2gag

Heteroteterameric sarcosine: structure of a diflavin metaloenzyme at 1.85 a resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gag
沉积日期 deposition_date	2006-03-08
结构标题 title	Heteroteterameric sarcosine: structure of a diflavin metaloenzyme at 1.85 a resolution
关键词 keywords	Sarcosine oxidase, Flavoenzyme, Electron transfer, Folate-methylating enzyme, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.39 Å
零角强度 I(0) i0	511935000.00
分子量 molecular_weight	179680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	222930 Å³
包络体积 envelope_volume	271180 Å³
水化壳体积 shell_volume	61554 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.70 Å
包络 Rg envelope_rg	35.33 Å
形状 Rg shape_rg	35.38 Å
总 Rg total_rg	35.94 Å
总原子数 total_atoms	12657
残基数 n_residues	1649
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.6 Å
Rg (实空间) rg_real	35.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	512000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8894
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.295
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.366
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	125100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.850

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	heterotetrameric sarcosine oxidase alpha-subunit
分子量 formula_weight	103218.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14136

MSKPQRLSAEQSSRARINREEALSLTVDGAKLSAFRGDTVASALLANGVRRAGNSLYLDRPRGIFAAGVEEPNALVTVSARHEQDIDESMLPATTVPVTEDLNATLLSGLGVLDPTKDPAYYDHVHVHTDVLVVGAGPAGLAAAREASRSGARVMLLDERAEAGGTLLDTAGEQIDGMDSSAWIEQVTSELAEAEETTHLQRTTVFGSYDANYLIAAQRRTVHLDGPSGPGVSRERIWHIRAKQVVLATGAHERPIVFENNDRPGIMLAGAVRSYLNRYGVRAGARIAVATTNDSAYELVRELAATGGVVAVIDARSSISAAAAQAVADGVQVISGSVVVDTEADENGELSAIVVAELDEARELGGTQRFEADVLAVAGGFNPVVHLHSQRQGKLDWDTTIHAFVPADAVANQHLAGAMTGRLDTASALSTGAATGAAAATAAGFATVARTPQALETALGETRPVWLVPSVSGDDAVNYKFHFVDLQRDQTVADVLRATGAGMKSVEHIKRYTSISTANDQGKTSGVAAIGVIAAVLGIENPAAIGTTTFRAPYTPVAFAALAGRNRGDQLDPARITAMHSWHLSHGAEFEDVGQWKRPWYYPQAGETMDQAVYRESKAVRDSVGMLDATTLGKIEIRGKDAAEFLNRIYTNGYTKLKVGMGRYGVMCKADGMIFDDGVTLRLAEDRFLLHTTTGGAADVLDWLEEWLQTEWPDLDVTCTSVTEQLATVAVVGPRSRDVIAKLASTVDVSNEGFKFMAFKDVVLDSGIEARISRISFSGELAFEIAVPAWHGLRVWEDVYAAGEEFNITPYGTETMHVLRAEKGFIIVGQDTDGTVTPQDAGMEWVVSKLKDFIGNRSYSRADNAREDRKQLVSVLPVDKSLRLPEGAALVASDALASEGITPMEGWVTSSYDSPNLGRTFGLALIKNGRNRIGEVLKTPVGDQLVDVVVSETVLYDPEGSRRDG

来源 Source

来源生物 organism	Stenotrophomonas maltophilia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	heterotetrameric sarcosine oxidase beta-subunit
分子量 formula_weight	44117.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADLLPEHPEFLWANPEPKKSYDAIIVGGGGHGLATAYFLAKNHGITNVAVLEKGWLAGGNMARNTTIIRSNYLWDESAGIYEKSLKLWEQLPEDLEYDFLFSQRGVLNLAHTLGDVRESVRRVEANKLNGVDAEWLDPSQVKEACPIINTSDDIRYPVMGATWQPRAGIAKHDHVAWAFARKANEMGVDIIQNCEVTGFIKDGEKVTGVKTTRGTIHAGKVALAGAGHSSVLAEMAGFELPIQSHPLQALVSELFEPVHPTVVMSNHIHVYVSQAHKGELVMGAGIDSYNGYGQRGAFHVIQEQMAAAVELFPIFARAHVLRTWGGIVDTTMDASPIISKTPIQNLYVNCGWGTGGFKGTPGAGFTLAHTIANDEPHELNKPFSLERFETGHLIDEHGAAAVAH

来源 Source

来源生物 organism	Stenotrophomonas maltophilia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	heterotetrameric sarcosine oxidase gamma-subunit
分子量 formula_weight	22235.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MANNTLIETPLRHSPAEHLDTVMDAASVAGRVELREIAFTTQISLRCAPGTQAHAALAAATGAGLPAKVGEVAGEAQGTAVLWLAPDEFLATSAENTELGGVLSAALGDAPGQVVDLSANRSVLELTGPDAPLVLRKSCPADLHPRAFAVNQAIVTSVANIPVLLWRTGEQAWRIMPRASFTEHTVHWLVDAMSEFASEAVILEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Stenotrophomonas maltophilia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 polymer

描述 description	heterotetrameric sarcosine oxidase delta-subunit
分子量 formula_weight	11395.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MMLIDCPNCGPRNENEFKYGGEAHVAYPADPHALSDKQWSRYLFYRQNKKGIFAERWVHAAGCRKWFNALRDTVTYEFKAIYPAGAPRPEIHSAEGGTR

来源 Source

来源生物 organism	Stenotrophomonas maltophilia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-FUROIC ACID
分子量 formula_weight	112.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFITE ION
分子量 formula_weight	80.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1479

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2gagA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	2gagB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2gagB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	9 — D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	2gagC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Probable tRNA modification gtpase trme; domain 1

结构域编号 domain_id	2gagC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1520 — Heterotetrameric sarcosine oxidase

结构域编号 domain_id	2gagD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2270 — Folate-binding fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Folate-binding superfamily

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	73.186 Å
晶胞边长 b length_b	132.407 Å
晶胞边长 c length_c	197.418 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2300

fit	/app/data/saxs_computation/ga/2gag/2gag.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ga/2gag/2gag.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ga/2gag/2gag.dat

Heteroteterameric sarcosine: structure of a diflavin metaloenzyme at 1.85 a resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)