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2i9t

Structure of NF-kB p65-p50 heterodimer bound to PRDII element of B-interferon promoter

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 104.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor p65

Mus musculus

UniProt Q04207

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 19–291 片段：residues 19-291 5'-D(*AP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*T)-3' × 1 Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit × 1 （P25799） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；293 K；8% PEG 5K monomethylether, 200mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60 分辨率 2.80 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2I9T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BFT STRUCTURE OF NF-KB P65 HOMODIMER BOUND TO A KB SITE 提交 1997-09-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 191–291（101 aa） 片段：DIMERIZATION DOMAIN
链 B 191–291（101 aa） 片段：DIMERIZATION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å R-free 0.294
1IKN IKAPPABALPHA/NF-KAPPAB COMPLEX 提交 1998-11-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 19–304（286 aa） 片段：N-TERMINAL AND DIMERIZATION DOMAINS
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 2.30 Å R-free 0.277
1K3Z X-ray crystal structure of the IkBb/NF-kB p65 homodimer complex 提交 2001-10-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 191–326（136 aa） 片段：p65 dimerization domain
链 B 191–326（136 aa） 片段：p65 dimerization domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.256
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 20–291（272 aa） 片段：p65 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 20–291（272 aa） 片段：p65 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 20–291（272 aa） 片段：p65 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K
分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 20–291（272 aa） 片段：p65 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K
分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1LEI The kB DNA sequence from the HLV-LTR functions as an allosteric regulator of HIV transcription 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 20–291（272 aa） 片段：p65 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 6.5；291 K；PEG 3350, CaCl2, sodium spermine, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1MY5 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer 提交 2002-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 191–304（114 aa） 片段：residues 191-304 (dimerization domain)
链 B 191–304（114 aa） 片段：residues 191-304 (dimerization domain)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.1M sodium HEPES, 0.2M sodium tartrate, 2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.221
1MY7 NF-kappaB p65 subunit dimerization domain homodimer N202R mutation 提交 2002-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 191–304（114 aa） 片段：residues 191 - 304 (dimerization domain)
链 B 191–304（114 aa） 片段：residues 191 - 304 (dimerization domain)
突变：N202R 突变：N202R 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；0.l M sodium HEPES, 0.2 M sodium tartrate, 2 M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.49 Å R-free 0.247
1OY3 CRYSTAL STRUCTURE OF AN IKBBETA/NF-KB P65 HOMODIMER COMPLEX 提交 2003-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 191–326（136 aa） 片段：p65 dimerization domain
链 C 191–326（136 aa） 片段：p65 dimerization domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；291 K；PEG 8000, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.05 Å R-free 0.247
1RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–291（273 aa） 片段：P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291
链 B 19–291（273 aa） 片段：P65 SUBUNIT, RESIDUES 19 - 291
未记录 DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；crystallized from PEG 3350, CACL2, BETA-OCTYL GLUCOPYRANOSIDE, HEPES and GLYCEROL, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K
分辨率 2.70 Å R-free 0.324
1VKX CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA 提交 1997-09-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–291（273 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.90 Å R-free 0.320
2RAM A NOVEL DNA RECOGNITION MODE BY NF-KB P65 HOMODIMER 提交 1997-11-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–291（273 aa） 片段：P65 RESIDUES 19 - 291
链 B 19–291（273 aa） 片段：P65 RESIDUES 19 - 291
未记录 DTV (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.40 Å R-free 0.308
5U01 Cooperative DNA binding by two RelA dimers 提交 2016-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 19–291（273 aa） 片段：UNP residues 19-291
链 B 19–291（273 aa） 片段：UNP residues 19-291
链 C 19–291（273 aa） 片段：UNP residues 19-291
链 D 19–291（273 aa） 片段：UNP residues 19-291
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；Nacit 5.5 100mM, CaCl2 10mM, DTT 10mM, PEG 3350 15%.
分辨率 2.50 Å R-free 0.274
6GGR Crystal structure of Salmonella zinc metalloprotease effector GtgA in complex with p65 提交 2018-05-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–188（169 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystallyzation conditions: 0.1 M Tris pH 8.3, 0.5 M LiCl and 32.5% (w/v) PEG 6000
分辨率 2.10 Å R-free 0.252
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–98（80 aa）
链 A 191–291（101 aa）
链 B 19–98（80 aa）
链 B 191–291（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG
分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 G 19–98（80 aa）
链 G 191–291（101 aa）
链 H 19–98（80 aa）
链 H 191–291（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG
分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 K 19–98（80 aa）
链 K 191–291（101 aa）
链 L 19–98（80 aa）
链 L 191–291（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG
分辨率 3.09 Å R-free 0.329
8U9L Crystal Structure of RelA-cRel chimera complex with DNA 提交 2023-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 O 19–98（80 aa）
链 O 191–291（101 aa）
链 P 19–98（80 aa）
链 P 191–291（101 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2M Sodium/Potassium phosphate 0.1M Bis Tris propane pH 6.5 20% PEG 3350 10mM DTT 0.5% BOG
分辨率 3.09 Å R-free 0.329
9BDU NF-kappaB RelA homo-dimer bound to AT-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
链 B 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, beta-octylglucoside, spermine
分辨率 2.03 Å R-free 0.273
9BDV NF-kappaB RelA homo-dimer bound to TA-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
链 B 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
未记录 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
分辨率 1.90 Å R-free 0.230
9BDW NF-kappaB RelA homo-dimer bound to GC-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
链 B 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
分辨率 1.87 Å R-free 0.227
9BDX NF-kappaB RelA homo-dimer bound to CG-centric kappaB DNA 提交 2024-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
链 B 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES, Spermine, beta-octylglucoside
分辨率 3.60 Å R-free 0.374
9E6W NF-kappaB RelA homo-dimer bound to a kappaB site of Cxcl2 gene 提交 2024-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
链 B 19–304（286 aa） 片段：residues 19-304
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Tris HCl 25mM pH 7.5, NaCl 50 mM, DTT 1 mM, MES 50 mM pH 5.5, CaCl2 2 mM, Spermidine 1 mM, b-D-octylglucopyranoside 0.05%, Ammonium chloride 50 mM, PEG3350 14%
分辨率 2.04 Å R-free 0.283

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TF65_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–279； UniProt 19–291

Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit

Mus musculus

UniProt P25799

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 39–350 片段：residues 39-350 5'-D(*AP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*TP*G)-3' × 1 5'-D(*CP*AP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*T)-3' × 1 Transcription factor p65 × 1 （Q04207） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 5.6；293 K；8% PEG 5K monomethylether, 200mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 5.60 分辨率 2.80 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2I9T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BFS STRUCTURE OF NF-KB P50 HOMODIMER BOUND TO A KB SITE 提交 1997-09-12 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–350（106 aa） 片段：DIMERIZATION DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å R-free 0.287
1IKN IKAPPABALPHA/NF-KAPPAB COMPLEX 提交 1998-11-13 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 245–363（119 aa） 片段：N-TERMINAL AND DIMERIZATION DOMAINS
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.00
分辨率 2.30 Å R-free 0.277
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 39–350（312 aa） 片段：p50 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE5 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to an IFNb-kB 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 F 39–350（312 aa） 片段：p50 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；50 mM Na acatate, 50mM CaCl2, 1.0 mM Na spermine, 8% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.75 Å R-free 0.293
1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 39–350（312 aa） 片段：p50 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K
分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1LE9 Crystal structure of a NF-kB heterodimer bound to the Ig/HIV-kB siti 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 F 39–350（312 aa） 片段：p50 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；PEG 3350, CaCl2, Na acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 110K
分辨率 3.00 Å R-free 0.305
1LEI The kB DNA sequence from the HLV-LTR functions as an allosteric regulator of HIV transcription 提交 2002-04-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 39–350（312 aa） 片段：p50 RHR
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 SMALL TUBES；pH 6.5；291 K；PEG 3350, CaCl2, sodium spermine, pH 6.5, SMALL TUBES, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284
1NFK STRUCTURE OF THE NUCLEAR FACTOR KAPPA-B (NF-KB) P50 HOMODIMER 提交 1995-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 39–363（325 aa）
链 B 39–363（325 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å R-free 0.340
1OOA CRYSTAL STRUCTURE OF NF-kB(p50)2 COMPLEXED TO A HIGH-AFFINITY RNA APTAMER 提交 2003-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 39–363（325 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, ethylene glycol, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.45 Å R-free 0.248
1OOA CRYSTAL STRUCTURE OF NF-kB(p50)2 COMPLEXED TO A HIGH-AFFINITY RNA APTAMER 提交 2003-03-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 39–363（325 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；PEG 8000, ethylene glycol, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.45 Å R-free 0.248
1U36 Crystal structure of WLAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
突变：Y267W, V310C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.89 Å R-free 0.220
1U3J Crystal structure of MLAV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
突变：Y267M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.90 Å R-free 0.222
1U3Y Crystal structure of ILAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
突变：Y267I, V310C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
1U3Z Crystal structure of MLAC mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
突变：Y267M, V310C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.90 Å R-free 0.235
1U41 Crystal structure of YLGV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
链 B 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
突变：A308G 突变：A308G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1U41 Crystal structure of YLGV mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
链 D 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
突变：A308G 突变：A308G 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.20 Å R-free 0.235
1U42 Crystal structure of MLAM mutant of dimerisation domain of NF-kB p50 transcription factor 提交 2004-07-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–350（106 aa） 片段：dimerization domain
突变：Y267M, V310M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；PEG 8000, ammonium sulphate, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.317
