2gk1

X-ray crystal structure of NGT-bound HexA

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-hexosaminidase subunit alpha

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 3	Beta-hexosaminidase subunit beta × 1 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain B × 1 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain A × 1 （P07686） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 3	Beta-hexosaminidase subunit beta × 1 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain B × 1 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain A × 1 （P07686） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 3	Beta-hexosaminidase subunit beta × 1 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain B × 1 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain A × 1 （P07686） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 6	Beta-hexosaminidase subunit beta × 2 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain B × 2 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain A × 2 （P07686） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 4 water × 4	与蛋白数一致
5	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 5	Beta-hexosaminidase subunit beta × 2 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain B × 2 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain A × 2 （P07686） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 4	与蛋白数一致
6	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 2	Beta-hexosaminidase subunit beta × 1 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain B × 1 （P07686） Beta-hexosaminidase subunit beta chain A × 1 （P07686） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEXA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–52； UniProt 23–74 作者链 C； PDB构建体 1–52； UniProt 23–74 作者链 E； PDB构建体 1–52； UniProt 23–74 作者链 G； PDB构建体 1–52； UniProt 23–74 作者链 I； PDB构建体 1–440； UniProt 89–528 作者链 J； PDB构建体 1–440； UniProt 89–528 作者链 K； PDB构建体 1–440； UniProt 89–528 作者链 L； PDB构建体 1–440； UniProt 89–528

Beta-hexosaminidase subunit beta

物种未注明

UniProt P07686

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 3	Beta-hexosaminidase subunit alpha × 1 （P06865） Beta-hexosaminidase subunit alpha × 1 （P06865） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 3	Beta-hexosaminidase subunit alpha × 1 （P06865） Beta-hexosaminidase subunit alpha × 1 （P06865） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 3	Beta-hexosaminidase subunit alpha × 1 （P06865） Beta-hexosaminidase subunit alpha × 1 （P06865） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2	与蛋白数一致
4	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 6	Beta-hexosaminidase subunit alpha × 2 （P06865） Beta-hexosaminidase subunit alpha × 2 （P06865） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 4 water × 4	与蛋白数一致
5	其他组合	异源复合物	蛋白 10 其他聚合物 5	Beta-hexosaminidase subunit alpha × 2 （P06865） Beta-hexosaminidase subunit alpha × 2 （P06865） beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 4	与蛋白数一致
6	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 2	Beta-hexosaminidase subunit alpha × 1 （P06865） Beta-hexosaminidase subunit alpha × 1 （P06865） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEXB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3, 4, 5
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–58； UniProt 50–107 作者链 D； PDB构建体 1–58； UniProt 50–107 作者链 F； PDB构建体 1–58； UniProt 50–107 作者链 H； PDB构建体 1–58； UniProt 50–107 作者链 M； PDB构建体 1–190； UniProt 122–311 作者链 O； PDB构建体 1–190； UniProt 122–311 作者链 Q； PDB构建体 1–190； UniProt 122–311 作者链 S； PDB构建体 1–190； UniProt 122–311 作者链 N； PDB构建体 1–237； UniProt 316–552 作者链 P； PDB构建体 1–237； UniProt 316–552 作者链 R； PDB构建体 1–237； UniProt 316–552 作者链 T； PDB构建体 1–237； UniProt 316–552

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gk1
沉积日期 deposition_date	2006-03-31
结构标题 title	X-ray crystal structure of NGT-bound HexA
关键词 keywords	beta-hexoasaminidase A, glycosidase, Tay-Sachs disease, Sandhoff disease, NAG-thazoline, GM2 gangliodosis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2gk1__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2gk1__assembly_5__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2gk1__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.69 Å
Rg（电子密度）	37.95 Å
总 Rg	38.53 Å
原子数	15973
残基数	1944
排除体积	284710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2gk1__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2gk1__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2gk1__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2gk1__assembly_4__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2gk1__assembly_5__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2gk1__assembly_6__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-hexosaminidase subunit alpha
分子量 formula_weight	6210.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	32011

LWPWPQNFQTSDQRYVLYPNNFQFQYDVSSAAQPGCSVLDEAFQRYRDLLFG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-hexosaminidase subunit alpha
分子量 formula_weight	50495.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.52
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

