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2hv1

HADDOCK structure of ARNT PAS-B Homodimer

Method: SOLUTION NMR Dmax: 53.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator

Homo sapiens

UniProt P27540

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 356–470 链 B； UniProt 356–470 片段：C-terminal PAS domain (PAS-B), residues 356-470 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM Tris, 17mM NaCl NMR样品组成：1mM down to 125 micro M (15N) ARNT PAS-B, 50mM Tris, 17mM NaCl, 5mM DTT NMR样品组成：75 micro M (15N) ARNT PAS-B, 400 micro M ARNT PAS-B with CMSTL spin label attached (to C358 or C451), 50mM Tris, 17mM NaCl 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 2HV1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1X0O human ARNT C-terminal PAS domain 提交 2005-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–470（115 aa） 片段：C-TERMINAL PAS DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）17mM NaCl；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.6；310 K；离子强度（mmCIF原始值）17mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成 1mM hARNT C-term PAS Domain U-15N,13C; 50mM Tris buffer; 17mM NaCl, 5mM DTT | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.478mM hARNT C-term PAS Domain U-15N; 50mM Tris buffer; 17mM NaCl, 5mM DTT | 93% H2O/7% D2O
分辨率未提供
2A24 HADDOCK Structure of HIF-2a/ARNT PAS-B Heterodimer 提交 2005-06-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 358–465（108 aa） 片段：C-terminal PAS domain (PAS-B)
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；离子强度（mmCIF原始值）50mM Tris, 17mM NaCl, 5mM DTT
NMR样品组成 250 micro M (15N)HIF-2alpha PAS-B (240-350) + 1mM ARNT PAS-B (356-470), 50mM Tris (pH=7.5), 17mM NaCl, 5mM DTT
NMR样品组成 250 micro M (15N)ARNT PAS-B (356-470) + 1mM HIF-2alpha PAS-B (240-350), 50mM Tris (pH=7.5), 17mM NaCl, 5mM DTT
分辨率未提供
2B02 Crystal Structure of ARNT PAS-B Domain 提交 2005-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 354–470（117 aa） 片段：PAS-B Domain
突变：C358S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.65；295 K；Ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, pH 8.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
分辨率 1.50 Å R-free 0.208
2K7S Human ARNT C-Terminal PAS Domain, 3 Residue IB slip 提交 2008-08-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 356–470（115 aa） 片段：ARNT PAS-B
突变：F444Q, F446A, Y456T 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）17；压力 ambient
NMR样品组成 900 uM [U-98% 13C; U-98% 15N] ARNT PAS-B Slipped IB Strand, 50 mM TRIS, 17 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3F1N Crystal structure of a high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains, with internally bound ethylene glycol. 提交 2008-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：ARNT C-terminal PAS domain
突变：E362R EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT, pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K
分辨率 1.48 Å R-free 0.199
3F1O Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains, with an internally-bound artificial ligand 提交 2008-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：ARNT C-terminal PAS domain
突变：E362R 2XY N-[2-nitro-4-(trifluoromethyl)phenyl]morpholin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG 3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT , pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K
分辨率 1.60 Å R-free 0.203
3F1P Crystal structure of a high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains 提交 2008-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：ARNT C-terminal PAS domain
突变：E362R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 vapor diffusion combined with microseeding；pH 6.5；293 K；30% PEG3350, 0.1M BisTris, 0.05M Tris, 0.017M NaCl, 0.005M DTT, pH 6.5, vapor diffusion combined with microseeding, temperature 293K
分辨率 1.17 Å R-free 0.167
3H7W Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains with the artificial ligand THS017 提交 2009-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：ARNT C-terminal PAS domain (UNP residues 356 to 470)
突变：E362R 018 2-nitro-N-(thiophen-3-ylmethyl)-4-(trifluoromethyl)aniline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1M BisTris, 17% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.236
3H82 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains with the artificial ligand THS020 提交 2009-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：ARNT C-terminal PAS domain (UNP residues 356 to 470)
突变：E362R 020 N-(furan-2-ylmethyl)-2-nitro-4-(trifluoromethyl)aniline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；0.1M BisTris, 25% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.50 Å R-free 0.234
4EQ1 Crystal Structure of the ARNT PAS-B homodimer 提交 2012-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 357–464（108 aa） 片段：PAS-B domain (UNP residues 357-464)
链 B 357–464（108 aa） 片段：PAS-B domain (UNP residues 357-464)
未记录 PE5 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；2M Ammonium Sulfate, 3% PEG400, 1% PEI, 50mM Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.227
4GHI Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a benzoxadiazole antagonist 提交 2012-08-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：C-terminal PAS domain, UNP residues 356-470
突变：E362R 0X3 N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；293 K；20% PEG400 50 mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.50 Å R-free 0.196
4GS9 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with an inactive benzoxadiazole antagonist 提交 2012-08-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：ARNT PAS-B domain, UNP residues 356-470
突变：E362R 0XB N-(3-fluorophenyl)-4-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-5-amine × 1 PE8 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；293 K；20% PEG 3350 50 mM BISTRIS, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.72 Å R-free 0.202
4H6J Identification of Cys 255 in HIF-1 as a novel site for development of covalent inhibitors of HIF-1 /ARNT PasB domain protein-protein interaction. 提交 2012-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 357–470（114 aa） 片段：PAS-B DOMAIN, UNP residues 357-470
突变：E362R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；20% PEG 8000, 0.2M MgCl2, 0.1M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.52 Å R-free 0.248
4LPZ ARNT transcription factor/coactivator complex 提交 2013-07-16 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 356–470（115 aa） 片段：PAS 2 and PAC domain residues 356-470
链 B 356–470（115 aa） 片段：PAS 2 and PAC domain residues 356-470
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1M Succinic acid, 30% w/v D-Sorbitol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.15 Å R-free 0.272
4PKY ARNT/HIF transcription factor/coactivator complex 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 342–456（115 aa） 片段：C-terminal PAS 2 domain residues 342-456
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% (w/v) ethylene glycol
分辨率 3.20 Å R-free 0.270
4PKY ARNT/HIF transcription factor/coactivator complex 提交 2014-05-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 342–456（115 aa） 片段：C-terminal PAS 2 domain residues 342-456
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1.6 M magnesium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% (w/v) ethylene glycol
分辨率 3.20 Å R-free 0.270
4XT2 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a tetrazole-containing antagonist 提交 2015-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 342–456（115 aa） 片段：C-terminal PAS domain (UNP residues 342-456)
突变：E362R 43L (5S,7R)-5,7-bis(3-bromophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrotetrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；2 uL 500 uM protein against 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.192
4XT2 Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a tetrazole-containing antagonist 提交 2015-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 342–456（115 aa） 片段：C-terminal PAS domain (UNP residues 342-456)
突变：E362R 43L (5S,7R)-5,7-bis(3-bromophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrotetrazolo[1,5-a]pyrimidine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；2 uL 500 uM protein against 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.192
5TBM Crystal structure of PT2385 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2016-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 340–453（114 aa） 片段：UNP residues 340-453
未记录 79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. use freshly crushed crystal as seed.
分辨率 1.85 Å R-free 0.300
5TBM Crystal structure of PT2385 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2016-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 340–453（114 aa） 片段：UNP residues 340-453
未记录 79A 3-{[(1S)-2,2-difluoro-1-hydroxy-7-(methylsulfonyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. use freshly crushed crystal as seed.
分辨率 1.85 Å R-free 0.300
5UFP Crystal structure of PT2399 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2017-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 342–453（112 aa） 片段：UNP residues 342-453
未记录 86D 3-({(1S)-7-[(difluoromethyl)sulfonyl]-2,2-difluoro-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl}oxy)-5-fluorobenzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；complex of HIF2-B*:ARNT-B* 10-12 mg/mL in 10 mM Tris-HCl, pH8.0 and 50 mM KCl; Crystallization buffer of 50 mM Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG3350.
分辨率 1.90 Å R-free 0.271
5V0L Crystal structure of the AHR-ARNT heterodimer in complex with the DRE 提交 2017-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 70–346（277 aa）
未记录 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；10%-12% PEG 20000, 4-6% Tacsimate pH 7.0 or 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
分辨率 4.00 Å R-free 0.323
6CZW Crystal structure of PT1940 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2018-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：residues 356-470
突变：E13R FO7 {2-bromo-3-(3-chloro-5-fluorophenoxy)-6-[(difluoromethyl)sulfonyl]phenyl}methanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. Seed with crushed crystal right after drops are set up
分辨率 1.60 Å R-free 0.251
6CZW Crystal structure of PT1940 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2018-04-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：residues 356-470
突变：E13R FO7 {2-bromo-3-(3-chloro-5-fluorophenoxy)-6-[(difluoromethyl)sulfonyl]phenyl}methanol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4, 16% PEG 3350. Seed with crushed crystal right after drops are set up
分辨率 1.60 Å R-free 0.251
6D09 Crystal structure of PT2440 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：residues 356-470
突变：E13R FOJ 3-{[(3R)-4-(difluoromethyl)-2,2-difluoro-3-hydroxy-1,1-dioxo-2,3-dihydro-1H-1-benzothiophen-5-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4 and 16% PEG3350. Seeding with crushed crystals right after setup
分辨率 1.85 Å R-free 0.282
6D09 Crystal structure of PT2440 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：residues 356-470
突变：E13R FOJ 3-{[(3R)-4-(difluoromethyl)-2,2-difluoro-3-hydroxy-1,1-dioxo-2,3-dihydro-1H-1-benzothiophen-5-yl]oxy}-5-fluorobenzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；50 mM Bis-Tris pH5.4 and 16% PEG3350. Seeding with crushed crystals right after setup
分辨率 1.85 Å R-free 0.282
6D0B Crystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：residues 356-470
突变：E13R FOV N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-2-nitro-4-(trifluoromethanesulfonyl)aniline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% PEG3350. Seeding right after setup using crushed crystals
分辨率 1.60 Å R-free 0.235
6D0B Crystal structure of PT1614 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：residues 356-470
突变：E13R FOV N-(3-chloro-5-fluorophenyl)-2-nitro-4-(trifluoromethanesulfonyl)aniline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% PEG3350. Seeding right after setup using crushed crystals
分辨率 1.60 Å R-free 0.235
6D0C Crystal structure of HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa） 片段：residues 356-470
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG3350, Seeding with crushed crystals right after setup
分辨率 1.50 Å R-free 0.240
6X21 Crystal structure of PT1673 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2020-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–467（112 aa）
突变：E362R UKJ 1-(3-bromo-5-fluorophenoxy)-4-[(difluoromethyl)sulfonyl]-2-nitrobenzene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG3350
分辨率 1.54 Å R-free 0.233
6X28 Crystal structure of PT2243 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2020-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–467（112 aa）
突变：E362R ULG (1R)-4-(3,5-difluorophenoxy)-7-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-inden-1-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG3350
分辨率 1.92 Å R-free 0.287
6X2H Crystal structure of PT2863 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2020-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–467（112 aa）
未记录 ULD cis-3-({(1S)-7-[dihydroxy(trifluoromethyl)-lambda~4~-sulfanyl]-2,2-difluoro-1-hydroxy-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl}oxy)cyclobutane-1-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris pH5.4, 16% 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.258
6X37 Crystal structure of PT3245 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2020-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–467（112 aa）
突变：E362R ULS 3-fluoro-5-{[(7R)-7-hydroxy-1-(trifluoromethyl)-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[c]pyridin-4-yl]oxy}benzonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4, 16% PEG 3350
分辨率 1.94 Å R-free 0.282
6X3D Crystal structure of PT3388 bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2020-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 342–453（112 aa）
突变：E362R ULM (6R,7S)-4-[(3,3-difluorocyclobutyl)oxy]-6-fluoro-1-(trifluoromethyl)-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[c]pyridin-7-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；Bis-Tris, pH5.4 and 16% PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.277
8CK3 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (S)-1-(3,5-Difluoro-phenyl)-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-5,6-dihydro-4H-cyclopenta[c]thiophen-4-ol 提交 2023-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa）
未记录 UXU (4~{S})-1-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-4,6-dihydrocyclopenta[c]thiophen-4-ol × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG 3350, 0.1 M BIS TRIS pH 6.0
分辨率 1.71 Å R-free 0.227
8CK4 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (4S)-1-(3,5-difluorophenyl)-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-4,5,6,7-tetrahydro-2-benzothiophen-4-ol 提交 2023-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa）
未记录 UY3 (4~{S})-1-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-6,7-dihydro-4~{H}-2-benzothiophen-4-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG3350 ; 0.1 M BisTris pH 6.25
分辨率 2.29 Å R-free 0.251
