SAXSdb — 2fom

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

polyprotein

Dengue virus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	CHLORIDE ION × 2 GLYCEROL × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q91H74_9FLAV
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–53； UniProt 1394–1440 作者链 B； PDB构建体 1–185； UniProt 1476–1660

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fom
沉积日期 deposition_date	2006-01-13
结构标题 title	Dengue Virus NS2B/NS3 Protease
关键词 keywords	FLAVIVIRUS, NS3 protease, NS2B cofactor, VIRAL PROTEIN-PROTEASE COMPLEX; VIRAL PROTEIN/PROTEASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2fom__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2fom__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2fom__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.60 Å
Rg（电子密度）	16.45 Å
总 Rg	17.62 Å
原子数	1479
残基数	196
排除体积	26282 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2fom__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2fom__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	polyprotein
分子量 formula_weight	6409.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1718

GSHMLEADLELERAADVRWEEQAEISGSSPILSITISEDGSMSIKNEEEEQTLGGGGSGGGG

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	polyprotein
分子量 formula_weight	19936.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AGVLWDVPSPPPVGKAELEDGAYRIKQKGILGYSQIGAGVYKEGTFHTMWHVTRGAVLMHKGKRIEPSWADVKKDLISYGGGWKLEGEWKEGEEVQVLALEPGKNPRAVQTKPGLFKTNTGTIGAVSLDFSPGTSGSPIVDKKGKVVGLYGNGVVTRSGAYVSAIANTEKSIEDNPEIEDDIFRK

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	150

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2foma1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.96 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
超家族 Superfamily superfamily	g.96.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like
家族 Family family	g.96.1.1 — Flavivirus non-structural protein NS2B-like

结构域编号 domain_id	d2foma2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2foma3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2fomb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.3 — Viral proteases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2fomA01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2830 —

结构域编号 domain_id	2fomB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2fomB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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晶胞边长 a length_a	61.307 Å
晶胞边长 b length_b	61.109 Å
晶胞边长 c length_c	113.877 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2090

Dengue Virus NS2B/NS3 Protease

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2fom__assembly_1__model_1

2fom__assembly_1__model_1 | I(q)

2fom__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Dengue Virus NS2B/NS3 Protease

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2fom__assembly_1__model_1

2fom__assembly_1__model_1 | I(q)

2fom__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)