2g9h

Crystal Structure of Staphylococcal Enterotoxin I (SEI) in Complex with a Human MHC class II Molecule

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 100.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01903

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 26–207 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain × 1 (P04229) Hemagglutinin × 1 (P04664) extracellular enterotoxin type I × 1 (O85383) SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;10% dioxane, 1.2 mM (NH4)2SO4 and 100 mM Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 139 个其他 PDB 条目、219 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2DRA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–182; UniProt 26–207

HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain

Homo sapiens

UniProt P04229

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–219 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) Hemagglutinin × 1 (P04664) extracellular enterotoxin type I × 1 (O85383) SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;10% dioxane, 1.2 mM (NH4)2SO4 and 100 mM Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 2B11_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–190; UniProt 30–219

Hemagglutinin

物种未注明

UniProt P04664

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 306–318 片段:peptide, 306-318 residues HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain × 1 (P04229) extracellular enterotoxin type I × 1 (O85383) SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;10% dioxane, 1.2 mM (NH4)2SO4 and 100 mM Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HEMA_IAEN6
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–13; UniProt 306–318

extracellular enterotoxin type I

物种未注明

UniProt O85383

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–242 未记录 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain × 1 (P01903) HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain × 1 (P04229) Hemagglutinin × 1 (P04664) SO4 SULFATE ION × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;298 K;10% dioxane, 1.2 mM (NH4)2SO4 and 100 mM Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.00 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称 O85383_STAAU
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–218; UniProt 25–242

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2g9h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2g9h
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2g9h
沉积日期 deposition_date2006-03-06
结构标题 titleCrystal Structure of Staphylococcal Enterotoxin I (SEI) in Complex with a Human MHC class II Molecule
关键词 keywordsImmune System, Superantigen, Zn, HLA clasII molecule; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.24
零角强度 I(0) i077091300.00
分子量 molecular_weight69494.0 kDa
排除体积 excluded_volume86938 ų
包络体积 envelope_volume108980 ų
水化壳体积 shell_volume31434 ų
包络直径 envelope_diameter107.6
壳层 Rg shell_rg35.75
包络 Rg envelope_rg30.45
形状 Rg shape_rg30.21
总 Rg total_rg30.85
总原子数 total_atoms4904
残基数 n_residues594
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.5
Rg (实空间) rg_real30.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.73
I(0) (实空间) i0_real7.7090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.77
I(0) (倒空间) i0_reciprocal77090000.0000
解质量估计 total_estimate0.8861
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.9
偏度 Skewness skewness0.374
峰度 Kurtosis kurtosis-0.501
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11850000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.909; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.872

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_idd2g9ha1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2g9ha2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd2g9ha3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2g9hb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2g9hb2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamilyd.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family familyd.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain
结构域编号 domain_idd2g9hd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.2 — Superantigen toxins, N-terminal domain
结构域编号 domain_idd2g9hd2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.6 — Superantigen toxins, C-terminal domain
家族 Family familyd.15.6.1 — Superantigen toxins, C-terminal domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2g9hA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id2g9hA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2g9hB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
结构域编号 domain_id2g9hB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2g9hD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120
结构域编号 domain_id2g9hD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)