2h6u

Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase (formerly known as TRP, transthyretin related protein)

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q0P422_BRARE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–119； UniProt 20–138 作者链 B； PDB构建体 1–119； UniProt 20–138 作者链 C； PDB构建体 1–119； UniProt 20–138 作者链 D； PDB构建体 1–119； UniProt 20–138 作者链 E； PDB构建体 1–119； UniProt 20–138 作者链 F； PDB构建体 1–119； UniProt 20–138 作者链 G； PDB构建体 1–119； UniProt 20–138 作者链 H； PDB构建体 1–119； UniProt 20–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2h6u
沉积日期 deposition_date	2006-06-01
结构标题 title	Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase (formerly known as TRP, transthyretin related protein)
关键词 keywords	5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE, TRP, URIC ACID DEGRADATION, ALLANTOIN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2h6u__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2h6u__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2h6u__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.89 Å
Rg（电子密度）	21.74 Å
总 Rg	22.76 Å
原子数	3604
残基数	456
排除体积	64372 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2h6u__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2h6u__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2h6ua_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family family	b.3.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2h6ub_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family family	b.3.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2h6uc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family family	b.3.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2h6ud_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family family	b.3.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2h6ue_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family family	b.3.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2h6uf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family family	b.3.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2h6ug_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family family	b.3.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2h6uh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.3 — Prealbumin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.3.4 — Transthyretin (synonym: prealbumin)
家族 Family family	b.3.4.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2h6uA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain

结构域编号 domain_id	2h6uB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain

结构域编号 domain_id	2h6uC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain

结构域编号 domain_id	2h6uD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain

结构域编号 domain_id	2h6uE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain

结构域编号 domain_id	2h6uF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain

结构域编号 domain_id	2h6uG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain

结构域编号 domain_id	2h6uH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain

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晶胞边长 a length_a	64.324 Å
晶胞边长 b length_b	66.737 Å
晶胞边长 c length_c	237.393 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	64.200 Å
R 因子 r_factor	0.2254
R_work r_work	0.2238
R_free r_free	0.2549

描述 description	5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)
分子量 formula_weight	13260.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.2.17
突变 mutation	S2A, P6L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	7806

Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase (formerly known as TRP, transthyretin related protein)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2h6u__assembly_2__model_1

2h6u__assembly_2__model_1 | I(q)

2h6u__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	598

Crystal structure of 5-hydroxyisourate hydrolase (formerly known as TRP, transthyretin related protein)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-HYDROXYISOURATE HYDROLASE (FORMERLY KNOWN AS TRP, TRANSTHYRETIN RELATED PROTEIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2h6u__assembly_2__model_1

2h6u__assembly_2__model_1 | I(q)

2h6u__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)