SAXSdb — 2idk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine N-methyltransferase

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–292 链 B； UniProt 1–292 链 C； UniProt 1–292 链 D； UniProt 1–292	未记录	C2F 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.1 M Ca acetate, 0.025 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.55 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2IDK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BHJ CRYSTAL STRUCTURE OF APO-GLYCINE N-METHYLTRANSFERASE (GNMT) 提交 1998-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；pH 6.8	分辨率 2.50 Å R-free 0.318
1D2C METHYLTRANSFERASE 提交 1999-09-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–293（292 aa）链 B 2–293（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；PEG 3400, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 4.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
1D2C METHYLTRANSFERASE 提交 1999-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）链 B 2–293（292 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；277 K；PEG 3400, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 4.0K	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
1D2G CRYSTAL STRUCTURE OF R175K MUTANT GLYCINE N-METHYLTRANSFERASE FROM RAT LIVER 提交 1999-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 B 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME	突变：R175K 突变：R175K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG-4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
1D2G CRYSTAL STRUCTURE OF R175K MUTANT GLYCINE N-METHYLTRANSFERASE FROM RAT LIVER 提交 1999-10-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 B 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME	突变：R175K 突变：R175K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG-4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
1D2H CRYSTAL STRUCTURE OF R175K MUTANT GLYCINE N-METHYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1999-10-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 B 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 C 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME 链 D 2–293（292 aa）片段：WHOLE ENZYME	突变：R175K 突变：R175K 突变：R175K 突变：R175K	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG-4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.247
1KIA Crystal structure of glycine N-methyltransferase complexed with S-adenosylmethionine and acetate 提交 2001-12-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.80 Å R-free 0.286
1NBH Structure of glycine N-methyltransferase complexed with S-adenosylmethionine and acetate, GNMT:SAM:Ace 提交 2002-12-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；296 K；PEG 3400, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.80 Å R-free 0.278
1NBI Structure of R175K mutated glycine N-methyltransferase complexed with S-adenosylmethionine, R175K:SAM. 提交 2002-12-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	突变：R175K 突变：R175K 突变：R175K 突变：R175K	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；296 K；PEG 3400, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1XVA METHYLTRANSFERASE 提交 1996-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 4 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2IDJ Crystal Structure of Rat Glycine N-Methyltransferase Apoprotein, Monoclinic Form 提交 2006-09-15	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–292（292 aa）链 B 1–292（292 aa）链 C 1–292（292 aa）链 D 1–292（292 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.1 M Ca acetate, 0.025 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.35 Å R-free 0.272
3THR Crystal structure of rat native liver Glycine N-methyltransferase complexed with 5-methyltetrahydrofolate monoglutamate 提交 2011-08-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）链 B 2–293（292 aa）链 C 2–293（292 aa）链 D 2–293（292 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	C2F 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID × 4 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.2 M Na-fluoride or Ca-acetate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
3THS Crystal structure of rat native liver Glycine N-methyltransferase complexed with 5-methyltetrahydrofolate pentaglutamate 提交 2011-08-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–293（292 aa）链 B 2–293（292 aa）链 C 2–293（292 aa）链 D 2–293（292 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；20% PEG 3350, 0.2 M Na-fluoride or Ca-acetate, 100 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.280

共 11 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GNMT_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 B； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 C； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292 作者链 D； PDB构建体 1–292； UniProt 1–292

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2idk
沉积日期 deposition_date	2006-09-15
结构标题 title	Crystal Structure of Rat Glycine N-Methyltransferase Complexed With Folate
关键词 keywords	Glycine N-Methyltransferase, rat, folate binding, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.93 Å
零角强度 I(0) i0	240991000.00
分子量 molecular_weight	125300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156600 Å³
包络体积 envelope_volume	199740 Å³
水化壳体积 shell_volume	46765 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.54 Å
包络 Rg envelope_rg	34.18 Å
形状 Rg shape_rg	34.92 Å
总 Rg total_rg	35.47 Å
总原子数 total_atoms	8834
残基数 n_residues	1130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	241000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9082
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.673
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	148600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.953; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.944

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glycine N-methyltransferase
分子量 formula_weight	32460.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.20
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8848

VDSVYRTRSLGVAAEGIPDQYADGEAARVWQLYIGDTRSRTAEYKAWLLGLLRQHGCHRVLDVACGTGVDSIMLVEEGFSVTSVDASDKMLKYALKERWNRRKEPAFDKWVIEEANWLTLDKDVPAGDGFDAVICLGNSFAHLPDSKGDQSEHRLALKNIASMVRPGGLLVIDHRNYDYILSTGCAPPGKNIYYKSDLTKDITTSVLTVNNKAHMVTLDYTVQVPGAGRDGAPGFSKFRLSYYPHCLASFTELVQEAFGGRCQHSVLGDFKPYRPGQAYVPCYFIHVLKKTG

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID
分子量 formula_weight	459.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2idka_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.5 — Glycine N-methyltransferase

结构域编号 domain_id	d2idkb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.5 — Glycine N-methyltransferase

结构域编号 domain_id	d2idkc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.5 — Glycine N-methyltransferase

结构域编号 domain_id	d2idkd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.5 — Glycine N-methyltransferase

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2idkA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	46 — Glycine N-methyltransferase; chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycine N-methyltransferase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2idkA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2idkB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	46 — Glycine N-methyltransferase; chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycine N-methyltransferase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2idkB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2idkC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	46 — Glycine N-methyltransferase; chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycine N-methyltransferase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2idkC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	2idkD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	46 — Glycine N-methyltransferase; chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glycine N-methyltransferase, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	2idkD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.427 Å
晶胞边长 b length_b	84.751 Å
晶胞边长 c length_c	132.245 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	29.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2400
R_free r_free	0.2980

fit	/app/data/saxs_computation/id/2idk/2idk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/id/2idk/2idk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/id/2idk/2idk.dat

Crystal Structure of Rat Glycine N-Methyltransferase Complexed With Folate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycine N-methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction