2gtx

Structural Basis of Catalysis by Mononuclear Methionine Aminopeptidase

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 88.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methionine aminopeptidase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4–264	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 4–264	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GTX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2EVC Crystal structure of E. Coli. methionine amino peptidase in complex with 5-(2-(trifluoromethyl)phenyl)furan-2-carboxylic acid 提交 2005-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 FC3 5-[2-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.60 Å R-free 0.229
2EVM crystal structure of methionine aminopeptidase in complex with 5-(2,5-dichlorophenyl)furan-2-carboxylic acid 提交 2005-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 FC2 5-(2,5-DICHLOROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.248
2EVO crystal structure of methionine amino peptidase in complex with N-cyclopentyl-N-(thiazol-2-yl)oxalamide 提交 2005-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–264（264 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 3 CT0 N1-CYCLOPENTYL-N2-(THIAZOL-2-YL)OXALAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
2EVO crystal structure of methionine amino peptidase in complex with N-cyclopentyl-N-(thiazol-2-yl)oxalamide 提交 2005-10-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–264（264 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 3 CT0 N1-CYCLOPENTYL-N2-(THIAZOL-2-YL)OXALAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；292 K；15% PEG 8000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.70 Å R-free 0.241
2GG0 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U11 METHYL N-{(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-[4-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]PROPANOYL}ALANYLGLYCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.28 Å R-free 0.209
2GG2 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U12 5-IMINO-4-(3-TRIFLUOROMETHYL-PHENYLAZO)-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.153
2GG3 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U13 4-(4-FLUORO-PHENYLAZO)-5-IMINO-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.161
2GG5 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U19 5-IMINO-4-(2-TRIFLUOROMETHYL-PHENYLAZO)-5H-PYRAZOL-3-YLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 2.12 Å R-free 0.300
2GG7 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U14 3-(5-AMINO-3-IMINO-3H-PYRAZOL-4-YLAZO)-BENZOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.12 Å R-free 0.155
2GG8 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U15 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-(4-METHYLPHENYL)PROPANOYL]-D-ALANYL-D-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
2GG9 Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U16 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXY-3-(4-ISOPROPYLPHENYL)PROPANOYL]-D-ALANYL-D-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.05 Å R-free 0.159
2GGB Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 U17 METHYL N-[(2S,3R)-3-AMINO-2-HYDROXYHEPTANOYL]-L-SERYL-L-LEUCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, batch, pH 7.0, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.259
2GGC Novel bacterial methionine aminopeptidase inhibitors 提交 2006-03-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	CO COBALT (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 MET METHIONINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 batch；pH 7；298 K；10 mg/ml protein, 25% PEG 8000, 100 mM TRIS-HCl, 1-5 mM inhibitor, pH 7.0, batch, temperature 298K	分辨率 1.00 Å R-free 0.133
2GU4 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 0.5, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
2GU4 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 0.5, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
2GU5 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 1, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
2GU5 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 1, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
2GU6 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 2, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
2GU6 E. coli methionine aminopeptidase in complex with NleP, 1: 2, di-metalated 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 NLP (1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.224
2GU7 E. coli methionine aminopeptidase unliganded, 1:0.5 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2GU7 E. coli methionine aminopeptidase unliganded, 1:0.5 提交 2006-04-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.00 Å R-free 0.244
2P98 E. coli methionine aminopeptidase monometalated with inhibitor YE7 提交 2007-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 YE7 IMIDAZO[2,1-A]ISOQUINOLINE-2-CARBOHYDRAZIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.238
2P99 E. coli methionine aminopeptidase monometalated with inhibitor YE6 提交 2007-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–262（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1 YE6 5-(2-chlorophenyl)furan-2-carbohydrazide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.263
2P9A E. coli methionine aminopeptidase dimetalated with inhibitor YE6 提交 2007-03-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 YE6 5-(2-chlorophenyl)furan-2-carbohydrazide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
2Q92 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor B23 提交 2007-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 B23 5-(2-NITROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.238
2Q93 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor B21 提交 2007-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 B21 5-(2-METHOXYPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.251
2Q94 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A04 提交 2007-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–263（262 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A04 5-[2-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.63 Å R-free 0.238
2Q95 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A05 提交 2007-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A05 5-(2-CHLORO-4-NITROPHENYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.70 Å R-free 0.239
2Q96 E. coli methionine aminopeptidase Mn-form with inhibitor A18 提交 2007-06-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–264（263 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1 A18 5-(2-CHLOROBENZYL)-2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；10-15% PEG 20000, 0.1 M MES (pH 6.5), vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.235
3D27 E. coli methionine aminopeptidase with Fe inhibitor W29 提交 2008-05-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 4–264（261 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 W29 4-(3-ethylthiophen-2-yl)benzene-1,2-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100 mM MES (pH 6.5), 2 mM MnCl2, 17% PEG 20000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
6IZ7 E. coli methionine aminopeptidase crystal structure fitted into the cryo-EM density map of E. coli 70S ribosome in complex with methionine aminopeptidase 提交 2018-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 1–264（264 aa）	突变：R175Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.80 Å
6IZI Crystal structure of E. coli peptide deformylase and methionine aminopeptidase fitted into the cryo-EM density map of the complex 提交 2018-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Q 1–264（264 aa）	突变：R175Q	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.80 Å
6J0A Crystal structure of E. coli methionine aminopeptidase enzyme and chaperone trigger factor fitted into the cryo-EM density map of the complex 提交 2018-12-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–264（264 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 14.20 Å

