2ice

CRIg bound to C3c

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C3 beta chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 × 1 （Q9Y279） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 × 1 （Q9Y279） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–642； UniProt 23–664 作者链 D； PDB构建体 1–642； UniProt 23–664 作者链 B； PDB构建体 1–206； UniProt 749–954 作者链 E； PDB构建体 1–206； UniProt 749–954 作者链 C； PDB构建体 1–343； UniProt 1321–1663 作者链 F； PDB构建体 1–343； UniProt 1321–1663

V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9Y279

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 1	Complement C3 beta chain × 1 （P01024） Complement C3 alpha chain × 1 （P01024） Complement C3 alpha chain × 1 （P01024） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Complement C3 beta chain × 1 （P01024） Complement C3 alpha chain × 1 （P01024） Complement C3 alpha chain × 1 （P01024） CALCIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VSIG4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–119； UniProt 19–137 作者链 T； PDB构建体 1–119； UniProt 19–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ice
沉积日期 deposition_date	2006-09-12
结构标题 title	CRIg bound to C3c
关键词 keywords	Alternative Pathway, Complement, C3, CRIg, Complement Receptor, Immune System; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ice__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ice__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ice__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.70 Å
Rg（电子密度）	40.41 Å
总 Rg	40.60 Å
原子数	9874
残基数	1240
排除体积	176410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ice__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ice__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement C3 beta chain
分子量 formula_weight	71170.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	19619

SPMYSIITPNILRLESEETMVLEAHDAQGDVPVTVTVHDFPGKKLVLSSEKTVLTPATNHMGNVTFTIPANREFKSEKGRNKFVTVQATFGTQVVEKVVLVSLQSGYLFIQTDKTIYTPGSTVLYRIFTVNHKLLPVGRTVMVNIENPEGIPVKQDSLSSQNQLGVLPLSWDIPELVNMGQWKIRAYYENSPQQVFSTEFEVKEYVLPSFEVIVEPTEKFYYIYNEKGLEVTITARFLYGKKVEGTAFVIFGIQDGEQRISLPESLKRIPIEDGSGEVVLSRKVLLDGVQNLRAEDLVGKSLYVSATVILHSGSDMVQAERSGIPIVTSPYQIHFTKTPKYFKPGMPFDLMVFVTNPDGSPAYRVPVAVQGEDTVQSLTQGDGVAKLSINTHPSQKPLSITVRTKKQELSEAEQATRTMQALPYSTVGNSNNYLHLSVLRTELRPGETLNVNFLLRMDRAHEAKIRYYTYLIMNKGRLLKAGRQVREPGQDLVVLPLSITTDFIPSFRLVAYYTLIGASGQREVVADSVWVDVKDSCVGSLVVKSGQSEDRQPVPGQQMTLKIEGDHGARVVLVAVDKGVFVLNKKNKLTQSKIWDVVEKADIGCTPGSGKDYAGVFSDAGLTFTSSSGQQTAQRAELQCPQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Complement C3 alpha chain
分子量 formula_weight	23621.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

SNLDEDIIAEENIVSRSEFPESWLWNVEDLKEPPKNGISTKLMNIFLKDSITTWEILAVSMSDKKGICVADPFEVTVMQDFFIDLRLPYSVVRNEQVEIRAVLYNYRQNQELKVRVELLHNPAFCSLATTKRRHQQTVTIPPKSSLSVPYVIVPLKTGLQEVEVKAAVYHHFISDGVRKSLKVVPEGIRMNKTVAVRTLDPERLGR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Complement C3 alpha chain
分子量 formula_weight	39537.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SEETKENEGFTVTAEGKGQGTLSVVTMYHAKAKDQLTCNKFDLKVTIKPAPETEKRPQDAKNTMILEICTRYRGDQDATMSILDISMMTGFAPDTDDLKQLANGVDRYISKYELDKAFSDRNTLIIYLDKVSHSEDDCLAFKVHQYFNVELIQPGAVKVYAYYNLEESCTRFYHPEKEDGKLNKLCRDELCRCAEENCFIQKSDDKVTLEERLDKACEPGVDYVYKTRLVKVQLSNDFDEYIMAIEQTIKSGSDEVQVGQQRTFISPIKCREALKLEEKKHYLMWGLSSDFWGEKPNLSYIIGKDTWVEHWPEEDECQDEENQKQCQDLGAFTESMVVFGCPN

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4
分子量 formula_weight	13501.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

GRPILEVPESVTGPWKGDVNLPCTYDPLQGYTQVLVKWLVQRGSDPVTIFLRDSSGDHIQQAKYQGRLHVSHKVPGDVSLQLSTLEMDDRSHYTCEVTWQTPDGNQVVRDKITELRVQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

结构域编号 domain_id	2iceA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	2iceA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	2iceA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1940 —

结构域编号 domain_id	2iceA04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2iceA05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	2iceA06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	2iceB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	130 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2iceB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2iceC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain

结构域编号 domain_id	2iceC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2iceD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	2iceD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	2iceD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1940 —

结构域编号 domain_id	2iceD04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2iceD05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1930 — Macroglobulin (MG2) domain

结构域编号 domain_id	2iceD06
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	50 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 —

结构域编号 domain_id	2iceE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	130 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2iceE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2iceF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain

结构域编号 domain_id	2iceF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2iceS00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2iceT00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	384.936 Å
晶胞边长 b length_b	65.213 Å
晶胞边长 c length_c	147.676 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2950

CRIg bound to C3c

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C3 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ice__assembly_1__model_1

2ice__assembly_1__model_1 | I(q)

2ice__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

7. 引用文献 (1)

CRIg bound to C3c

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C3 beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ice__assembly_1__model_1

2ice__assembly_1__model_1 | I(q)

2ice__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

CATH v4.4 (22 domains)

7. 引用文献 (1)