SAXSdb — 2hvf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L9

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–52	片段：N-terminal domain 突变：G34(DAL) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 IMD IMIDAZOLE × 1 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 300 mM Zn Acetate, 3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.57 Å R-free 0.208
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–52	片段：N-terminal domain 突变：G34(DAL) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 8 CL CHLORIDE ION × 8 IMD IMIDAZOLE × 2 ACY ACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 300 mM Zn Acetate, 3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.57 Å R-free 0.208

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2HVF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CQU SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF RIBOSOMAL PROTEIN L9 提交 1999-08-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–56（56 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 AMBIENT	分辨率未提供
1DIV RIBOSOMAL PROTEIN L9 提交 1996-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2HBA Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M 提交 2006-06-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：K12M	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.25 Å R-free 0.164
2HBA Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M 提交 2006-06-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：K12M	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 6 IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.25 Å R-free 0.164
2HBA Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：K12M 突变：K12M	ZN ZINC ION × 16 CL CHLORIDE ION × 20 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.25 Å R-free 0.164
2HBA Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) K12M 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain 链 B 1–52（52 aa）片段：N-terminal domain	突变：K12M 突变：K12M	ZN ZINC ION × 16 CL CHLORIDE ION × 20 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.25 Å R-free 0.164
2HBB Crystal Structure of the N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–51（51 aa）片段：N-terminal domain	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
2HBB Crystal Structure of the N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：N-terminal domain	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
2HBB Crystal Structure of the N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9) 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–51（51 aa）片段：N-terminal domain	未记录	ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.236
487D SEVEN RIBOSOMAL PROTEINS FITTED TO A CRYO-ELECTRON MICROSCOPIC MAP OF THE LARGE 50S SUBUNIT AT 7.5 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 2000-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 K 1–149（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 7.50 Å
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric	链 BK 1–149（149 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 5.50 Å

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL9_BACST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–52； UniProt 1–52

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hvf
沉积日期 deposition_date	2006-07-28
结构标题 title	Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9), G34dA
关键词 keywords	L9, ribosomal protein, NTL9, G34dA, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.81 Å
零角强度 I(0) i0	941668.00
分子量 molecular_weight	6213.0 kDa
排除体积 excluded_volume	7703 Å³
包络体积 envelope_volume	8541 Å³
水化壳体积 shell_volume	7190 Å³
包络直径 envelope_diameter	38.3 Å
壳层 Rg shell_rg	15.70 Å
包络 Rg envelope_rg	11.21 Å
形状 Rg shape_rg	10.67 Å
总 Rg total_rg	12.48 Å
总原子数 total_atoms	417
残基数 n_residues	51
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	39.3 Å
Rg (实空间) rg_real	12.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4170e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7500e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	941700.0000
解质量估计 total_estimate	0.8175
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.101
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.374
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	77810.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L9
分子量 formula_weight	5701.7 kDa
突变 mutation	G34(DAL)
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	494

MKVIFLKDVKGKGKKGEIKNVADGYANNFLFKQALAIEATPANLKALEAQKQ

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	64

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2hvfa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.100 — MbtH/L9 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.100.1 — L9 N-domain-like
家族 Family family	d.100.1.1 — Ribosomal protein L9 N-domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2hvfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	5 — Ribosomal Protein L9; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L9, N-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.517 Å
晶胞边长 b length_b	53.517 Å
晶胞边长 c length_c	36.178 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.570 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1620
R_work r_work	0.1590
R_free r_free	0.2080

fit	/app/data/saxs_computation/hv/2hvf/2hvf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hv/2hvf/2hvf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hv/2hvf/2hvf.dat

Crystal Structure of N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9), G34dA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction