SAXSdb — 2fj2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Viral macrophage inflammatory protein-II

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 24–94 链 B； UniProt 24–94	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；298 K；100mM Sodium Citrate, 11% PEG 4000, 11% 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 5.60	分辨率 2.30 Å R-free 0.301
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 24–94 链 D； UniProt 24–94	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；298 K；100mM Sodium Citrate, 11% PEG 4000, 11% 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 5.60	分辨率 2.30 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2FJ2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CM9 CRYSTAL STRUCTURE OF VIRAL MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN-II 提交 1999-05-19	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 21–94（74 aa）链 B 21–94（74 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.10 Å R-free 0.275
1HFF NMR solution structures of the vMIP-II 1-10 peptide from Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus. 提交 2000-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–33（10 aa）片段：RESIDUES 1-10	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；281 K；离子强度（mmCIF原始值）20MM SODIUM ACETATE；压力 1 NMR样品组成 20MM SODIUM ACETATE, 1-2MM PEPTIDE, 1MM SODIUM AZIDE, 1MM DSS	分辨率未提供
1HFG NMR solution structure of vMIP-II 1-71 from Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (minimized average structure). 提交 2000-12-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–94（71 aa）片段：RESIDUES 1-71	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；303 K；压力 1	分辨率未提供
1HFN NMR solution structures of vMIP-II 1-71 from Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus. 提交 2000-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–94（71 aa）片段：RESIDUES 1-71	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；303 K；压力 1 NMR样品组成 1MM DSS, 1MM NAN3, 20MM SODIUM ACETATE	分辨率未提供
1HHV SOLUTION STRUCTURE OF VIRUS CHEMOKINE VMIP-II 提交 1998-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 21–94（74 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 3.25；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NMR样品组成 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1VMP STRUCTURE OF THE ANTI-HIV CHEMOKINE VMIP-II 提交 1999-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.01；压力 1	分辨率未提供
2FHT Crystal Structure of Viral Macrophage Inflammatory Protein-II 提交 2005-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 24–94（71 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；0.1 M sodium citrate, 11% (w/v) PEG 4000, 11%(w/v) 2-propanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.331
4RWS Crystal structure of CXCR4 and viral chemokine antagonist vMIP-II complex (PSI Community Target) 提交 2014-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 24–94（71 aa）	突变：W5C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；100 mM sodium citrate pH 5.5, 28% PEG 400, 120 mM ammonium phosphate dibasic, 2-6% polypropylene P400, Lipidic cubic phase, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.274

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VMI2_HHV8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 B； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 C； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94 作者链 D； PDB构建体 1–71； UniProt 24–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fj2
沉积日期 deposition_date	2005-12-30
结构标题 title	Crystal Structure of Viral Macrophage Inflammatory Protein-II
关键词 keywords	chemokine, herpesvirus, anti-HIV; CHEMOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.80 Å
零角强度 I(0) i0	13709300.00
分子量 molecular_weight	29772.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37765 Å³
包络体积 envelope_volume	54681 Å³
水化壳体积 shell_volume	15618 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.04 Å
包络 Rg envelope_rg	29.31 Å
形状 Rg shape_rg	30.81 Å
总 Rg total_rg	31.32 Å
总原子数 total_atoms	2084
残基数 n_residues	270
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4270e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13710000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6684
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	17.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.192
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.028
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	595600.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.460; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.308; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2fj2a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d2fj2b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d2fj2c1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

结构域编号 domain_id	d2fj2d1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family family	d.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2fj2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2fj2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2fj2C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2fj2D00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.650 Å
晶胞边长 b length_b	65.770 Å
晶胞边长 c length_c	45.620 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2480
R_work r_work	—
R_free r_free	0.3010

描述 description	Viral macrophage inflammatory protein-II
分子量 formula_weight	8142.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2183

Crystal Structure of Viral Macrophage Inflammatory Protein-II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Viral macrophage inflammatory protein-II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

fit	/app/data/saxs_computation/fj/2fj2/2fj2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fj/2fj2/2fj2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fj/2fj2/2fj2.dat