TLEKNVLVVSVVTPGCNQLPTLESVENYTLTINDDQCLLLSETVWGALRGLETFSQLVWKSAEGTFFINKTEIEDFPRFPHRGLLLDTSRHYLPLSSILDTLDVMAYNKLNVFHWHLVDDPSFPYESFTFPELMRKGSYNPVTHIYTAQDVKEVIEYARLRGIRVLAEFDTPGHTLSWGPGIPGLLTPCYSGSEPSGTFGPVNPSLNNTYEFMSTFFLEVSSVFPDFYLHLGGDEVDFTCWKSNPEIQDFMRKKGFGEDFKQLESFYIQTLLDIVSSYGKGYVVWQEVFDNKVKIQPDTIIQVWREDIPVNYMKELELVTKAGFRALLSAPWYLNRISYGPDWKDFYVVEPLAFEGTPEQKALVIGGEACMWGEYVDNTNLVPRLWPRAGAVAERLWSNKLTSDLTFAYERLSHFRCELLRRGVQAQPLNVGFCEQEFEQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Beta-hexosaminidase subunit beta
分子量 formula_weight	6416.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

AKPGPALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Beta-hexosaminidase subunit beta chain B
分子量 formula_weight	21653.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.52
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O,Q,S

TQVQQLLVSITLQSECDAFPNISSDESYTLLVKEPVAVLKANRVWGALRGLETFSQLVYQDSYGTFTINESTIIDSPRFSHRGILIDTSRHYLPVKIILKTLDAMAFNKFNVLHWHIVDDQSFPYQSITFPELSNKGSYSLSHVYTPNDVRMVIEYARLRGIRVLPEFDTPGHTLSWGKGQKDLLTPCYS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Beta-hexosaminidase subunit beta chain A
分子量 formula_weight	27305.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.52
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P,R,T

LDSFGPINPTLNTTYSFLTTFFKEISEVFPDQFIHLGGDEVEFKCWESNPKIQDFMRQKGFGTDFKKLESFYIQKVLDIIATINKGSIVWQEVFDDKAKLAPGTIVEVWKDSAYPEELSRVTASGFPVILSAPWYLDLISYGQDWRKYYKVEPLDFGGTQKQKQLFIGGEACLWGEYVDATNLTPRLWPRASAVGERLWSSKDVRDMDDAYDRLTRHRCRMVERGIAAQPLYAGYCN

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL
分子量 formula_weight	219.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d2gk1.1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.1 — beta-N-acetylhexosaminidase domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.1 — beta-N-acetylhexosaminidase domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.1 — beta-N-acetylhexosaminidase domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.4
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.1 — beta-N-acetylhexosaminidase domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.5
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.1 — beta-N-acetylhexosaminidase domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.6
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.1 — beta-N-acetylhexosaminidase domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.7
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.1 — beta-N-acetylhexosaminidase domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.8
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.2 — beta-N-acetylhexosaminidase-like domain
家族 Family family	d.92.2.1 — beta-N-acetylhexosaminidase domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.9
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.6 — beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.a
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.6 — beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.b
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.6 — beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2gk1.c
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.6 — beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2gk1i1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.6 — beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2gk1j1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.6 — beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2gk1k1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.6 — beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2gk1l1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.6 — beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2gk1I02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2gk1J02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2gk1K02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2gk1L02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

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晶胞边长 a length_a	322.246 Å
晶胞边长 b length_b	109.796 Å
晶胞边长 c length_c	132.764 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.250 Å
最低分辨率 resolution_low	29.990 Å
R 因子 r_factor	0.2766
R_work r_work	0.2741
R_free r_free	0.3219

X-ray crystal structure of NGT-bound HexA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-hexosaminidase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-hexosaminidase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gk1__assembly_5__model_1

2gk1__assembly_5__model_1 | I(q)

2gk1__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray crystal structure of NGT-bound HexA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-hexosaminidase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-hexosaminidase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gk1__assembly_5__model_1

2gk1__assembly_5__model_1 | I(q)

2gk1__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)