2hqs

Crystal structure of TolB/Pal complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein tolB

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptidoglycan-associated lipoprotein × 1 （P0A912） ACETATE ION × 2 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptidoglycan-associated lipoprotein × 1 （P0A912） ACETATE ION × 2 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptidoglycan-associated lipoprotein × 1 （P0A912） ACETATE ION × 1 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Peptidoglycan-associated lipoprotein × 1 （P0A912） ACETATE ION × 2 SULFATE ION × 3 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOLB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–409； UniProt 23–430 作者链 B； PDB构建体 2–409； UniProt 23–430 作者链 D； PDB构建体 2–409； UniProt 23–430 作者链 F； PDB构建体 2–409； UniProt 23–430

Peptidoglycan-associated lipoprotein

Escherichia coli

UniProt P0A912

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein tolB × 1 （P0A855） ACETATE ION × 2 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein tolB × 1 （P0A855） ACETATE ION × 2 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein tolB × 1 （P0A855） ACETATE ION × 1 SULFATE ION × 1 GLYCEROL × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein tolB × 1 （P0A855） ACETATE ION × 2 SULFATE ION × 3 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAL_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–110； UniProt 65–173 作者链 E； PDB构建体 2–110； UniProt 65–173 作者链 G； PDB构建体 2–110； UniProt 65–173 作者链 H； PDB构建体 2–110； UniProt 65–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hqs
沉积日期 deposition_date	2006-07-19
结构标题 title	Crystal structure of TolB/Pal complex
关键词 keywords	TolB, Pal, Tol, TRANSPORT PROTEIN-LIPOPROTEIN COMPLEX; TRANSPORT PROTEIN/LIPOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2hqs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2hqs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2hqs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.22 Å
Rg（电子密度）	25.69 Å
总 Rg	26.32 Å
原子数	3989
残基数	520
排除体积	70047 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2hqs__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2hqs__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2hqs__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2hqs__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein tolB
分子量 formula_weight	44468.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,F
原子数 atom_count	18839

MVRIVIDSGVDSGRPIGVVPFQWAGPGAAPEDIGGIVAADLRNSGKFNPLDRARLPQQPGSAQEVQPAAWSALGIDAVVVGQVTPNPDGSYNVAYQLVDTGGAPGTVLAQNSYKVNKQWLRYAGHTASDEVFEKLTGIKGAFRTRIAYVVQTNGGQFPYELRVSDYDGYNQFVVHRSPQPLMSPAWSPDGSKLAYVTFESGRSALVIQTLANGAVRQVASFPRHNGAPAFSPDGSKLAFALSKTGSLNLYVMDLASGQIRQVTDGRSNNTEPTWFPDSQNLAFTSDQAGRPQVYKVNINGGAPQRITWEGSQNQDADVSSDGKFMVMVSSNGGQQHIAKQDLATGGVQVLSSTFLDETPSLAPNGTMVIYSSSQGMGSVLNLVSTDGRFKARLPATDGQVKFPAWSPYLHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Peptidoglycan-associated lipoprotein
分子量 formula_weight	13518.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,C,E,G

MLQQNNIVYFDLDKYDIRSDFAQMLDAHANFLRSNPSYKVTVEGHADERGTPEYNISLGERRANAVKMYLQGKGVSADQISIVSYGKEKPAVLGHDEAAYSKNRRAVLVYLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2812

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d2hqsa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.4 — TolB, C-terminal domain
家族 Family family	b.68.4.1 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hqsa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.2 — TolB, N-terminal domain
家族 Family family	c.51.2.1 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hqsa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2hqsb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.4 — TolB, C-terminal domain
家族 Family family	b.68.4.1 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hqsb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.2 — TolB, N-terminal domain
家族 Family family	c.51.2.1 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hqsb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2hqsc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.7 — OmpA-like
家族 Family family	d.79.7.1 — OmpA-like

结构域编号 domain_id	d2hqsc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2hqsd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.4 — TolB, C-terminal domain
家族 Family family	b.68.4.1 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hqsd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.2 — TolB, N-terminal domain
家族 Family family	c.51.2.1 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hqsd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2hqse2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.7 — OmpA-like
家族 Family family	d.79.7.1 — OmpA-like

结构域编号 domain_id	d2hqse3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2hqsf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.4 — TolB, C-terminal domain
家族 Family family	b.68.4.1 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hqsf2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.51 — Anticodon-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.51.2 — TolB, N-terminal domain
家族 Family family	c.51.2.1 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hqsf3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2hqsg2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.7 — OmpA-like
家族 Family family	d.79.7.1 — OmpA-like

结构域编号 domain_id	d2hqsg3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2hqsh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.7 — OmpA-like
家族 Family family	d.79.7.1 — OmpA-like

结构域编号 domain_id	d2hqsh3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2hqsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10070 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2hqsA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2hqsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10070 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2hqsB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2hqsC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	2hqsD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10070 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2hqsD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2hqsE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	2hqsF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10070 — TolB, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	2hqsF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — TolB, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	2hqsG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

结构域编号 domain_id	2hqsH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — OmpA-like domain

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晶胞边长 a length_a	74.847 Å
晶胞边长 b length_b	89.049 Å
晶胞边长 c length_c	91.051 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	87.15 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	68.81 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	38.320 Å
R 因子 r_factor	0.1820
R_work r_work	0.1804
R_free r_free	0.2127

Crystal structure of TolB/Pal complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein tolB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptidoglycan-associated lipoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hqs__assembly_1__model_1

2hqs__assembly_1__model_1 | I(q)

2hqs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of TolB/Pal complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein tolB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptidoglycan-associated lipoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hqs__assembly_1__model_1

2hqs__assembly_1__model_1 | I(q)

2hqs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)