SAXSdb — 2fr6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2fr6
沉积日期 deposition_date	2006-01-19
结构标题 title	Crystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with Cytidine
关键词 keywords	CYTIDINE DEAMINASE, ZINC, CYTIDINE, URIDINE, PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX, SUBSTRATE-PRODUCT INTERMEDIATE, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.39 Å
零角强度 I(0) i0	64036400.00
分子量 molecular_weight	61267.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76015 Å³
包络体积 envelope_volume	85622 Å³
水化壳体积 shell_volume	30367 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.0 Å
壳层 Rg shell_rg	30.79 Å
包络 Rg envelope_rg	22.91 Å
形状 Rg shape_rg	22.45 Å
总 Rg total_rg	23.08 Å
总原子数 total_atoms	4281
残基数 n_residues	543
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.7 Å
Rg (实空间) rg_real	23.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4040e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	64040000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6908
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.172
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	35930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.771; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.223; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.997

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Cytidine deaminase
分子量 formula_weight	16148.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4691

MAQERPSCAVEPEHVQRLLLSSREAKKSAYCPYSRFPVGAALLTGDGRIFSGCNIENACYPLGVCAERTAIQKAISEGYKDFRAIAISSDLQEEFISPCGACRQVMREFGTDWAVYMTKPDGTFVVRTVQELLPASFGPEDLQKIQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	4-AMINO-1-BETA-D-RIBOFURANOSYL-2(1H)-PYRIMIDINONE
分子量 formula_weight	243.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	URIDINE
分子量 formula_weight	244.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	AMMONIA
分子量 formula_weight	17.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	358

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2fr6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.97.1 — Cytidine deaminase-like
家族 Family family	c.97.1.1 — Cytidine deaminase

结构域编号 domain_id	d2fr6b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.97.1 — Cytidine deaminase-like
家族 Family family	c.97.1.1 — Cytidine deaminase

结构域编号 domain_id	d2fr6c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.97.1 — Cytidine deaminase-like
家族 Family family	c.97.1.1 — Cytidine deaminase

结构域编号 domain_id	d2fr6d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.97 — Cytidine deaminase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.97.1 — Cytidine deaminase-like
家族 Family family	c.97.1.1 — Cytidine deaminase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2fr6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	2fr6B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	2fr6C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

结构域编号 domain_id	2fr6D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytidine Deaminase, domain 2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.199 Å
晶胞边长 b length_b	92.961 Å
晶胞边长 c length_c	180.737 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	33.590 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/fr/2fr6/2fr6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fr/2fr6/2fr6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fr/2fr6/2fr6.dat

Crystal Structure of Mouse Cytidine Deaminase Complexed with Cytidine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)