2gxa

Crystal structure of papillomavirus E1 hexameric helicase with ssDNA and MgADP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein E1

Bovine papillomavirus type 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 6 DNA 1	5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 5 CHLORIDE ION × 2 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 water × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 6 DNA 1	5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3' × 1 MAGNESIUM ION × 5 CHLORIDE ION × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VE1_BPV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 B； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 C； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 D； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 E； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 F； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 G； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 H； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 I； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 J； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 K； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577 作者链 L； PDB构建体 2–274； UniProt 305–577

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2gxa
沉积日期 deposition_date	2006-05-08
结构标题 title	Crystal structure of papillomavirus E1 hexameric helicase with ssDNA and MgADP
关键词 keywords	DNA helicase, AAA+, ATPase, replication, virus, initiator protein, replication-DNA COMPLEX; replication/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2gxa__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2gxa__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2gxa__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.81 Å
Rg（电子密度）	36.18 Å
总 Rg	36.71 Å
原子数	13192
残基数	1634
排除体积	234000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2gxa__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2gxa__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	3909.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	M,N
原子数 atom_count	26374

TTTTTTTTTTTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Replication protein E1
分子量 formula_weight	31123.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L

GSLQTEKFDFGTMVQWAYDHKYAEESKIAYEYALAAGSDSNARAFLATNSQAKHVKDCATMVRHYLRAETQALSMPAYIKARCKLATGEGSWKSILTFFNYQNIELITFINALKLWLKGIPKKNCLAFIGPPNTGKSMLCNSLIHFLGGSVLSFANHKSHFWLASLADTRAALVDDATHACWRYFDTYLRNALDGYPVSIDRKHKAAVQIKAPPLLVTSNIDVQAEDRYLYLHSRVQTFRFEQPCTDESGEQPFNITDADWKSFFVRLWGRLDL

来源 Source

来源生物 organism	Bovine papillomavirus type 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10559
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	2gxaA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaI01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2gxaL01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	510 — Zinc finger, large T-antigen D1 domain

结构域编号 domain_id	2gxaL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	100.510 Å
晶胞边长 b length_b	100.881 Å
晶胞边长 c length_c	125.023 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	92.60 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	106.01 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	44.650 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2390
R_free r_free	0.2980

Crystal structure of papillomavirus E1 hexameric helicase with ssDNA and MgADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gxa__assembly_2__model_1

2gxa__assembly_2__model_1 | I(q)

2gxa__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of papillomavirus E1 hexameric helicase with ssDNA and MgADP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein E1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2gxa__assembly_2__model_1

2gxa__assembly_2__model_1 | I(q)

2gxa__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)