共 28 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMPM_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 4–264 作者链 B； PDB构建体 1–261； UniProt 4–264

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gtx
沉积日期 deposition_date	2006-04-28
结构标题 title	Structural Basis of Catalysis by Mononuclear Methionine Aminopeptidase
关键词 keywords	Mononuclear, Mn(II)-form, hydrolase, enzyme-inhibitor complex, metalloenzyme; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.86 Å
零角强度 I(0) i0	57293000.00
分子量 molecular_weight	58505.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73099 Å³
包络体积 envelope_volume	86120 Å³
水化壳体积 shell_volume	27829 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.4 Å
壳层 Rg shell_rg	33.01 Å
包络 Rg envelope_rg	25.88 Å
形状 Rg shape_rg	25.86 Å
总 Rg total_rg	26.61 Å
总原子数 total_atoms	4086
残基数 n_residues	522
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57290000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8081
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.345
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.474
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.857; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.932; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methionine aminopeptidase
分子量 formula_weight	29055.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.11.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4353

SIKTPEDIEKMRVAGRLAAEVLEMIEPYVKPGVSTGELDRICNDYIVNEQHAVSACLGYHGYPKSVCISINEVVCHGIPDDAKLLKDGDIVNIDVTVIKDGFHGDTSKMFIVGKPTIMGERLCRITQESLYLALRMVKPGINLREIGAAIQKFVEAEGFSVVREYCGHGIGRGFHEEPQVLHYDSRETNVVLKPGMTFTIEPMVNAGKKEIRTMKDGWTVKTKDRSLSAQYEHTIVVTDNGCEILTLRKDDTIPAIISHDE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(1-AMINO-PENTYL)-PHOSPHONIC ACID
分子量 formula_weight	167.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	267

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2gtxa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.127 — Creatinase/aminopeptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.127.1 — Creatinase/aminopeptidase
家族 Family family	d.127.1.1 — Creatinase/aminopeptidase

结构域编号 domain_id	d2gtxb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.127 — Creatinase/aminopeptidase
超家族 Superfamily superfamily	d.127.1 — Creatinase/aminopeptidase
家族 Family family	d.127.1.1 — Creatinase/aminopeptidase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gtxA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

结构域编号 domain_id	2gtxB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	230 — Creatine Amidinohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.809 Å
晶胞边长 b length_b	64.257 Å
晶胞边长 c length_c	76.172 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.09 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	14.965 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/gt/2gtx/2gtx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gt/2gtx/2gtx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gt/2gtx/2gtx.dat