2hyp

Crystal structure of Rv0805 D66A mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 58.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2hyp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2hyp
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id2hyp
沉积日期 deposition_date2006-08-07
结构标题 titleCrystal structure of Rv0805 D66A mutant
关键词 keywordsmetallophosphoesterase, cAMP, phosphodiesterase, bi-nuclear active site, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.52
零角强度 I(0) i012214200.00
分子量 molecular_weight25270.0 kDa
排除体积 excluded_volume31208 ų
包络体积 envelope_volume35254 ų
水化壳体积 shell_volume17485 ų
包络直径 envelope_diameter55.4
壳层 Rg shell_rg23.04
包络 Rg envelope_rg16.84
形状 Rg shape_rg16.50
总 Rg total_rg17.55
总原子数 total_atoms1751
残基数 n_residues230
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax58.7
Rg (实空间) rg_real17.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32
I(0) (实空间) i0_real1.2210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12210000.0000
解质量估计 total_estimate0.8013
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.0
偏度 Skewness skewness0.063
峰度 Kurtosis kurtosis-0.462
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1842000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2hypa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamilyd.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family familyd.159.1.11 — GpdQ-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2hypA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)