2him

Crystal Structure and Allosteric Regulation of the Cytoplasmic Escherichia coli L-Asparaginase I

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-asparaginase 1

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	ASPARTIC ACID × 4 ASPARAGINE × 8 1,2-ETHANEDIOL × 8 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASPG1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 21–358； UniProt 1–338 作者链 B； PDB构建体 21–358； UniProt 1–338 作者链 C； PDB构建体 21–358； UniProt 1–338 作者链 D； PDB构建体 21–358； UniProt 1–338

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2him
沉积日期 deposition_date	2006-06-29
结构标题 title	Crystal Structure and Allosteric Regulation of the Cytoplasmic Escherichia coli L-Asparaginase I
关键词 keywords	Asparaginase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2him__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2him__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2him__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.52 Å
Rg（电子密度）	31.49 Å
总 Rg	32.16 Å
原子数	10113
残基数	1308
排除体积	179710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2him__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	L-asparaginase 1
分子量 formula_weight	39305.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.1
突变 mutation	T162A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10664

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMQKKSIYVAYTGGTIGMQRSEQGYIPVSGHLQRQLALMPEFHRPEMPDFTIHEYTPLMDSSDMTPEDWQHIAEDIKAHYDDYDGFVILHGTDTMAYTASALSFMLENLGKPVIVTGSQIPLAELRSDGQINLLNALYVAANYPINEVTLFFNNRLYRGNRTAKAHADGFDAFASPNLPPLLEAGIHIRRLNTPPAPHGEGELIVHPITPQPIGVVTIYPGISADVVRNFLRQPVKALILRSYGVGNAPQNKAFLQELQEASDRGIVVVNLTQCMSGKVNMGGYATGNALAHAGVIGGADMTVEATLTKLHYLLSQELDTETIRKAMSQNLRGELTPDD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ASPARTIC ACID
分子量 formula_weight	133.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ASPARAGINE
分子量 formula_weight	132.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	515

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d2hima_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.88 — Glutaminase/Asparaginase
超家族 Superfamily superfamily	c.88.1 — Glutaminase/Asparaginase
家族 Family family	c.88.1.1 — Glutaminase/Asparaginase

结构域编号 domain_id	d2himb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.88 — Glutaminase/Asparaginase
超家族 Superfamily superfamily	c.88.1 — Glutaminase/Asparaginase
家族 Family family	c.88.1.1 — Glutaminase/Asparaginase

结构域编号 domain_id	d2himb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2himc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.88 — Glutaminase/Asparaginase
超家族 Superfamily superfamily	c.88.1 — Glutaminase/Asparaginase
家族 Family family	c.88.1.1 — Glutaminase/Asparaginase

结构域编号 domain_id	d2himd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.88 — Glutaminase/Asparaginase
超家族 Superfamily superfamily	c.88.1 — Glutaminase/Asparaginase
家族 Family family	c.88.1.1 — Glutaminase/Asparaginase

结构域编号 domain_id	d2himd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2himA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — L-asparaginase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2himA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2himB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — L-asparaginase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2himB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2himC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — L-asparaginase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2himC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2himD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1170 — L-asparaginase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2himD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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晶胞边长 a length_a	90.524 Å
晶胞边长 b length_b	89.766 Å
晶胞边长 c length_c	93.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2090
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2260

Crystal Structure and Allosteric Regulation of the Cytoplasmic Escherichia coli L-Asparaginase I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-asparaginase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2him__assembly_1__model_1

2him__assembly_1__model_1 | I(q)

2him__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure and Allosteric Regulation of the Cytoplasmic Escherichia coli L-Asparaginase I

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

L-asparaginase 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2him__assembly_1__model_1

2him__assembly_1__model_1 | I(q)

2him__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)