8CK8 STRUCTURE OF HIF2A-ARNT HETERODIMER IN COMPLEX WITH (S)-1-Cyclohexyloxy-5,5-difluoro-3-methanesulfonyl-5,6-dihydro-4H-cyclopenta[c]thiophen-4-ol 提交 2023-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 356–470（115 aa）
未记录 UYF (4~{S})-1-cyclohexyloxy-5,5-bis(fluoranyl)-3-methylsulfonyl-4,6-dihydrocyclopenta[c]thiophen-4-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG3350 ; 0.1 M BisTris pH 6.25
分辨率 2.30 Å R-free 0.276
8G4A Human ARNT PAS-B complexed with KG-548 small molecule 提交 2023-02-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 356–470（115 aa）
链 B 356–470（115 aa）
未记录 YL8 5-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]-2H-tetrazole × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M magnesium sulfate, 2:1 (protein:condition)
分辨率 1.97 Å R-free 0.229
8XS6 Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Tapinarof 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 85–465（381 aa）
未记录 A1LWH Tapinarof × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350
分辨率 2.95 Å R-free 0.271
8XS7 Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with FICZ 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 85–465（381 aa）
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 A1LWI 5,11-dihydroindolo[3,2-b]carbazole-12-carbaldehyde × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350
分辨率 2.77 Å R-free 0.267
8XS8 Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Benzo[a]pyrene 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 85–465（381 aa）
未记录 W62 benzo[a]pyrene × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350
分辨率 3.11 Å R-free 0.230
8XS9 Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with beta-Naphthoflavone 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 85–465（381 aa）
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 A1LWJ (3R)-3-phenyl-2,3-dihydrobenzo[f]chromen-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.264
8XSA Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Indigo 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 85–465（381 aa）
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1 A1LWK 2-(3-oxidanyl-1H-indol-2-yl)indol-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.249
8XSB Crystal structure of the DNA-bound AHR-ARNT heterodimer in complex with Indirubin 提交 2024-01-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 85–465（381 aa）
未记录 JY6 (3~{Z})-3-(3-oxidanylidene-1~{H}-indol-2-ylidene)-1~{H}-indol-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；potassium citrate tribasic monohydrate, PEG3350
分辨率 3.06 Å R-free 0.240
9I64 Crystal structure of Casdatifan bound to HIF2a-B*:ARNT-B* complex 提交 2025-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 355–470（116 aa）
未记录 A1I0H (5~{R},6~{S},8~{R})-3,5,6-tris(fluoranyl)-8-[(1~{S},2~{R})-2-fluoranyl-7-methylsulfonyl-1-oxidanyl-2,3-dihydro-1~{H}-inden-4-yl]-5,6,7,8-tetrahydronaphthalene-1-carbonitrile × 1 FMT FORMIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.10 M Sodium Acetate, 1.25 M Sodium Fluoride
分辨率 1.56 Å R-free 0.214
9OF0 Cryo-EM Structure of Human HIF-2a-ARNT Complexed on 20-bp HRE 提交 2025-04-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 91–470（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9OF2 Dimer of HIF-2a-ARNT Heterodimers Complexed on 51-bp HRE/HAS 提交 2025-04-29 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 D 91–470（380 aa）
链 F 91–470（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9OFU Dimer of HIF-1a-ARNT Heterodimers Complexed on 52-bp HRE/HAS 提交 2025-04-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 91–470（380 aa）
链 D 91–470（380 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；50mM HEPES, 150mM NaCl, 5mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 42 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARNT_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–119； UniProt 356–470 作者链 B； PDB构建体 5–119； UniProt 356–470

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2hv1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2hv1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2hv1
沉积日期 deposition_date2006-07-27
结构标题 titleHADDOCK structure of ARNT PAS-B Homodimer
关键词 keywordsARNT transcription PAS HADDOCK, TRANSCRIPTION, PROTEIN BINDING; TRANSCRIPTION, PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.36 Å
零角强度 I(0) i0587888000.00
分子量 molecular_weight204670.0 kDa
排除体积 excluded_volume255730 ų
包络体积 envelope_volume41214 ų
水化壳体积 shell_volume18996 ų
包络直径 envelope_diameter58.7 Å
壳层 Rg shell_rg24.31 Å
包络 Rg envelope_rg18.22 Å
形状 Rg shape_rg17.36 Å
总 Rg total_rg17.53 Å
总原子数 total_atoms28448
残基数 n_residues1728
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax53.7 Å
Rg (实空间) rg_real17.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real5.8790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal587900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8275
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.4 Å
偏度 Skewness skewness0.204
峰度 Kurtosis kurtosis-0.480
角度范围 angular_range— – 0.4500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1601000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2hv1a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family familyd.110.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2hv1b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.110 — Profilin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.110.3 — PYP-like sensor domain (PAS domain)
家族 Family familyd.110.3.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2hv1A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PAS domain
结构域编号 domain_id2hv1B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — PAS domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)