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2fej

Solution structure of human p53 DNA binding domain.

Method: SOLUTION NMR Dmax: 62.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cellular tumor antigen p53

Homo sapiens

UniProt Q9NP68

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 94–297 片段：DNA binding domain ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM；压力 ambient NMR样品组成：0.4 mM p53 core U-15N,13C, 2H; 25 mM Tris-HCl pH 7.1; 150 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.3 mM p53 core U-15N,13C, 2H + reverse ILV 13CH3 ; 25 mM Tris-HCl pH 7.1; 150 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.3 mM p53 core U-15N,13C, 2H + reverse ILV 13CH3 + reverse Tyr ; 25 mM Tris-HCl pH 7.1; 150 mM NaCl; 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：0.3 mM p53 core U-15N,13C, 2H + Met and Phe (1H); 25 mM Tris-HCl pH 7.1; 150 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.3 mM p53 core U-15N,13C, 2H + Met and Arg (1H); 25 mM Tris-HCl pH 7.1; 150 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM p53 core U-15N,13C, 2H (50%); 25 mM Tris-HCl pH 7.1; 150 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM p53 core N/A; 25 mM Tris-HCl pH 7.1; 150 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.4 mM p53 core N/A; 25 mM Tris-HCl pH 7.1; 150 mM NaCl; 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2FEJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1YC5 Sir2-p53 peptide-nicotinamide 提交 2004-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 372–389（18 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 NCA NICOTINAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.6；293 K；CHES, PEG3350, nicotinamide, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.40 Å R-free 0.202
2H1L The Structure of the Oncoprotein SV40 Large T Antigen and p53 Tumor Suppressor Complex 提交 2006-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 M 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 N 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 O 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 P 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 Q 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 R 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
未记录 ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；5.4% PEG 4000, 73mM Mops Buffer, 22mM Lithium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 3.16 Å R-free 0.308
2H1L The Structure of the Oncoprotein SV40 Large T Antigen and p53 Tumor Suppressor Complex 提交 2006-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 S 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 T 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 U 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 V 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 W 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
链 X 92–292（201 aa） 片段：DNA Binding Domain, residues 92-292
未记录 ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；298 K；5.4% PEG 4000, 73mM Mops Buffer, 22mM Lithium Sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
分辨率 3.16 Å R-free 0.308
2H4F Sir2-p53 peptide-NAD+ 提交 2006-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 372–389（18 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.6；293 K；CHES, PEG3350, NAD, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.228
2H4H Sir2 H116Y mutant-p53 peptide-NAD 提交 2006-05-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 372–389（18 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.6；293 K；CHES, PEG 3350, pH9.6, NAD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.99 Å R-free 0.237
2H59 Sir2 H116A-deacetylated p53 peptide-3'-o-acetyl ADP ribose 提交 2006-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 372–389（18 aa）
链 E 372–389（18 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 3OD (2S,3S,4R,5S)-2-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-4,5-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-3-YL ACETATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；PEG 8000, Na-Tartrate:K-Phosphate, NaCl, NAD, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
分辨率 1.90 Å R-free 0.247

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P53_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 94–297

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2fej

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2fej
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2fej
沉积日期 deposition_date2005-12-16
结构标题 titleSolution structure of human p53 DNA binding domain.
关键词 keywordsBETA SANDWICH, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.38 Å
零角强度 I(0) i010900300000.00
分子量 molecular_weight829600.0 kDa
排除体积 excluded_volume1013400 ų
包络体积 envelope_volume65599 ų
水化壳体积 shell_volume25258 ų
包络直径 envelope_diameter71.9 Å
壳层 Rg shell_rg28.91 Å
包络 Rg envelope_rg22.00 Å
形状 Rg shape_rg17.38 Å
总 Rg total_rg17.45 Å
总原子数 total_atoms114444
残基数 n_residues7344
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax62.5 Å
Rg (实空间) rg_real17.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0900e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2270e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10900000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7861
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.8 Å
偏度 Skewness skewness0.190
峰度 Kurtosis kurtosis-0.308
角度范围 angular_range— – 0.4450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1397000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.739; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2feja_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.2 — p53 DNA-binding domain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2fejA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)