2g7i

Structure of Human Complement Factor H Carboxyl Terminal Domains 19-20: a Basis for Atypical Hemolytic Uremic Syndrome

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement factor H

Homo sapiens

UniProt P08603

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1107–1231 片段:C-terminal Domains 19-20 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;298 K;Before crystallization the protein was concentrated to 10 mg/ml and dialysed into 20 mM Tris, 50 mM NaCl, pH 7.0. The protein was crystallized in sitting drops by mixing 1 ul of protein solution at 10 mg/ml with 1 ul of reservoir solution of 2.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K 分辨率 1.75 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、75 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CFAH_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–125; UniProt 1107–1231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2g7i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2g7i
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2g7i
沉积日期 deposition_date2006-02-28
结构标题 titleStructure of Human Complement Factor H Carboxyl Terminal Domains 19-20: a Basis for Atypical Hemolytic Uremic Syndrome
关键词 keywords;Sushi (CCP/SCR) domain, Complement, Regulator, Factor H, Beta-1H Globulin, Immune system, Atypical Hemolytic Uremic Syndrome, Heparin Binding ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.66
零角强度 I(0) i03943160.00
分子量 molecular_weight13930.0 kDa
排除体积 excluded_volume17267 ų
包络体积 envelope_volume22275 ų
水化壳体积 shell_volume10626 ų
包络直径 envelope_diameter76.0
壳层 Rg shell_rg24.08
包络 Rg envelope_rg21.09
形状 Rg shape_rg20.63
总 Rg total_rg21.33
总原子数 total_atoms976
残基数 n_residues124
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.7
Rg (实空间) rg_real21.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83
I(0) (实空间) i0_real3.9430e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0650e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.09
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3943000.0000
解质量估计 total_estimate0.6326
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary75.6
偏度 Skewness skewness0.616
峰度 Kurtosis kurtosis-0.425
角度范围 angular_range— – 0.3850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha687800.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.369; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.112; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2g7iA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1
结构域编号 domain_id2g7iA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Complement Module, domain 1

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)