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2gw5

Crystal Structure of LIR-2 (ILT4) at 1.8 : differences from LIR-1 (ILT2) in regions implicated in the binding of the Cytomegalovirus class I MHC homolog UL18

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 67.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leukocyte immunoglobulin-like receptor subfamily B member 2 precursor

Homo sapiens

UniProt Q8N423

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–220 片段：N-terminal Domains 1 and 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；0.1M Hepes pH 7.5, 10% Isopropanol, 20% PEG 4000 streak seeded., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 1.80 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2GW5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2DYP Crystal Structure of LILRB2(LIR2/ILT4/CD85d) complexed with HLA-G 提交 2006-09-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 24–219（196 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M Tris-HCl pH8.0, 45% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.278
4LLA Crystal structure of D3D4 domain of the LILRB2 molecule 提交 2013-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 222–419（198 aa）
突变：D3D4 domain, UNP residues 222-419 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；3.5M sodium formate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
4LLA Crystal structure of D3D4 domain of the LILRB2 molecule 提交 2013-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 222–419（198 aa）
突变：D3D4 domain, UNP residues 222-419 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；3.5M sodium formate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
4LLA Crystal structure of D3D4 domain of the LILRB2 molecule 提交 2013-07-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 222–419（198 aa）
突变：D3D4 domain, UNP residues 222-419 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；3.5M sodium formate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.272
6AED Crystal Structure of the four Ig-like domain of LILRB2(LIR2/ILT4/CD85d) 提交 2018-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 27–419（393 aa） 片段：UNP residues 27-419
突变：V213M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 25%(v/v) tert-butanol
分辨率 3.80 Å R-free 0.287
9C9C Protein receptor 提交 2024-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–220（199 aa） 片段：residues 22-220 (Uniprot numbering)
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；imidazole, peg
分辨率 1.66 Å R-free 0.196
9C9C Protein receptor 提交 2024-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 22–220（199 aa） 片段：residues 22-220 (Uniprot numbering)
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；imidazole, peg
分辨率 1.66 Å R-free 0.196
9C9D Protein receptor 提交 2024-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 22–220（199 aa） 片段：residues 22-220 (Uniprot numbering)
未记录 30W N-(6-formyl-4-oxo-3,4-dihydropteridin-2-yl)acetamide × 1 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 8 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；295 K；PEG 8K, (NH4)2SO4, MES
分辨率 2.90 Å R-free 0.215

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LIRB2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–196； UniProt 24–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2gw5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2gw5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2gw5
沉积日期 deposition_date2006-05-03
结构标题 titleCrystal Structure of LIR-2 (ILT4) at 1.8 : differences from LIR-1 (ILT2) in regions implicated in the binding of the Cytomegalovirus class I MHC homolog UL18
关键词 keywordsIg like domains, Immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.47 Å
零角强度 I(0) i07343740.00
分子量 molecular_weight19875.0 kDa
排除体积 excluded_volume24803 ų
包络体积 envelope_volume30158 ų
水化壳体积 shell_volume13779 ų
包络直径 envelope_diameter67.3 Å
壳层 Rg shell_rg24.56 Å
包络 Rg envelope_rg19.77 Å
形状 Rg shape_rg19.48 Å
总 Rg total_rg20.27 Å
总原子数 total_atoms1402
残基数 n_residues184
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax67.3 Å
Rg (实空间) rg_real20.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real7.3440e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6620e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7344000.0000
解质量估计 total_estimate0.7103
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.3 Å
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.559
角度范围 angular_range— – 0.3900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2876000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.830; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.319; Positv: 1.000; Valcen: 0.821; Smooth: 0.960
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2gw5a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2gw5a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.4 — I set domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2gw5A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2gw5A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)