8ssw

Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X in complex with ADP at pre-unwound state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ssw
沉积日期 deposition_date	2023-05-09
最后修订 last_revision	2024-05-22
结构标题 title	Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X in complex with ADP at pre-unwound state
关键词 keywords	DEAD-box RNA helicase, DDX3X, pre-unwound state, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.83 Å
零角强度 I(0) i0	251034000.00
分子量 molecular_weight	114780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	138270 Å³
包络体积 envelope_volume	184920 Å³
水化壳体积 shell_volume	45792 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.16 Å
包络 Rg envelope_rg	33.64 Å
形状 Rg shape_rg	33.85 Å
总 Rg total_rg	34.21 Å
总原子数 total_atoms	7996
残基数 n_residues	918
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	251000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9054
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.173
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.569
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	59040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.945

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP-dependent RNA helicase DDX3X
分子量 formula_weight	53701.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8280

DEDDWSKPLPPSERLEQELFSGGNTGINFEKYDDIPVEATGNNCPPHIESFSDVEMGEIIMGNIELTRYTRPTPVQKHAIPIIKEKRDLMACAQTGSGKTAAFLLPILSQIYSDGPGEALRAMKENGRYGRRKQYPISLVLAPTRELAVQIYEEARKFSYRSRVRPCVVYGGADIGQQIRDLERGCHLLVATPGRLVDMMERGKIGLDFCKYLVLDEADRMLDMGFEPQIRRIVEQDTMPPKGVRHTMMFSATFPKEIQMLARDFLDEYIFLAVGRVGSTSENITQKVVWVEESDKRSFLLDLLNATGKDSLTLVFVETKKGADSLEDFLYHEGYACTSIHGDRSQRDREEALHQFRSGKSPILVATAVAARGLDISNVKHVINFDLPSDIEEYVHRIGRTGRVGNLGLATSFFNERNINITKDLLDLLVEAKQEVPSWLENMAYEHHYKGSSRGRSKSSRFSGGFGARDYRQSSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (28-MER)
分子量 formula_weight	9010.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

CAAGGUCAUUCGCAAGAGUGGCCUUGCG

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	235

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	68.611 Å
晶胞边长 b length_b	68.611 Å
晶胞边长 c length_c	213.878 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	39.750 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/ss/8ssw/8ssw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ss/8ssw/8ssw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ss/8ssw/8ssw.dat

Crystal structure of DEAD-box RNA helicase DDX3X in complex with ADP at pre-unwound state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)