SAXSdb — 2gje

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mitochondrial RNA-binding protein 2

Trypanosoma brucei

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 2	guide RNA 40-mer × 1 RNA tetramer × 1 mitochondrial RNA-binding protein 1 × 1 （P90629） water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q952G2_9TRYP
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–195； UniProt 30–224

mitochondrial RNA-binding protein 1

Trypanosoma brucei

UniProt P90629

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 2	guide RNA 40-mer × 1 RNA tetramer × 1 mitochondrial RNA-binding protein 2 × 1 （Q952G2） water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P90629_9TRYP
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–187； UniProt 20–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gje
沉积日期 deposition_date	2006-03-30
结构标题 title	Structure of a guideRNA-binding protein complex bound to a gRNA
关键词 keywords	guide RNA; kRNA editing; RNA binding protein, TRANSLATION-RNA COMPLEX; TRANSLATION/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2gje__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2gje__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2gje__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.87 Å
Rg（电子密度）	22.65 Å
总 Rg	23.41 Å
原子数	2768
残基数	304
排除体积	47563 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2gje__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	guide RNA 40-mer
分子量 formula_weight	12534.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	2769

AAAUACGAUGUAAAUAACCUGUAGUAUAGUUAGUGUAUA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA tetramer
分子量 formula_weight	1587.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	S

UAGUG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	mitochondrial RNA-binding protein 2
分子量 formula_weight	22055.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EAASSSDADGKEVGSSGEGNRATGGKWRRPSLAQQRARRAQLPPAFDVVHWNDEDISRGHLLRVLHRDTFVVLDYHRQARMLTEEGNKAERVVSVMLPAVYTARFLAVLEGRSEKVEVHSRYTNATFTPNPAAPYTFTLKCTSTRPAQQKQQVAGEEGDETFEWTVEFDVAESLMLQRFLTQALHYNTGFARTSV

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	mitochondrial RNA-binding protein 1
分子量 formula_weight	21333.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ASTFSGVQSLPKFEIHDVRDDPAEGTMTRVAVDGKLLLISQYPQLGPRKVDPNDLSPQFDADRRISVRLRHVDLAYLVGVCKERVPRHRMETKAYTLDFEKSAQGYHLHGKVHRVASQRMEDWSVKFDNHFAVTLEHFLESALDESFGFRQHYATRAAEGGEKIAATSSAEGGARRKRSVSDTSRYH

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2gjed1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.18 — ssDNA-binding transcriptional regulator domain
超家族 Superfamily superfamily	d.18.1 — ssDNA-binding transcriptional regulator domain
家族 Family family	d.18.1.4 — Guide RNA binding protein gBP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gjeA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	31 — Transcriptional Co-activator pc4; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2gjeD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	31 — Transcriptional Co-activator pc4; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	157.600 Å
晶胞边长 b length_b	157.600 Å
晶胞边长 c length_c	81.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.370 Å
最低分辨率 resolution_low	69.850 Å
R 因子 r_factor	0.2821
R_work r_work	0.2820
R_free r_free	0.3000

Structure of a guideRNA-binding protein complex bound to a gRNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mitochondrial RNA-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

mitochondrial RNA-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gje__assembly_1__model_1

2gje__assembly_1__model_1 | I(q)

2gje__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a guideRNA-binding protein complex bound to a gRNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mitochondrial RNA-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

mitochondrial RNA-binding protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gje__assembly_1__model_1

2gje__assembly_1__model_1 | I(q)

2gje__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)