfamily	g.12.1 — LDL receptor-like module
家族 Family family	g.12.1.1 — LDL receptor-like module

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2fcwA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	81 — Receptor-associated Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RAP domain

结构域编号 domain_id	2fcwB01
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	400 — Low-density Lipoprotein Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Low-density Lipoprotein Receptor

结构域编号 domain_id	2fcwB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	400 — Low-density Lipoprotein Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Low-density Lipoprotein Receptor

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晶胞边长 a length_a	118.523 Å
晶胞边长 b length_b	30.019 Å
晶胞边长 c length_c	58.143 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.260 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1346
R_work r_work	0.1520
R_free r_free	0.2000

Structure of a Complex Between the Pair of the LDL Receptor Ligand-Binding Modules 3-4 and the Receptor Associated Protein (RAP).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Low-density lipoprotein receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2fcw__assembly_1__model_1

2fcw__assembly_1__model_1 | I(q)

2fcw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a Complex Between the Pair of the LDL Receptor Ligand-Binding Modules 3-4 and the Receptor Associated Protein (RAP).

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2-macroglobulin receptor-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Low-density lipoprotein receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2fcw__assembly_1__model_1

2fcw__assembly_1__model_1 | I(q)

2fcw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)