2hzv

NikR-operator DNA complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nickel-responsive regulator

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	5'-D(APGPTPAPTPGPAPCPGPAPAPTPAPCPTPTPAPAPAPAPTPCPGPTPCPAPTPAPCPT)-3' × 1 5'-D(APGPTPAPTPGPAPCPGPAPTPTPTPTPAPAPGPTPAPTPTPCPGPTPCPAPTPAPCPT)-3' × 1 NICKEL (II) ION × 4 POTASSIUM ION × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 4 DNA 2	5'-D(APGPTPAPTPGPAPCPGPAPAPTPAPCPTPTPAPAPAPAPTPCPGPTPCPAPTPAPCPT)-3' × 1 5'-D(APGPTPAPTPGPAPCPGPAPTPTPTPTPAPAPGPTPAPTPTPCPGPTPCPAPTPAPCPT)-3' × 1 NICKEL (II) ION × 4 POTASSIUM ION × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIKR_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 B； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 C； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 D； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 E； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 F； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 G； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 H； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2hzv
沉积日期 deposition_date	2006-08-09
结构标题 title	NikR-operator DNA complex
关键词 keywords	nickel, transcription factor, protein-dna complex, ribbon-helix-helix, METAL BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX; METAL BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2hzv__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2hzv__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2hzv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.35 Å
Rg（电子密度）	28.92 Å
总 Rg	29.53 Å
原子数	5258
残基数	576
排除体积	88605 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2hzv__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2hzv__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APGPTPAPTPGPAPCPGPAPAPTPAPCPTPTPAPAPAPAPTPCPGPTPCPAPTPAPCPT)-3'
分子量 formula_weight	9214.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,K
原子数 atom_count	10501

AGTATGACGAATACTTAAAATCGTCATACT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(APGPTPAPTPGPAPCPGPAPTPTPTPTPAPAPGPTPAPTPTPCPGPTPCPAPTPAPCPT)-3'
分子量 formula_weight	9227.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,L

AGTATGACGATTTTAAGTATTCGTCATACT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nickel-responsive regulator
分子量 formula_weight	15212.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H

MQRVTITLDDDLLETLDSLSQRRGYNNRSEAIRDILRSALAQEATQQHGTQGFAVLSYVYEHEKRDLASRIVSTQHHHHDLSVATLHVHINHDDCLEIAVLKGDMGDVQHFADDVIAQRGVRHGHLQCLPKED

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d2hzva1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d2hzva2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.18 — ACT-like
家族 Family family	d.58.18.4 — Nickel responsive regulator NikR, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hzvb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d2hzvb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.18 — ACT-like
家族 Family family	d.58.18.4 — Nickel responsive regulator NikR, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hzvc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d2hzvc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.18 — ACT-like
家族 Family family	d.58.18.4 — Nickel responsive regulator NikR, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hzvd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d2hzvd2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.18 — ACT-like
家族 Family family	d.58.18.4 — Nickel responsive regulator NikR, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hzve1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d2hzve2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.18 — ACT-like
家族 Family family	d.58.18.4 — Nickel responsive regulator NikR, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hzvf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d2hzvf2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.18 — ACT-like
家族 Family family	d.58.18.4 — Nickel responsive regulator NikR, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hzvg1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d2hzvg2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.18 — ACT-like
家族 Family family	d.58.18.4 — Nickel responsive regulator NikR, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2hzvh1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.43 — Ribbon-helix-helix
超家族 Superfamily superfamily	a.43.1 — Ribbon-helix-helix
家族 Family family	a.43.1.3 — CopG-like

结构域编号 domain_id	d2hzvh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.18 — ACT-like
家族 Family family	d.58.18.4 — Nickel responsive regulator NikR, C-terminal domain

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	2hzvA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2hzvA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — ACT-like. Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	2hzvB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2hzvB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — ACT-like. Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	2hzvC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2hzvC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — ACT-like. Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	2hzvD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2hzvD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — ACT-like. Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	2hzvE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2hzvE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — ACT-like. Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	2hzvF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2hzvF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — ACT-like. Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	2hzvG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2hzvG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — ACT-like. Chain A, domain 2

结构域编号 domain_id	2hzvH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Met repressor-like

结构域编号 domain_id	2hzvH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — ACT-like. Chain A, domain 2

▶

晶胞边长 a length_a	197.203 Å
晶胞边长 b length_b	76.132 Å
晶胞边长 c length_c	132.092 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.27 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.280 Å
R 因子 r_factor	0.2610
R_work r_work	0.2610
R_free r_free	0.3030

NikR-operator DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nickel-responsive regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hzv__assembly_2__model_1

2hzv__assembly_2__model_1 | I(q)

2hzv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

NikR-operator DNA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nickel-responsive regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2hzv__assembly_2__model_1

2hzv__assembly_2__model_1 | I(q)

2hzv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)