SAXSdb — 2ipi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)

Streptomyces galilaeus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;METHYL (2S,4R)-2-ETHYL-2,5,7-TRIHYDROXY-6,11-DIOXO-4-{[2,3,6-TRIDEOXY-4-O-{2,6-DIDEOXY-4-O-[(2S,6S)-6-METHYL-5-OXOTETRAHYDRO-2H -PYRAN-2-YL]-ALPHA-D-LYXO-HEXOPYRANOSYL}-3-(DIMETHYLAMINO)-D-RIBO-HEXOPYRANOSYL]OXY}-1,2,3,4,6,11-HEXAHYDROTETRACENE-1-C ARBOXYLATE ; × 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q0PCD7_9ACTO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–521； UniProt 44–545 作者链 B； PDB构建体 20–521； UniProt 44–545 作者链 C； PDB构建体 20–521； UniProt 44–545 作者链 D； PDB构建体 20–521； UniProt 44–545

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ipi
沉积日期 deposition_date	2006-10-12
结构标题 title	Crystal Structure of Aclacinomycin Oxidoreductase
关键词 keywords	anthracycline, aclacinomycin, oxidoreductase, flavoenzyme, twinning, MAD; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ipi__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ipi__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ipi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.33 Å
Rg（电子密度）	22.19 Å
总 Rg	23.15 Å
原子数	3876
残基数	492
排除体积	67903 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ipi__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ipi__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ipi__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2ipi__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)
分子量 formula_weight	57221.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16589

MAHHHHHHHRSAAGTIWEFDGGACGARTALVKVDRVDRRYQDLVTRGFNGRFRGRPDVVYVVHTADQVVDAVNQAMAAGQRIAVRSGGHCFEGFVDDPAVRAVIDMSQMRQVFYDSGKRAFAVEPGATLGETYRALYLDWGVTIPAGVCPQVGVGGHVLGGGYGPLSRRDGVVADHLYAVEVVVVDASGRARKVVATSAADDPNRELWWAHTGGGGGNFGIVTRYWFRTPGATGTDPSQLLPKAPTSTLRHIVTWDWSALTEEAFTRIIDNHGAWHQSNSAAGTPYASMHSVFYLNSRAAGQILLDIQIDGGLDGAEALLNDFVAAVNEGTGVEPAVQRSTEPWLRATLANKFDTGGFDRTKSKGAYLRKPWTAAQAATLYRHLSADSQVWGEVSLYSYGGKVNSVPETATATAQRDSIIKVWMSATWMDPAHDDANLAWIREIYREIFATTGGVPVPDDRTEGTFINYPDVDLVDERWNTSGVPWYTLYYKGNYPRLQKVKARWDPRDVFRHALSVRPPG

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces galilaeus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	33899
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;METHYL (2S,4R)-2-ETHYL-2,5,7-TRIHYDROXY-6,11-DIOXO-4-{[2,3,6-TRIDEOXY-4-O-{2,6-DIDEOXY-4-O-[(2S,6S)-6-METHYL-5-OXOTETRAHYDRO-2H -PYRAN-2-YL]-ALPHA-D-LYXO-HEXOPYRANOSYL}-3-(DIMETHYLAMINO)-D-RIBO-HEXOPYRANOSYL]OXY}-1,2,3,4,6,11-HEXAHYDROTETRACENE-1-C ARBOXYLATE ;
分子量 formula_weight	811.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1009

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2ipiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ipiA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2ipiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ipiB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2ipiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ipiC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2ipiD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	465 — Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ipiD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	462 — Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	68.500 Å
晶胞边长 b length_b	266.200 Å
晶胞边长 c length_c	68.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	—
R_free r_free	0.2420

Crystal Structure of Aclacinomycin Oxidoreductase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ipi__assembly_2__model_1

2ipi__assembly_2__model_1 | I(q)

2ipi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Aclacinomycin Oxidoreductase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Aclacinomycin oxidoreductase (AknOx)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ipi__assembly_2__model_1

2ipi__assembly_2__model_1 | I(q)

2ipi__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)