← 返回搜索
2fdc

Structural Basis of DNA Damage Recognition and Processing by UvrB: crystal structure of a UvrB/DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 167.4 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UvrABC system protein B

Bacillus caldotenax

UniProt P56981

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–657 未记录 5'-D(P*CP*GP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*A)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；20mM MgCl2, 14% PEG3000, 80mM sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.258
2 蛋白–DNA 单体 蛋白 × 1 DNA 1 PDB 声明：dimeric（2） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–657 未记录 5'-D(P*CP*GP*GP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*AP*A)-3' × 1 FLQ N-[6-(ACETYLAMINO)HEXYL]-3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-6-CARBOXAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；20mM MgCl2, 14% PEG3000, 80mM sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2FDC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D9X CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA REPAIR PROTEIN UVRB 提交 1999-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；295 K；8 mg/ml UvrB, 500 mM NaCl, 14-18% PEG 6000, 10 mM ZnCl2, 100 mM Bicine pH 9, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 2.60 Å R-free 0.324
1D9Z CRYSTAL STRUCTURE OF THE DNA REPAIR PROTEIN UVRB IN COMPLEX WITH ATP 提交 1999-10-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；295 K；8 mg/ml UvrB, 500 mM NaCl, 14-18% PEG 6000, 10 mM ZnCl2, 100 mM Bicine pH 9, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K
X-ray结晶条件 Soaking；pH 9；295 K；5 mM ATP 5 mM MgCl2 500 mM NaCl, 14-18% PEG 6000, 10 mM ZnCl2, 100 mM Bicine pH 9, pH 9.0, Soaking, temperature 295K
分辨率 3.15 Å R-free 0.335
1T5L Crystal structure of the DNA repair protein UvrB point mutant Y96A revealing a novel fold for domain 2 提交 2004-05-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa）
突变：Y96A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, Tris, ZnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.287
1T5L Crystal structure of the DNA repair protein UvrB point mutant Y96A revealing a novel fold for domain 2 提交 2004-05-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–657（657 aa）
突变：Y96A ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEG 6000, Tris, ZnCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.287
6O8E Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA with ADP 提交 2019-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 2–593（592 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000
分辨率 2.61 Å R-free 0.270
6O8E Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA with ADP 提交 2019-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 2–593（592 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000
分辨率 2.61 Å R-free 0.270
6O8F Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA 提交 2019-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 2–593（592 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000
分辨率 2.81 Å R-free 0.264
6O8F Crystal structure of UvrB bound to duplex DNA 提交 2019-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 2–593（592 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM Bis-Tris, pH 6.5, 100 mM ammonium acetate, 17-19% w/v PEG8000
分辨率 2.81 Å R-free 0.264
6O8G Crystal structure of UvrB bound to fully duplex DNA 提交 2019-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 2–593（592 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.02 M magnesium chloride, 20-22% poly(acryl acid sodium salt) 5100
分辨率 2.64 Å R-free 0.274
6O8G Crystal structure of UvrB bound to fully duplex DNA 提交 2019-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 2–593（592 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.02 M magnesium chloride, 20-22% poly(acryl acid sodium salt) 5100
分辨率 2.64 Å R-free 0.274
6O8G Crystal structure of UvrB bound to fully duplex DNA 提交 2019-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 C 2–593（592 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.02 M magnesium chloride, 20-22% poly(acryl acid sodium salt) 5100
分辨率 2.64 Å R-free 0.274
6O8H Crystal structure of UvrB mutant bound to duplex DNA 提交 2019-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 2–593（592 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M potassium sulfate, 18-20% PEG3350, 2 mM ADP, 5 mM magnesium chloride
分辨率 2.39 Å R-free 0.277

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UVRB_BACCA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–658； UniProt 1–657 作者链 B； PDB构建体 1–658； UniProt 1–657

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2fdc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2fdc
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2fdc
沉积日期 deposition_date2005-12-13
结构标题 titleStructural Basis of DNA Damage Recognition and Processing by UvrB: crystal structure of a UvrB/DNA complex
关键词 keywordsProtein-DNA complex, UvrB, UvrC, UvrD, UvrA, NER, nucleotide excision repair, DNA repair, DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.08 Å
零角强度 I(0) i0259231000.00
分子量 molecular_weight130490.0 kDa
排除体积 excluded_volume162210 ų
包络体积 envelope_volume235540 ų
水化壳体积 shell_volume40778 ų
包络直径 envelope_diameter179.5 Å
壳层 Rg shell_rg51.62 Å
包络 Rg envelope_rg48.54 Å
形状 Rg shape_rg50.08 Å
总 Rg total_rg50.16 Å
总原子数 total_atoms9178
残基数 n_residues1107
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.4 Å
Rg (实空间) rg_real50.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.92 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal259000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7575
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.4 Å
偏度 Skewness skewness0.380
峰度 Kurtosis kurtosis-0.731
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10860000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.468; Smooth: 0.481
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2fdca1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain
结构域编号 domain_idd2fdca2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain
结构域编号 domain_idd2fdcb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain
结构域编号 domain_idd2fdcb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.19 — Tandem AAA-ATPase domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2fdcA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2fdcA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2fdcB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id2fdcB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2060 — Penicillin-binding protein 1b fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Penicillin-binding protein 1b domain
结构域编号 domain_id2fdcB03
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily240 —
结构域编号 domain_id2fdcB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)