SAXSdb — 2gje

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gje
沉积日期 deposition_date	2006-03-30
结构标题 title	Structure of a guideRNA-binding protein complex bound to a gRNA
关键词 keywords	guide RNA; kRNA editing; RNA binding protein, TRANSLATION-RNA COMPLEX; TRANSLATION/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.65 Å
零角强度 I(0) i0	34272200.00
分子量 molecular_weight	39803.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47563 Å³
包络体积 envelope_volume	63425 Å³
水化壳体积 shell_volume	23811 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.04 Å
包络 Rg envelope_rg	22.93 Å
形状 Rg shape_rg	22.65 Å
总 Rg total_rg	23.41 Å
总原子数 total_atoms	2768
残基数 n_residues	304
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.3 Å
Rg (实空间) rg_real	23.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.7890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	34270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8656
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.396
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.132
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3776000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.980

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	guide RNA 40-mer
分子量 formula_weight	12534.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	2769

AAAUACGAUGUAAAUAACCUGUAGUAUAGUUAGUGUAUA

Entity 2 polymer

描述 description	RNA tetramer
分子量 formula_weight	1587.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	S

UAGUG

Entity 3 polymer

描述 description	mitochondrial RNA-binding protein 2
分子量 formula_weight	22055.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

EAASSSDADGKEVGSSGEGNRATGGKWRRPSLAQQRARRAQLPPAFDVVHWNDEDISRGHLLRVLHRDTFVVLDYHRQARMLTEEGNKAERVVSVMLPAVYTARFLAVLEGRSEKVEVHSRYTNATFTPNPAAPYTFTLKCTSTRPAQQKQQVAGEEGDETFEWTVEFDVAESLMLQRFLTQALHYNTGFARTSV

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	mitochondrial RNA-binding protein 1
分子量 formula_weight	21333.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ASTFSGVQSLPKFEIHDVRDDPAEGTMTRVAVDGKLLLISQYPQLGPRKVDPNDLSPQFDADRRISVRLRHVDLAYLVGVCKERVPRHRMETKAYTLDFEKSAQGYHLHGKVHRVASQRMEDWSVKFDNHFAVTLEHFLESALDESFGFRQHYATRAAEGGEKIAATSSAEGGARRKRSVSDTSRYH

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma brucei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	185431
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2gjed1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.18 — ssDNA-binding transcriptional regulator domain
超家族 Superfamily superfamily	d.18.1 — ssDNA-binding transcriptional regulator domain
家族 Family family	d.18.1.4 — Guide RNA binding protein gBP

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gjeA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	31 — Transcriptional Co-activator pc4; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2gjeD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	31 — Transcriptional Co-activator pc4; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	157.600 Å
晶胞边长 b length_b	157.600 Å
晶胞边长 c length_c	81.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.370 Å
最低分辨率 resolution_low	69.850 Å
R 因子 r_factor	0.2821
R_work r_work	0.2820
R_free r_free	0.3000

fit	/app/data/saxs_computation/gj/2gje/2gje.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gj/2gje/2gje.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gj/2gje/2gje.dat

Structure of a guideRNA-binding protein complex bound to a gRNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)