SAXSdb — 2g8c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

outer surface protein A

Borrelia burgdorferi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	IMIDAZOLE × 1 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OSPA1_BORBU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 5–251； UniProt 27–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2g8c
沉积日期 deposition_date	2006-03-02
结构标题 title	Atomic-resolution crystal structure of Borrelia burgdorferi OspA via surface entropy reduction
关键词 keywords	beta sheet, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2g8c__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2g8c__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2g8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.61 Å
Rg（电子密度）	24.00 Å
总 Rg	24.56 Å
原子数	1836
残基数	246
排除体积	32789 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2g8c__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	outer surface protein A
分子量 formula_weight	26395.5 kDa
突变 mutation	E37S, E45S, K46S, K48A, K60A, K64S, K83A, K104S, K107S, E196A, K239S, E240S, K254S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O
原子数 atom_count	2298

GSHMKNSVSVDLPGSMKVLVSKSSNADGKYDLIATVDALELSGTSDKNNGSGVLEGVKADASKVKLTISDDLGQTTLEVFKSDGSTLVSKKVTSKDKSSTEEKFNEKGEVSEKIITRADGTRLEYTGIKSDGSGKAKEVLKGYVLEGTLTAEKTTLVVKEGTVTLSKNISKSGAVSVELNDTDSSAATKKTAAWNSGTSTLTITVNSKKTKDLVFTSSNTITVQQYDSNGTSLEGSAVEITKLDEIKNALK

来源 Source

来源生物 organism	Borrelia burgdorferi
通用名 common_name	Lyme disease spirochete
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	139
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	403

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2g8co_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.76 — open-sided beta-meander
超家族 Superfamily superfamily	b.76.1 — Outer surface protein
家族 Family family	b.76.1.1 — Outer surface protein

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2g8cO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	2g8cO02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	930 — Outer Surface Protein A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1 —

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晶胞边长 a length_a	33.224 Å
晶胞边长 b length_b	54.628 Å
晶胞边长 c length_c	66.459 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.36 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.150 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1550
R_work r_work	0.1536
R_free r_free	0.1800

Atomic-resolution crystal structure of Borrelia burgdorferi OspA via surface entropy reduction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

outer surface protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2g8c__assembly_1__model_1

2g8c__assembly_1__model_1 | I(q)

2g8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Atomic-resolution crystal structure of Borrelia burgdorferi OspA via surface entropy reduction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

outer surface protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2g8c__assembly_1__model_1

2g8c__assembly_1__model_1 | I(q)

2g8c__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)