2hqt

Crystal structures of the interacting domains from yeast glutamyl-tRNA synthetase and tRNA aminoacylation and nuclear export cofactor Arc1p reveal a novel function for an old fold

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GU4 nucleic-binding protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P46672

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
10 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
11 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
12 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
13 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
14 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
15 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
16 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
17 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
18 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
19 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致
20 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
3 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
4 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
5 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 2 water × 1 与蛋白数一致
6 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
7 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
8 蛋白单体 单体 蛋白 1 water × 1 与蛋白数一致
9 蛋白单体 单体 蛋白 1 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 G4P1_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 B; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 C; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 D; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 E; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 F; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 G; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 H; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 I; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 J; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 K; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 L; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 M; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 N; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 O; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 P; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 Q; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 R; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 S; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122 作者链 T; PDB构建体 3–124; UniProt 1–122

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hqt
沉积日期 deposition_date2006-07-19
结构标题 titleCrystal structures of the interacting domains from yeast glutamyl-tRNA synthetase and tRNA aminoacylation and nuclear export cofactor Arc1p reveal a novel function for an old fold
关键词 keywordsGST-fold, BIOSYNTHETIC PROTEIN, RNA BINDING; BIOSYNTHETIC PROTEIN, RNA BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2hqt__assembly_5__model_1

Assembly 5 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2hqt__assembly_5__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2hqt__assembly_5__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)16.59 Å
Rg(电子密度)15.47 Å
总 Rg16.70 Å
原子数912
残基数116
排除体积16257 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2hqt__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2hqt__assembly_2__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 2hqt__assembly_3__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
4 1 2hqt__assembly_4__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
5 1 2hqt__assembly_5__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
6 1 2hqt__assembly_6__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
7 1 2hqt__assembly_7__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
8 1 2hqt__assembly_8__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
9 1 2hqt__assembly_9__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
10 1 2hqt__assembly_10__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
11 1 2hqt__assembly_11__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
12 1 2hqt__assembly_12__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
13 1 2hqt__assembly_13__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
14 1 2hqt__assembly_14__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
15 1 2hqt__assembly_15__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
16 1 2hqt__assembly_16__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
17 1 2hqt__assembly_17__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
18 1 2hqt__assembly_18__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
19 1 2hqt__assembly_19__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
20 1 2hqt__assembly_20__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 42 domains

SCOP 2.08 (22 domains)

结构域编号 domain_idd2hqta1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtc_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqte_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtf2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtf3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2hqtg_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqth_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqti_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtj2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtj3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2hqtk_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtl_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtm_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtn_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqto_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtp_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtq_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtr_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqts_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2hqtt_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.2 — Arc1p N-terminal domain-like

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id2hqtA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtG00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtI00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtK00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtL00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtM00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtN00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtO00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtP00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtQ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtR00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtS00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2hqtT00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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7. 引用文献 (3)