SAXSdb — 2h9a

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2h9a
沉积日期 deposition_date	2006-06-09
结构标题 title	Corrinoid Iron-Sulfur Protein
关键词 keywords	heterodimer, beta-alpha-barrels, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.11 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.83 Å
零角强度 I(0) i0	100613000.00
分子量 molecular_weight	78758.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97897 Å³
包络体积 envelope_volume	112380 Å³
水化壳体积 shell_volume	34807 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.8 Å
壳层 Rg shell_rg	34.49 Å
包络 Rg envelope_rg	26.86 Å
形状 Rg shape_rg	26.73 Å
总 Rg total_rg	27.90 Å
总原子数 total_atoms	5403
残基数 n_residues	690
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	88.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	100600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9055
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.242
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.504
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20980000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.958

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Carbon monoxide dehydrogenase corrinoid/iron-sulfur protein, gamma subunit
分子量 formula_weight	48469.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5968

MGLTGLEIYKHLPKKNCKECGQPTCLAFAMQIAAGKAGLDACPYVSDEAKELLESASAPPVALIKVGKGEKVLEIGHETVLFRHDKRFEHPCGLAILVEDTLSEGEIKERVEKINKLVFDRVGQMHSVNLVALKGSSQDAATFAKAVATAREVTDLPFILIGTPEQLAAALETEGANNPLLYAATADNYEQMVELAKKYNVPLTVSAKGLDALAELVQKITALGYKNLILDPQPENISEGLFYQTQIRRLAIKKLFRPFGYPTIAFALDENPYQAVMEASVYIAKYAGIIVLNTVEPADILPLITLRLNIYTDPQKPIAVEPKVYEILNPGPDAPVFITTNFSLTYFCVAGDVEGARIPAYILPVDTDGTSVLTAWAAGKFTPEKIAQFLKESGIAEKVNHRKAILPGGVAVLSGKLQELSGWEILVGPRESSGINSFIKQRWNV

Entity 2 polymer

描述 description	CO dehydrogenase/acetyl-CoA synthase, iron-sulfur protein
分子量 formula_weight	33910.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAVEVLKEKWNSKVVEVTLGTGDKTVTLGGDSTLPFLTFEGEMPNPPRFALEVFDTPPTDWPDILVEPFKDVINDPVAWAKKCVEYGADIVALRLVSAHPDGQNRSGAELAEVCKAVADAIDVPLMIIGCGVEEKDAEIFPVIGEALSGRNCLLSSATKDNYKPIVATCMVHGHSVVASAPLDINLSKQLNIMIMEMNLAPNRIIMDPLIGALGYGIEYSYSIIERMRLGALTGDKILAMPVVCFIGQEAWKAKEAKDPEVAEWGDYALRAIHWETVTTVALIQAGGHLFVMRHPKSLAEVKEHLKRILK

Entity 3 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 4 non-polymer

描述 description	COBALAMIN
分子量 formula_weight	1330.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	565

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2h9aA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

结构域编号 domain_id	2h9aA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11600 —

结构域编号 domain_id	2h9aB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Dihydropteroate synthase-like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	158.030 Å
晶胞边长 b length_b	44.270 Å
晶胞边长 c length_c	100.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	118.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2600

fit	/app/data/saxs_computation/h9/2h9a/2h9a.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/2h9a/2h9a.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/2h9a/2h9a.dat

Corrinoid Iron-Sulfur Protein

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)