SAXSdb — 2gey

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gey
沉积日期 deposition_date	2006-03-21
结构标题 title	Crystal Structure of AclR a putative hydroxylase from Streptomyces galilaeus
关键词 keywords	alpha+beta barrel, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.72 Å
零角强度 I(0) i0	68877200.00
分子量 molecular_weight	66152.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83158 Å³
包络体积 envelope_volume	105310 Å³
水化壳体积 shell_volume	29218 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.43 Å
包络 Rg envelope_rg	32.13 Å
形状 Rg shape_rg	31.77 Å
总 Rg total_rg	32.00 Å
总原子数 total_atoms	4642
残基数 n_residues	573
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7834
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.569
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.271
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.529; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.629; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	AclR protein
分子量 formula_weight	17953.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5413

MSMAERKALCLEMVAAWNRWDLSGIIKHWSPDIVHYSEDNEVSSADMVKLMEGGLKAFPDLQLEVKSIMAEEDRVALRITVTATHQGEFMGVQPTGQRVSWHLVEELRFVDGKVVEHWDVINMRPLLVRLGKLPDVPKVVLEASAKLAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces galilaeus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33899
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	548

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2geya1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.9 — SnoaL-like polyketide cyclase

结构域编号 domain_id	d2geya2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2geyb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.9 — SnoaL-like polyketide cyclase

结构域编号 domain_id	d2geyc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.9 — SnoaL-like polyketide cyclase

结构域编号 domain_id	d2geyc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2geyd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.4 — NTF2-like
家族 Family family	d.17.4.9 — SnoaL-like polyketide cyclase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2geyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2geyB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2geyC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	2geyD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.908 Å
晶胞边长 b length_b	81.724 Å
晶胞边长 c length_c	136.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	43.980 Å
R 因子 r_factor	0.1759
R_work r_work	0.1748
R_free r_free	0.1971

fit	/app/data/saxs_computation/ge/2gey/2gey.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ge/2gey/2gey.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ge/2gey/2gey.dat

Crystal Structure of AclR a putative hydroxylase from Streptomyces galilaeus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)