SAXSdb — 2i4i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase DDX3X

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 167–581	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；1.75M Na formate, 0.1M Tris pH 7.5, 20mM ATPgS and MgCl2, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2I4I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JGN DDX3 helicase domain 提交 2007-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 408–579（172 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 408-579	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 RESERVOIR: 2M (NH4)2SO4, 0.1M IMIDAZOLE PH 6.4 PLUS 5MM SPERMINE TETRA-HCL PROTEIN: 10MM HEPES, 500MM (NH4)2SO4, PH 8.0.	分辨率 1.91 Å R-free 0.255
2JGN DDX3 helicase domain 提交 2007-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 408–579（172 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 408-579	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 RESERVOIR: 2M (NH4)2SO4, 0.1M IMIDAZOLE PH 6.4 PLUS 5MM SPERMINE TETRA-HCL PROTEIN: 10MM HEPES, 500MM (NH4)2SO4, PH 8.0.	分辨率 1.91 Å R-free 0.255
2JGN DDX3 helicase domain 提交 2007-02-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 408–579（172 aa）片段：HELICASE DOMAIN, RESIDUES 408-579	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 RESERVOIR: 2M (NH4)2SO4, 0.1M IMIDAZOLE PH 6.4 PLUS 5MM SPERMINE TETRA-HCL PROTEIN: 10MM HEPES, 500MM (NH4)2SO4, PH 8.0.	分辨率 1.91 Å R-free 0.255
3JRV Structure of poxvirus K7 protein in complex with RNA helicase DDX3 提交 2009-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 71–90（20 aa）片段：DDX3, UNP residues 71-90	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；291 K；100mM sodium citrate, 15.0% (w/v) PEG 3350, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190
3JRV Structure of poxvirus K7 protein in complex with RNA helicase DDX3 提交 2009-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 71–90（20 aa）片段：DDX3, UNP residues 71-90	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；291 K；100mM sodium citrate, 15.0% (w/v) PEG 3350, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190
3JRV Structure of poxvirus K7 protein in complex with RNA helicase DDX3 提交 2009-09-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 71–90（20 aa）片段：DDX3, UNP residues 71-90	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.25；291 K；100mM sodium citrate, 15.0% (w/v) PEG 3350, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.60 Å R-free 0.190
4O2C An Nt-acetylated peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–10（9 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 17% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
4O2E A peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–10（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.98 Å R-free 0.208
4O2E A peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–10（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.98 Å R-free 0.208
4O2F A peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 3–10（8 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.2M sodium formate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4O2F A peptide complexed with HLA-B*3901 提交 2013-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 3–10（8 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.2M sodium formate, 20% (w/v) PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.213
4PX9 DEAD-box RNA helicase DDX3X Domain 1 with N-terminal ATP-binding Loop 提交 2014-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 135–407（273 aa）片段：UNP residues 135-407	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；50 mM Hepes 7.6; 7% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.31 Å R-free 0.285
4PX9 DEAD-box RNA helicase DDX3X Domain 1 with N-terminal ATP-binding Loop 提交 2014-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 135–407（273 aa）片段：UNP residues 135-407	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；50 mM Hepes 7.6; 7% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.31 Å R-free 0.285
4PX9 DEAD-box RNA helicase DDX3X Domain 1 with N-terminal ATP-binding Loop 提交 2014-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 135–407（273 aa）片段：UNP residues 135-407	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；291 K；50 mM Hepes 7.6; 7% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.31 Å R-free 0.285
4PXA DEAD-box RNA helicase DDX3X Cancer-associated mutant D354V 提交 2014-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 135–582（448 aa）片段：D1-D2, UNP residues 135-582	突变：D354V	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.66 M NaH2PO4 0.24 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K	分辨率 3.20 Å R-free 0.271
5E7I Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–584（452 aa）片段：DEAD-box domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3350, sodium citrate	分辨率 2.22 Å R-free 0.259
5E7I Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–584（452 aa）片段：DEAD-box domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3350, sodium citrate	分辨率 2.22 Å R-free 0.259
5E7I Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 133–584（452 aa）片段：DEAD-box domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3350, sodium citrate	分辨率 2.22 Å R-free 0.259
5E7J Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 bound to AMP 提交 2015-10-12	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–584（452 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG 3000, sodium citrate	分辨率 2.23 Å R-free 0.264
5E7M Crystal structure of the active catalytic core of the human DEAD-box protein DDX3 bound to AMPPNP 提交 2015-10-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–584（452 aa）片段：DEAD-box domains	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；PEG-3000, sodium citrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.284
6CZ5 Crystal structure of small molecule AMP-acrylamide covalently bound to DDX3 S228C 提交 2018-04-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 132–607（476 aa）片段：UNP residues 132-607	突变：S228C	FPJ 5'-O-[(R)-hydroxy(propanoylamino)phosphoryl]adenosine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；100 mM sodium citrate, 8% PEG3000	分辨率 3.00 Å R-free 0.267
6O5F Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X at pre-unwound state 提交 2019-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 132–607（476 aa）链 B 132–607（476 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；25% (v/v) PEG 3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
7LIU DDX3X bound to ATP analog and remodeled RNA:DNA hybrid 提交 2021-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 135–582（448 aa）链 B 135–582（448 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 08T [[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-tris(fluoranyl)beryllium × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M HEPEs pH 7.5, 16% PEG 3350, 0.1 M Li3Citrate, 0.1 M Na3Citrate, 2% benzamidine-HCl, 5 mM ADP-BeF3	分辨率 3.00 Å R-free 0.241
7YMF Crystal Structure of DDX3X449_450ET>DP 提交 2022-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 133–414（282 aa）链 B 415–584（170 aa）	突变：E449D, T450P	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.5 M Sodium Formate , 50 mM Magnesium chloride	分辨率 2.30 Å R-free 0.244
8SSW Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X in complex with ADP at pre-unwound state 提交 2023-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 132–607（476 aa）链 B 132–607（476 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG3350, Magnesium Chloride, etc.	分辨率 2.40 Å R-free 0.248
9E2C Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X R326H mutant 提交 2024-10-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 115–591（477 aa）	突变：R326H	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291.15 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG3350, 0.2 M Lithium sulfate, 0.01 M Strontium(II) chloride	分辨率 2.30 Å R-free 0.244

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	DDX3X_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–417； UniProt 167–581

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2i4i
沉积日期 deposition_date	2006-08-22
结构标题 title	Crystal Structure of human DEAD-box RNA helicase DDX3X
关键词 keywords	RNA, HELICASE, DEAD, STRUCTURAL GENOMICS, SGC, Structural Genomics Consortium, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.39 Å
零角强度 I(0) i0	37751500.00
分子量 molecular_weight	46526.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57999 Å³
包络体积 envelope_volume	73094 Å³
水化壳体积 shell_volume	24920 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.59 Å
包络 Rg envelope_rg	25.44 Å
形状 Rg shape_rg	25.41 Å
总 Rg total_rg	26.05 Å
总原子数 total_atoms	3266
残基数 n_residues	408
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8549
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.408
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	10690000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.833; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase DDX3X
分子量 formula_weight	47126.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3465

SMVEATGNNCPPHIESFSDVEMGEIIMGNIELTRYTRPTPVQKHAIPIIKEKRDLMACAQTGSGKTAAFLLPILSQIYSDGPGEALRAMKENGRYGRRKQYPISLVLAPTRELAVQIYEEARKFSYRSRVRPCVVYGGADIGQQIRDLERGCHLLVATPGRLVDMMERGKIGLDFCKYLVLDEADRMLDMGFEPQIRRIVEQDTMPPKGVRHTMMFSATFPKEIQMLARDFLDEYIFLAVGRVGSTSENITQKVVWVEESDKRSFLLDLLNATGKDSLTLVFVETKKGADSLEDFLYHEGYACTSIHGDRSQRDREEALHQFRSGKSPILVATAVAARGLDISNVKHVINFDLPSDIEEYVHRIGRTGRVGNLGLATSFFNERNINITKDLLDLLVEAKQEVPSWLENMAYEHHYKG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2i4ia1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2i4ia2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2i4ia3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2i4iA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2i4iA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.288 Å
晶胞边长 b length_b	67.288 Å
晶胞边长 c length_c	253.470 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	14.910 Å
R 因子 r_factor	0.1887
R_work r_work	0.1872
R_free r_free	0.2182

fit	/app/data/saxs_computation/i4/2i4i/2i4i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i4/2i4i/2i4i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i4/2i4i/2i4i.dat

Crystal Structure of human DEAD-box RNA helicase DDX3X

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-dependent RNA helicase DDX3X

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction