2hzm

Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II mediator complex subunit 20

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA polymerase II mediator complex subunit 18 × 1 （P32585） PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA polymerase II mediator complex subunit 18 × 1 （P32585） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA polymerase II mediator complex subunit 18 × 1 （P32585） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA polymerase II mediator complex subunit 18 × 1 （P32585） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED20_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–212； UniProt 1–210 作者链 C； PDB构建体 3–212； UniProt 1–210 作者链 E； PDB构建体 3–212； UniProt 1–210 作者链 G； PDB构建体 3–212； UniProt 1–210

RNA polymerase II mediator complex subunit 18

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32585

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA polymerase II mediator complex subunit 20 × 1 （P34162） PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA polymerase II mediator complex subunit 20 × 1 （P34162） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA polymerase II mediator complex subunit 20 × 1 （P34162） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	RNA polymerase II mediator complex subunit 20 × 1 （P34162） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MED18_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–306； UniProt 2–307 作者链 D； PDB构建体 1–306； UniProt 2–307 作者链 F； PDB构建体 1–306； UniProt 2–307 作者链 H； PDB构建体 1–306； UniProt 2–307

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hzm
沉积日期 deposition_date	2006-08-09
结构标题 title	Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20
关键词 keywords	beta barrel, channel, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2hzm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2hzm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2hzm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.20 Å
Rg（电子密度）	25.55 Å
总 Rg	26.26 Å
原子数	3364
残基数	432
排除体积	60322 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2hzm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2hzm__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2hzm__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2hzm__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RNA polymerase II mediator complex subunit 20
分子量 formula_weight	23076.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	13587

ASMGKSAVIFVERATPATLTELKDALSNSILSVRDPWSIDFRTYRCSIKNLPADVSKLMYSITFHHHGRQTVLIKDNSAMVTTAAAADIPPALVFNGSSTGVPESIDTILSSKLSNIWMQRQLIKGDAGETLILDGLTVRLVNLFSSTGFKGLLIELQADEAGEFETKIAGIEGHLAEIRAKEYKTSSDSLGPDTSNEICDLAYQYVRALEL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA polymerase II mediator complex subunit 18
分子量 formula_weight	35497.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

VQQLSLFGSIGDDGYDLLISTLTTISGNPPLLYNSLCTVWKPNPSYDVENVNSRNQLVEPNRIKLSKEVPFSYLIDETMMDKPLNFRILKSFTNDKIPLNYAMTRNILHNTVPQVTNFNSTNEDQNNSKHTEDTVNESRNSDDIIDVDMDASPAPSNESCSPWSLQISDIPAAGNNRSVSMQTIAETIILSSAGKNSSVSSLMNGLGYVFEFQYLTIGVKFFMKHGLILELQKIWQIEEAGNSQITSGGFLLKAYINVSRGTDIDRINYTETVLMNLKKELQGYIELSVPDRQSMDSRVAHGNILIAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	229

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2hzmA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2hzmA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	140 — q64v53_bacfr protein fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2hzmB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	320 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001

结构域编号 domain_id	2hzmC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2hzmC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	140 — q64v53_bacfr protein fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2hzmD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	320 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001

结构域编号 domain_id	2hzmE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2hzmE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	140 — q64v53_bacfr protein fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2hzmF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	320 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001

结构域编号 domain_id	2hzmG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 —

结构域编号 domain_id	2hzmG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	140 — q64v53_bacfr protein fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2hzmH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	320 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hypothetical Protein Pfu-838710-001

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晶胞边长 a length_a	72.903 Å
晶胞边长 b length_b	129.352 Å
晶胞边长 c length_c	241.725 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	0.2640

Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II mediator complex subunit 20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase II mediator complex subunit 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hzm__assembly_1__model_1

2hzm__assembly_1__model_1 | I(q)

2hzm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the Mediator head subcomplex Med18/20

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase II mediator complex subunit 20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA polymerase II mediator complex subunit 18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hzm__assembly_1__model_1

2hzm__assembly_1__model_1 | I(q)

2hzm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)