SAXSdb — 2g59

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g59
沉积日期 deposition_date	2006-02-22
结构标题 title	Crystal Structure of the Catalytic Domain of Protein Tyrosine Phosphatase from Homo sapiens
关键词 keywords	;Protein Tyrosine Phosphatase, Dephosphorylation, Structural Genomics, PSI, Protein Structure Initiative, New York SGX Research Center for Structural Genomics, NYSGXRC, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.08 Å
零角强度 I(0) i0	75876100.00
分子量 molecular_weight	66866.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83045 Å³
包络体积 envelope_volume	100810 Å³
水化壳体积 shell_volume	32632 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.7 Å
壳层 Rg shell_rg	33.14 Å
包络 Rg envelope_rg	25.23 Å
形状 Rg shape_rg	25.08 Å
总 Rg total_rg	25.94 Å
总原子数 total_atoms	4699
残基数 n_residues	569
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	75880000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9085
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.204
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.511
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15810000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.987

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase O
分子量 formula_weight	34942.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4968

MSLTNPVQLDDFDAYIKDMAKDSDYKFSLQFEELKLIGLDIPHFAADLPLNRCKNRYTNILPYDFSRVRLVSMNEEEGADYINANYIPGYNSPQEYIATQGPLPETRNDFWKMVLQQKSQIIVMLTQCNEKRRVKCDHYWPFTEEPIAYGDITVEMISEEEQDDWACRHFRINYADEMQDVMHFNYTAWPDHGVPTANAAESILQFVHMVRQQATKSKGPMIIHCSAGVGRTGTFIALDRLLQHIRDHEFVDILGLVSEMRSYRMSMVQTEEQYIFIHQCVQLMWMKKKEGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	269

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2g59a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2g59a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g59a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g59b1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2g59b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2g59b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2g59A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	2g59B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	73.869 Å
晶胞边长 b length_b	59.723 Å
晶胞边长 c length_c	76.995 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	31.830 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2370

fit	/app/data/saxs_computation/g5/2g59/2g59.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g5/2g59/2g59.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g5/2g59/2g59.dat

Crystal Structure of the Catalytic Domain of Protein Tyrosine Phosphatase from Homo sapiens

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction