2gum

Crystal structure of the extracellular domain of glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type I

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 160.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein B

Human herpesvirus 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 103–730 链 B； UniProt 103–730 链 C； UniProt 103–730	片段：residues 103-730	NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 6000, 0.1 M Na Hepes, 15% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2GUM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3NW8 Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MRY MESO-ERYTHRITOL × 6 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.242
3NW8 Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 MRY MESO-ERYTHRITOL × 12 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.242
3NW8 Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MRY MESO-ERYTHRITOL × 9 NA SODIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.242
3NW8 Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, high-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；10% PEG 4000, 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.242
3NWA Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, W174R mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：W174R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；7% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.227
3NWA Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, W174R mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：W174R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；7% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.227
3NWA Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, W174R mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：W174R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；7% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.227
3NWA Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, W174R mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：W174R	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；7% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.227
3NWD Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.88 Å R-free 0.283
3NWD Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.88 Å R-free 0.283
3NWD Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.88 Å R-free 0.283
3NWD Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, Y179S mutant, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：Y179S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000, 0.5M NaCl, 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.88 Å R-free 0.283
3NWF Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3NWF Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3NWF Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3NWF Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, low-pH 提交 2010-07-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 4000, 0.3M NaCl, and 0.1M sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.249
3WV0 O-glycan attached to herpes simplex virus type 1 glycoprotein gB is recognized by the Ig V-set domain of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha 提交 2014-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 50–56（7 aa）片段：O-glycan with attached peptide, UNP residues 50-56	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2 M ammonium sulfate 30% PEG 8000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.299
3WV0 O-glycan attached to herpes simplex virus type 1 glycoprotein gB is recognized by the Ig V-set domain of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha 提交 2014-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 50–56（7 aa）片段：O-glycan with attached peptide, UNP residues 50-56	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2 M ammonium sulfate 30% PEG 8000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.299
4BOM Structure of herpesvirus fusion glycoprotein B-bilayer complex revealing the protein-membrane and lateral protein-protein interaction 提交 2013-05-21	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 103–724（622 aa）片段：GLYCOPROTEIN B ECTODOMAIN, RESIDUES 103-724 链 B 103–724（622 aa）片段：GLYCOPROTEIN B ECTODOMAIN, RESIDUES 103-724 链 C 103–724（622 aa）片段：GLYCOPROTEIN B ECTODOMAIN, RESIDUES 103-724	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PBS WITH SODIUM CITRATE；pH 5.5；PBS WITH SODIUM CITRATE cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；LIQUID NITROGEN PROPANE MIXTURE	分辨率 27.00 Å
4HSI Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 61–730（670 aa）片段：ectodomain	突变：A504P, R505G, Q507G, N511G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4HSI Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 61–730（670 aa）片段：ectodomain	突变：A504P, R505G, Q507G, N511G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4HSI Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 61–730（670 aa）片段：ectodomain	突变：A504P, R505G, Q507G, N511G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 MRY MESO-ERYTHRITOL × 3 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4HSI Glycoprotein B from Herpes simplex virus type 1, A504P/R505G/Q507G/N511G mutant, low-pH 提交 2012-10-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 61–730（670 aa）片段：ectodomain	突变：A504P, R505G, Q507G, N511G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；15% PEG 4000, 0.2 M NaCl, 0.1 M Na-citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.10 Å R-free 0.255
4L1R Glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type 1, A549T Rate-of-Entry mutant, low-pH 提交 2013-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：A549T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；15% PEG 4000, 0.3 M NaCl, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 3.03 Å R-free 0.243
4L1R Glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type 1, A549T Rate-of-Entry mutant, low-pH 提交 2013-06-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 30–730（701 aa）片段：Ectodomain (UNP residues 30 to 730)	突变：A549T	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；296 K；15% PEG 4000, 0.3 M NaCl, 0.1 M Sodium Citrate, pH 5.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 296K	分辨率 3.03 Å R-free 0.243
5XO2 Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide II 提交 2017-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 X 50–56（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
5XO2 Crystal structure of human paired immunoglobulin-like type 2 receptor alpha with synthesized glycopeptide II 提交 2017-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 Y 50–56（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.6M Magnesium sulfate heptahydrate	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
7UHZ Post-fusion ectodomain of HSV-1 gB in complex with BMPC-23 Fab 提交 2022-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 103–730（628 aa）链 B 103–730（628 aa）链 C 103–730（628 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7UI0 Post-fusion ectodomain of HSV-1 gB in complex with HSV010-13 Fab 提交 2022-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 103–730（628 aa）链 B 103–730（628 aa）链 C 103–730（628 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8KFA Cryo-EM structure of HSV-1 gB with D48 Fab complex 提交 2023-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 111–725（615 aa）链 B 111–725（615 aa）链 C 111–725（615 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å

共 12 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGLB_HHV1K
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–628； UniProt 103–730 作者链 B； PDB构建体 1–628； UniProt 103–730 作者链 C； PDB构建体 1–628； UniProt 103–730

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gum
沉积日期 deposition_date	2006-05-01
结构标题 title	Crystal structure of the extracellular domain of glycoprotein B from Herpes Simplex Virus type I
关键词 keywords	ENVELOPE GLYCOPROTEIN, MEMBRANE FUSION, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.93 Å
零角强度 I(0) i0	599537000.00
分子量 molecular_weight	198520.0 kDa
排除体积 excluded_volume	246500 Å³
包络体积 envelope_volume	352540 Å³
水化壳体积 shell_volume	62296 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.0 Å
壳层 Rg shell_rg	48.23 Å
包络 Rg envelope_rg	50.33 Å
形状 Rg shape_rg	50.91 Å
总 Rg total_rg	50.86 Å
总原子数 total_atoms	14000
残基数 n_residues	1732
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.7 Å
Rg (实空间) rg_real	50.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1290e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	598900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7752
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	41.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.552
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	56570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.812; Smooth: 0.007

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycoprotein B
分子量 formula_weight	71668.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	14223

DIKAENTDANFYVCPPPTGATVVQFEQPRRCPTRPEGQNYTEGIAVVFKENIAPYKFKATMYYKDVTVSQVWFGHRYSQFMGIFEDRAPVPFEEVIDKINAKGVCRSTAKYVRNNLETTAFHRDDHETDMELKPANAATRTSRGWHTTDLKYNPSRVEAFHRYGTTVNCIVEEVDARSVYPYDEFVLATGDFVYMSPFYGYREGSHTEHTTYAADRFKQVDGFYARDLTTKARATAPTTRNLLTTPKFTVAWDWVPKRPSVCTMTKWQEVDEMLRSEYGGSFRFSSDAISTTFTTNLTEYPLSRVDLGDCIGKDARDAMDRIFARRYNATHIKVGQPQYYQANGGFLIAYQPLLSNTLAELYVREHLREQSRKPPNPTPPPPGASANASVERIKTTSSIEFARLQFTYNHIQRHVNDMLGRVAIAWCELQNHELTLWNEARKLNPNAIASVTVGRRVSARMLGDVMAVSTCVPVAADNVIVQNSMRISSRPGACYSRPLVSFRYEDQGPLVEGQLGENNELRLTRDAIEPCTVGHRRYFTFGGGYVYFEEYAYSHQLSRADITTVSTFIDLNITMLEDHEFVPLEVYTRHEIKDSGLLDYTEVQRRNQLHDLRFADIDTVIHADANAA

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10306
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	223

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2guma1
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family family	e.76.1.1 — Glycoprotein B-like

结构域编号 domain_id	d2gumb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family family	e.76.1.1 — Glycoprotein B-like

结构域编号 domain_id	d2gumc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.76 — Viral glycoprotein ectodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.76.1 — Viral glycoprotein ectodomain-like
家族 Family family	e.76.1.1 — Glycoprotein B-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2gumA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 —

结构域编号 domain_id	2gumA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1890 —

结构域编号 domain_id	2gumA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	2gumA05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3280 —

结构域编号 domain_id	2gumB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 —

结构域编号 domain_id	2gumB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1890 —

结构域编号 domain_id	2gumB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	2gumB05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3280 —

结构域编号 domain_id	2gumC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1230 —

结构域编号 domain_id	2gumC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1890 —

结构域编号 domain_id	2gumC03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 —

结构域编号 domain_id	2gumC05
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3280 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.959 Å
晶胞边长 b length_b	100.039 Å
晶胞边长 c length_c	100.133 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	67.04 °
晶胞夹角 β angle_beta	77.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	70.31 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	41.200 Å
R 因子 r_factor	0.2479
R_work r_work	0.2479
R_free r_free	0.2747

fit	/app/data/saxs_computation/gu/2gum/2gum.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gu/2gum/2gum.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gu/2gum/2gum.dat