2gam

;X-ray crystal structure of murine leukocyte-type Core 2 b1,6-N-acetylglucosaminyltransferase (C2GnT-L) in complex with Galb1,3GalNAc ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 143.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gam
沉积日期 deposition_date	2006-03-09
结构标题 title	;X-ray crystal structure of murine leukocyte-type Core 2 b1,6-N-acetylglucosaminyltransferase (C2GnT-L) in complex with Galb1,3GalNAc ;
关键词 keywords	glycoprotein, cis-peptide, dimer, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.90 Å
零角强度 I(0) i0	421226000.00
分子量 molecular_weight	171080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	215130 Å³
包络体积 envelope_volume	282160 Å³
水化壳体积 shell_volume	56801 Å³
包络直径 envelope_diameter	146.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.42 Å
包络 Rg envelope_rg	41.35 Å
形状 Rg shape_rg	41.86 Å
总 Rg total_rg	42.26 Å
总原子数 total_atoms	12033
残基数 n_residues	1466
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	421200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8690
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.408
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.855; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.768

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase
分子量 formula_weight	45319.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.102
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12285

PEFFSVRHLELAGDDPYSNVNCTKILQGDPEEIQKVKLEILTVQFKKRPRWTPHDYINMTRDCASFIRTRKYIVEPLTKEEVGFPIAYSIVVHHKIEMLDRLLRAIYMPQNFYCIHVDRKAEESFLAAVQGIASCFDNVFVASQLESVVYASWTRVKADLNCMKDLYRMNANWKYLINLCGMDFPIKTNLEIVRKLKCSTGENNLETEKMPPNKEERWKKRYAVVDGKLTNTGIVKAPPPLKTPLFSGSAYFVVTREYVGYVLENENIQKLMEWAQDTYSPDEFLWATIQRIPEVPGSFPSSNKYDLSDMNAIARFVKWQYFEGDVSNGAPYPPCSGVHVRSVCVFGAGDLSWMLRQHHLFANKFDMDVDPFAIQCLDEHLRRKALENLEH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	383.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	252

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.498 Å
晶胞边长 b length_b	80.585 Å
晶胞边长 c length_c	102.325 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	73.61 °
晶胞夹角 β angle_beta	76.26 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	64.56 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2170
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2740

fit	/app/data/saxs_computation/ga/2gam/2gam.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ga/2gam/2gam.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ga/2gam/2gam.dat

;X-ray crystal structure of murine leukocyte-type Core 2 b1,6-N-acetylglucosaminyltransferase (C2GnT-L) in complex with Galb1,3GalNAc ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction