SAXSdb — 2h59

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-dependent deacetylase

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cellular tumor antigen p53 × 2 （Q9NP68） ZINC ION × 2 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 ;(2S,3S,4R,5S)-2-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-4,5-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-3-YL ACETATE ; × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NPD_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 B； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246

Cellular tumor antigen p53

物种未注明

UniProt Q9NP68

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	NAD-dependent deacetylase × 2 （Q9WYW0） ZINC ION × 2 ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 ;(2S,3S,4R,5S)-2-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-4,5-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-3-YL ACETATE ; × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P53_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–18； UniProt 372–389 作者链 E； PDB构建体 1–18； UniProt 372–389

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2h59
沉积日期 deposition_date	2006-05-25
结构标题 title	Sir2 H116A-deacetylated p53 peptide-3'-o-acetyl ADP ribose
关键词 keywords	Rossmann fold, Zn binding domain, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2h59__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2h59__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2h59__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.07 Å
Rg（电子密度）	26.02 Å
总 Rg	26.96 Å
原子数	4029
残基数	504
排除体积	72511 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2h59__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NAD-dependent deacetylase
分子量 formula_weight	27502.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.-
突变 mutation	H116A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4244

MKMKEFLDLLNESRLTVTLTGAGISTPSGIPDFRGPNGIYKKYSQNVFDIDFFYSHPEEFYRFAKEGIFPMLQAKPNLAHVLLAKLEEKGLIEAVITQNIDRLHQRAGSKKVIELAGNVEEYYCVRCEKKYTVEDVIKKLESSDVPLCDDCNSLIRPNIVFFGENLPQDALREAIGLSSRASLMIVLGSSLVVYPAAELPLITVRSGGKLVIVNLGETPFDDIATLKYNMDVVEFARRVMEEGGIS

来源 Source

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2336
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cellular tumor antigen p53
分子量 formula_weight	2098.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

KKGQSTSRHKKLMFKTEG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(2S,3S,4R,5S)-2-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-4,5-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-3-YL ACETATE ;
分子量 formula_weight	601.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	215

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2h59a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators

结构域编号 domain_id	d2h59b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.5 — Sir2 family of transcriptional regulators

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2h59A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	2h59A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	2h59B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	2h59B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

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晶胞边长 a length_a	46.996 Å
晶胞边长 b length_b	46.996 Å
晶胞边长 c length_c	257.081 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2071
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2473

Sir2 H116A-deacetylated p53 peptide-3'-o-acetyl ADP ribose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-dependent deacetylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cellular tumor antigen p53

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2h59__assembly_1__model_1

2h59__assembly_1__model_1 | I(q)

2h59__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Sir2 H116A-deacetylated p53 peptide-3'-o-acetyl ADP ribose

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-dependent deacetylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cellular tumor antigen p53

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2h59__assembly_1__model_1

2h59__assembly_1__model_1 | I(q)

2h59__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)