2h4q

Crystal structure of a M-loop deletion variant of MENT in the cleaved conformation

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 71.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2h4q
沉积日期 deposition_date	2006-05-25
结构标题 title	Crystal structure of a M-loop deletion variant of MENT in the cleaved conformation
关键词 keywords	Serine protease inhibitor, Serpin, HYDROLASE INHIBITOR; HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.49 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.33 Å
零角强度 I(0) i0	30594900.00
分子量 molecular_weight	43905.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55529 Å³
包络体积 envelope_volume	63512 Å³
水化壳体积 shell_volume	24582 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.2 Å
壳层 Rg shell_rg	28.42 Å
包络 Rg envelope_rg	21.67 Å
形状 Rg shape_rg	21.28 Å
总 Rg total_rg	22.38 Å
总原子数 total_atoms	3093
残基数 n_residues	385
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.5 Å
Rg (实空间) rg_real	22.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6030e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8964
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.351
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7047000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Heterochromatin-associated protein MENT
分子量 formula_weight	43953.2 kDa
突变 mutation	A361V, deletion mutant(residues 61-88)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3443

MGGSHHHHHHGMASMTGGQQMGRDLYDDDDKDRWGSELEISMEQVSASIGNFTVDLFNKLNETNRDKNIFFSPWSISSALALTYLAAKGSTAREMAEVLHFEQAENIHSGFKELLTAFNKPRNNYSLRSANRIYVEKTYALLPTYLQLSKKYYKAEPQKVNFKTAPEQSRKEINTWVEKQTESKIKNLLSSDDVKATTRLILVNAIYFKAEWEVKFQAEKTSIQPFRLSKNKSKPVKMMYMRDTFPVLIMEKMNFKMIELPYVKRELSMFILLPDDIKDGTTGLEQLERELTYERLSEWADSKMMTETLVDLHLPKFSLEDRIDLRDTLRNMGMTTAFTTNADFRGMTDKKDLAISKVIHQSFVAVDEKGTEAVAATAVIIS

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Heterochromatin-associated protein MENT
分子量 formula_weight	4186.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

HVLKFKVDHPFHFFIRHNKSKTILFFGRFCCPVE

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	350

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2h4qA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	497 — Antithrombin; Chain I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Antithrombin, subunit I, domain 2

结构域编号 domain_id	2h4qA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	39 — Alpha-1-antitrypsin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Alpha-1-antitrypsin, domain 1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	150.194 Å
晶胞边长 b length_b	150.194 Å
晶胞边长 c length_c	175.485 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	24.350 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2130

fit	/app/data/saxs_computation/h4/2h4q/2h4q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h4/2h4q/2h4q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h4/2h4q/2h4q.dat

Crystal structure of a M-loop deletion variant of MENT in the cleaved conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)