2g1n

Ketopiperazine-based renin inhibitors: Optimization of the "C" ring

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Renin

Homo sapiens

UniProt P00797

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 74–406 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 1IG N-{2-[6-(2,4-DIAMINO-6-ETHYLPYRIMIDIN-5-YL)-2,2-DIMETHYL-3-OXO-2,3-DIHYDRO-4H-1,4-BENZOTHIAZIN-4-YL]ETHYL}ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.285
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 74–406 未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 1IG N-{2-[6-(2,4-DIAMINO-6-ETHYLPYRIMIDIN-5-YL)-2,2-DIMETHYL-3-OXO-2,3-DIHYDRO-4H-1,4-BENZOTHIAZIN-4-YL]ETHYL}ACETAMIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.90 Å R-free 0.285

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 90 个其他 PDB 条目、228 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RENI_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–333; UniProt 74–406 作者链 B; PDB构建体 1–333; UniProt 74–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2g1n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2g1n
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2g1n
沉积日期 deposition_date2006-02-14
结构标题 titleKetopiperazine-based renin inhibitors: Optimization of the "C" ring
关键词 keywordsPROTEIN-LIGAND COMPLEXES, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.31
零角强度 I(0) i083265100.00
分子量 molecular_weight74292.0 kDa
排除体积 excluded_volume93218 ų
包络体积 envelope_volume125090 ų
水化壳体积 shell_volume29508 ų
包络直径 envelope_diameter108.0
壳层 Rg shell_rg42.34
包络 Rg envelope_rg33.78
形状 Rg shape_rg35.30
总 Rg total_rg35.87
总原子数 total_atoms5230
残基数 n_residues666
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.1
Rg (实空间) rg_real35.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96
I(0) (实空间) i0_real8.3270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal83260000.0000
解质量估计 total_estimate0.7400
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary25.0
偏度 Skewness skewness0.161
峰度 Kurtosis kurtosis-1.075
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16900000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.627; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.735; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2g1na_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like
结构域编号 domain_idd2g1nb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.50 — Acid proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.50.1 — Acid proteases
家族 Family familyb.50.1.2 — Pepsin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2g1nA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id2g1nA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id2g1nB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases
结构域编号 domain_id2g1nB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin D, subunit A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Acid Proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)