SAXSdb — 2gco

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho-related GTP-binding protein RhoC

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–181	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291.15 K；30% PEG 8000, 0.2M Sodium Acetate,1.2% Inositol, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.219
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–181	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291.15 K；30% PEG 8000, 0.2M Sodium Acetate,1.2% Inositol, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GCO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z2C Crystal structure of mDIA1 GBD-FH3 in complex with RhoC-GMPPNP 提交 2005-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–193（193 aa）	突变：F25N	MG MAGNESIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 2000-MME, magnesium sulphate, Tris buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
1Z2C Crystal structure of mDIA1 GBD-FH3 in complex with RhoC-GMPPNP 提交 2005-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–193（193 aa）	突变：F25N	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 2000-MME, magnesium sulphate, Tris buffer, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
2GCN Crystal structure of the human RhoC-GDP complex 提交 2006-03-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–181（181 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；20% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
2GCP Crystal structure of the human RhoC-GSP complex 提交 2006-03-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–181（181 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；291.15 K；3M Sodium Chloride, 0.1M Sodium Acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 2.15 Å R-free 0.226

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RHOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–201； UniProt 1–181 作者链 B； PDB构建体 21–201； UniProt 1–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gco
沉积日期 deposition_date	2006-03-14
结构标题 title	Crystal structure of the human RhoC-GppNHp complex
关键词 keywords	GTP-binding protein, GTPase, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.04 Å
零角强度 I(0) i0	33292100.00
分子量 molecular_weight	42891.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53066 Å³
包络体积 envelope_volume	65100 Å³
水化壳体积 shell_volume	23146 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.5 Å
壳层 Rg shell_rg	30.41 Å
包络 Rg envelope_rg	24.36 Å
形状 Rg shape_rg	24.03 Å
总 Rg total_rg	24.79 Å
总原子数 total_atoms	3001
残基数 n_residues	369
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.8230e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8669
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8699000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.837; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Rho-related GTP-binding protein RhoC
分子量 formula_weight	22740.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3573

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAAIRKKLVIVGDGACGKTCLLIVFSKDQFPEVYVPTVFENYIADIEVDGKQVELALWDTAGQEDYDRLRPLSYPDTDVILMCFSIDSPDSLENIPEKWTPEVKHFCPNVPIILVGNKKDLRQDEHTRRELAKMKQEPVRSEEGRDMANRISAFGYLECSAKTKEGVREVFEMATRAGLQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Rho-related GTP-binding protein RhoC
分子量 formula_weight	22724.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAAIRKKLVIVGDGACGKTCLLIVFSKDQFPEVYVPTVFENYIADIEVDGKQVELALWDTAGQEDYDRLRPLSYPDTDVILMCFSIDSPDSLENIPEKWTPEVKHFCPNVPIILVGNKKDLRQDEHTRRELAKMKQEPVRSEEGRDMANRISAFGYLECSAKTKEGVREVFEMATRAGLQV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	502

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2gcoa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2gcoa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2gcob1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2gcob2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gcoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gcoB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.092 Å
晶胞边长 b length_b	75.645 Å
晶胞边长 c length_c	82.903 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1970
R_free r_free	0.2190

fit	/app/data/saxs_computation/gc/2gco/2gco.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gc/2gco/2gco.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gc/2gco/2gco.dat

Crystal structure of the human RhoC-GppNHp complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho-related GTP-binding protein RhoC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)