2gg8

Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine aminopeptidase

Escherichia coli K12

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–264	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U15 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-(4-METHYLPHENYL)PROPANOYL]-D-ALANYL-D-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GG8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EVC Crystal structure of E. Coli. methionine amino peptidase in complex with 5-(2-(trifluoromethyl)phenyl)furan-2-carboxylic acid 提交 2005-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 FC3 5-[2-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
2EVM crystal structure of methionine aminopeptidase in complex with 5-(2,5-dichlorophenyl)furan-2-carboxylic acid 提交 2005-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 FC2 5-(2,5-DICHLOROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.248
2EVO crystal structure of methionine amino peptidase in complex with N-cyclopentyl-N-(thiazol-2-yl)oxalamide 提交 2005-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 3 CT0 N1-CYCLOPENTYL-N2-(THIAZOL-2-YL)OXALAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
2EVO crystal structure of methionine amino peptidase in complex with N-cyclopentyl-N-(thiazol-2-yl)oxalamide 提交 2005-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–264（264 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 3 CT0 N1-CYCLOPENTYL-N2-(THIAZOL-2-YL)OXALAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
2GG0 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U11 METHYL N-{(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-[4-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]PROPANOYL}ALANYLGLYCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.28 Å R-free 0.209
2GG2 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U12 5-IMINO-4-(3-TRIFLUOROMETHYL-PHENYLAZO)-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.153
2GG3 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U13 4-(4-FLUORO-PHENYLAZO)-5-IMINO-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.161
2GG5 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U19 5-IMINO-4-(2-TRIFLUOROMETHYL-PHENYLAZO)-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 2.12 Å R-free 0.300
2GG7 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U14 3-(5-AMINO-3-IMINO-3H-PYRAZOL-4-YLAZO)-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.12 Å R-free 0.155
2GG9 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U16 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-(4-ISOPROPYLPHENYL)PROPANOYL]-D-ALANYL-D-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.05 Å R-free 0.159
2GGB Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U17 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXYHEPTANOYL]-L-SERYL-L-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.259
2GGC Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 MET METHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.133
2GTX Structural Basis of Catalysis by Mononuclear Methionine Aminopeptidase 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–264（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2GTX Structural Basis of Catalysis by Mononuclear Methionine Aminopeptidase 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 4–264（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2GU4 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 0.5, di-metalated 提交 2006-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
2GU4 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 0.5, di-metalated 提交 2006-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
2GU5 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 1, di-metalated 提交 2006-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
2GU5 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 1, di-metalated 提交 2006-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
2GU6 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 2, di-metalated 提交 2006-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
2GU6 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 2, di-metalated 提交 2006-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
2GU7 E. coli methionine aminopeptidase unliganded, 1:0.5 提交 2006-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2GU7 E. coli methionine aminopeptidase unliganded, 1:0.5 提交 2006-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2P98 E. coli methionine aminopeptidase monometalated with inhibitor YE7 提交 2007-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 YE7 IMIDAZO[2,1-A]ISOQUINOLINE-2-CARBOHYDRAZIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
2P99 E. coli methionine aminopeptidase monometalated with inhibitor YE6 提交 2007-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–262（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 YE6 5-(2-chlorophenyl)furan-2-carbohydrazide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.263
2P9A E. coli methionine aminopeptidase dimetalated with inhibitor YE6 提交 2007-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 YE6 5-(2-chlorophenyl)furan-2-carbohydrazide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
2Q92 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor B23 提交 2007-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 B23 5-(2-NITROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
2Q93 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor B21 提交 2007-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 B21 5-(2-METHOXYPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.251
2Q94 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A04 提交 2007-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A04 5-[2-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.63 Å R-free 0.238
2Q95 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A05 提交 2007-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A05 5-(2-CHLORO-4-NITROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2Q96 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A18 提交 2007-06-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A18 5-(2-CHLOROBENZYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
3D27 E. coli methionine aminopeptidase with Fe inhibitor W29 提交 2008-05-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–264（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 W29 4-(3-ethylthiophen-2-yl)benzene-1,2-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100 mM MES (pH 6.5), 2 mM MnCl2, 17% PEG 20000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
6IZ7 E. coli methionine aminopeptidase crystal structure fitted into the cryo-EM density map of E. coli 70S ribosome in complex with methionine aminopeptidase 提交 2018-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 1–264（264 aa）	突变：R175Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.80 Å
6IZI Crystal structure of E. coli peptide deformylase and methionine aminopeptidase fitted into the cryo-EM density map of the complex 提交 2018-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 1–264（264 aa）	突变：R175Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.80 Å
6J0A Crystal structure of E. coli methionine aminopeptidase enzyme and chaperone trigger factor fitted into the cryo-EM density map of the complex 提交 2018-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–264（264 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 14.20 Å

共 28 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMPM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–263； UniProt 2–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gg8
沉积日期 deposition_date	2006-03-23
结构标题 title	Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors
关键词 keywords	methionine amino peptidase, pita-bread fold, MAP inhibitor, antibacterial, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.43 Å
零角强度 I(0) i0	15567200.00
分子量 molecular_weight	29709.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37175 Å³
包络体积 envelope_volume	40943 Å³
水化壳体积 shell_volume	19117 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.8 Å
壳层 Rg shell_rg	24.29 Å
包络 Rg envelope_rg	17.86 Å
形状 Rg shape_rg	17.43 Å
总 Rg total_rg	18.39 Å
总原子数 total_atoms	2074
残基数 n_residues	263
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5570e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15570000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7418
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.184
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.385
角度范围 angular_range	— – 0.4300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5199000.0000
实空间数据点数 n_real_points	74
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.556; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methionine aminopeptidase
分子量 formula_weight	29239.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2216

AISIKTPEDIEKMRVAGRLAAEVLEMIEPYVKPGVSTGELDRICNDYIVNEQHAVSACLGYHGYPKSVCISINEVVCHGIPDDAKLLKDGDIVNIDVTVIKDGFHGDTSKMFIVGKPTIMGERLCRITQESLYLALRMVKPGINLREIGAAIQKFVEAEGFSVVREYCGHGIGRGFHEEPQVLHYDSRETNVVLKPGMTFTIEPMVNAGKKEIRTMKDGWTVKTKDRSLSAQYEHTIVVTDNGCEILTLRKDDTIPAIISHDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-(4-METHYLPHENYL)PROPANOYL]-D-ALANYL-D-LEUCINATE
分子量 formula_weight	393.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	116

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2gg8a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.127 — Creatinase/aminopeptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.127.1 — Creatinase/aminopeptidase
家族 Family family	d.127.1.1 — Creatinase/aminopeptidase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2gg8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.701 Å
晶胞边长 b length_b	62.017 Å
晶胞边长 c length_c	53.255 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.1720
R_work r_work	0.1720
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/gg/2gg8/2gg8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gg/2gg8/2gg8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gg/2gg8/2gg8.dat