1VKX CRYSTAL STRUCTURE OF THE NFKB P50/P65 HETERODIMER COMPLEXED TO THE IMMUNOGLOBULIN KB DNA 提交 1997-09-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 39–350（312 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.90 Å R-free 0.320
2V2T X-ray structure of a NF-kB p50-RelB-DNA complex 提交 2007-06-07 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 B 38–363（326 aa） 片段：NUCLEAR FACTOR NF-KAPPA-B P50 SUBUNIT, RESIDUES 38-363
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；5% PEG3350 100 MM NACITRATE 1MM SPERMINE 5MM DTT, pH 7
分辨率 3.05 Å R-free 0.276
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 245–359（115 aa） 片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 245–359（115 aa） 片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.15 Å R-free 0.280
3JV4 Crystal structure of the dimerization domains p50 and RelB 提交 2009-09-15 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 245–359（115 aa） 片段：dimerization domain (UNP residues 245-359)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；PEG8000, ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.15 Å R-free 0.280
8TKL Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with a Test 16-mer kappaB-like DNA 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 39–350（312 aa）
链 B 39–350（312 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；4% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG 3350
分辨率 3.00 Å R-free 0.284
8TKM Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with 17-mer kappaB DNA from human interleukin-6 (IL-6) promoter 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 39–350（312 aa）
链 B 39–350（312 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Na-Acetate pH 4.9, 16% (w/v) PEG 1500
分辨率 2.80 Å R-free 0.273
8TKN Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with 10-mer kappaB DNA from human Neutrophil Gelatinase-associated Lipocalin (NGAL) promoter 提交 2023-07-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric
链 A 39–350（312 aa）
链 B 39–350（312 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；298 K；0.05 M sodium acetate pH 5.4, 20 mM magnesium sulfate, and 4% PEG 3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.288
9BOR IkappaBzeta ankyrin repeat domain:NF-kappaB p50 homodimer complex at 2.0 Angstrom resolution 提交 2024-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 245–376（132 aa）
链 C 245–376（132 aa）
未记录 HT3 (2R,3S)-heptane-1,2,3-triol × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；303 K；20mM acetic acid pH 5.2, 80mM acetic acid pH 5.8, 5.5% PEG 3350, 10mM DTT, 0.5% 1,2,3 heptanetriol
分辨率 2.00 Å R-free 0.208

共 20 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NFKB1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–313； UniProt 39–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2i9t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2i9t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2i9t
沉积日期 deposition_date2006-09-06
结构标题 titleStructure of NF-kB p65-p50 heterodimer bound to PRDII element of B-interferon promoter
关键词 keywordsPROTEIN-DNA COMPLEX, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.98 Å
零角强度 I(0) i0108837000.00
分子量 molecular_weight74509.0 kDa
排除体积 excluded_volume89764 ų
包络体积 envelope_volume119780 ų
水化壳体积 shell_volume33820 ų
包络直径 envelope_diameter110.0 Å
壳层 Rg shell_rg36.04 Å
包络 Rg envelope_rg31.16 Å
形状 Rg shape_rg31.05 Å
总 Rg total_rg31.21 Å
总原子数 total_atoms5205
残基数 n_residues621
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax104.3 Å
Rg (实空间) rg_real30.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal108800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8774
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.1 Å
偏度 Skewness skewness0.414
峰度 Kurtosis kurtosis-0.247
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12210000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.835; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.953
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd2i9ta1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2i9ta2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain
结构域编号 domain_idd2i9ta3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2i9tb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.18 — E set domains
家族 Family familyb.1.18.1 — NF-kappa-B/REL/DORSAL transcription factors, C-terminal domain
结构域编号 domain_idd2i9tb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamilyb.2.5 — p53-like transcription factors
家族 Family familyb.2.5.3 — Rel/Dorsal transcription factors, DNA-binding domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2i9tA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2i9tA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2i9tB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily340 — Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2i9tB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)