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2hdf

Crystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 79.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Colicin I receptor

Escherichia coli

UniProt P17315

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 26–663 片段：Colicin I receptor 突变：W338M, L343M, F589M, V591M 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SR STRONTIUM ION × 1 OES N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；7-8 G/L PROTEIN IN 0.02M TRIS PH7.5, 0.001M EDTA, 0.3M NACL, 1% N-OCTYL-2-HYDROXYETHYL SULFOXIDE MIXED AT 1:1 RATIO WITH 0.1M TRIS PH7.5, 0.02-0.05M SRCL2, 5% ISOPROPANOL, 32-40 % PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K 分辨率 2.65 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2HDF Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2HDI Crystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli in complex with receptor binding domain of Colicin Ia. 提交 2006-06-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 26–663（638 aa） 片段：Colicin I receptor
突变：W338M, L343M, F589M, V591M LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；294 K；9 G/L PROTEIN IN 0.02M TRIS PH7.5, 0.2M NACL, 0.05% LDAO, 0.45% C8E4, 3% HEPTANETRIOL MIXED AT 1:1 RATIO WITH 0.1M MES PH6.2, 10% GLYCEROL, 22% PEG 2000 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.50 Å R-free 0.249
9NN6 E. coli Cir in Complex with the RBD of Microcin V 提交 2025-03-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 32–663（632 aa）
突变：W307M, L312M, F558M, V560M 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；Phosphate Buffered Saline
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot force +5 Wait time 0 Blot total 1 Blot time 5 seconds
分辨率 2.90 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CIRA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–639； UniProt 26–663

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2hdf

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2hdf
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hdf
沉积日期 deposition_date2006-06-20
结构标题 titleCrystal structure of the Colicin I receptor Cir from E.coli
关键词 keywordsOuter membrane, Iron transport, TonB box, Signal transduction, Colicin I Receptor, Membrane Protein, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.47 Å
零角强度 I(0) i074699000.00
分子量 molecular_weight64576.0 kDa
排除体积 excluded_volume79368 ų
包络体积 envelope_volume103440 ų
水化壳体积 shell_volume34173 ų
包络直径 envelope_diameter82.6 Å
壳层 Rg shell_rg32.81 Å
包络 Rg envelope_rg24.43 Å
形状 Rg shape_rg24.50 Å
总 Rg total_rg25.32 Å
总原子数 total_atoms4520
残基数 n_residues574
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.7 Å
Rg (实空间) rg_real25.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real7.4700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal74700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8844
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.2 Å
偏度 Skewness skewness0.100
峰度 Kurtosis kurtosis-0.376
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12060000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.961
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2hdfA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — TonB-dependent receptor, plug domain
结构域编号 domain_id2hdfA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)